歷史沿革
萬石植物園1992年，《廈門市園林植物園總體規劃（1993-2012年）》編制完成，於1993年通過專家評審並經市規劃部門批准實施，此後，鑒於各種內外因素的影響，於2003年7月第一次修訂，2005年植物園紅線調整後再次修訂。
廈門園林植物園於2001年12月19日開始試運行ISO14001環境管理體系，並於2002年7月25日向廈門市環境管理體系認證中心提出認證申請。9月，先後通過了ISO14001環境管理體系認證和ISO9001質量管理體系認證，成為福建省率先通過雙認證的旅遊景區。
2005年8月，根據廈府（2005）地466號《廈門市人民政府關於園林植物園擴大管理範圍用地的批覆》檔案，植物園紅線範圍由2.27平方公里擴大至4.93平方公里，先後投入一億多元資金，從基礎建設到專類園建設都有了突破性發展。
地理環境
位置境域
萬石植物園氣候情況
廈門園林植物園的其後為亞熱帶季風氣候，夏季高溫多雨，冬季溫和濕潤，年平均氣溫21.2℃，最低氣溫月（2月）平均溫度12℃以上，最熱月（7～8月）平均溫度28℃，沒有氣溫上的冬季。年降雨量約1513厘米，多集中在春夏之交的3～6月份，7～9月份時有颱風，年平均濕度在為76%。
園內水系植物園內主要水系椎溪和水磨坑溪從東至西貫穿全園。發源於五老峰北麓的椎溪蜿蜒曲折，流過紫雲岩，經百花廳後進入西北部的萬石湖，萬石湖最大蓄水量14.7萬立方米，主要靠雨季山洪的匯集，是萬石山最大水體。
植物資源
廈門園林植物園自1960年建園至2014年，廈門植物園已引種、收集7000多種（含品種）植物，建成了松杉園、薔薇園、竹徑、棕櫚島、沙生植物區、南洋杉疏林草地、雨林植物世界、藤本植物區、花卉園、藥用植物區、彩葉灌木區、百花廳、蘇鐵園、引種馴化區、市花園等15個專類園區。
在廈門園林植物園擁有的各類植物資源中該園的棕櫚科植物資源是最具特色的，已經引種馴化了各類棕櫚植物500餘種，是我國引種栽培棕櫚植物資源最多的機構之一，包括加拿利海棗、大王椰子、砂糖椰子等。
不僅僅是棕櫚植物，廈門園林植物園還有仙人掌與多肉植物2000餘種、藤本植物約200種、竹類植物200多種、蘇鐵科100多種、南洋杉科11種、市花三角梅100多個品種，形成以熱帶、亞熱帶植物為主的植物特色，並有多個植物類群在全國植物園中名列前茅。值得一提的是，這其中，還有金花茶、桫欏、筆筒樹、銀杏、水杉、紅豆杉、蘇鐵等200多種珍稀保護植物。
主要景點
綜述
萬石植物園植物園區
松杉園
松杉園位於萬石湖西邊，園內有小池一口，池邊有松鶴亭，亭的對面有一塊岩石刻著"松鶴園"三字，池中有五隻仿真白鶴，有的展翅欲飛，有的停立水中觀望，有的覓食池中，有的休息，各種形態都很逼真。園內種植的松、杉、柏、檜等七八十種，其中最引人注目的有古代孑遺植物－－水杉、銀杏，這是200萬年前冰川年代遺留下來的稀貴的樹種，被人們稱為"活化石"。此外，還有世界四大觀賞樹，即中國金錢松、日本金松、南洋杉、義大利柱柏。這幾種樹，樹姿優美，百看不厭，被稱為風景樹。松杉園後面還有前美國總統尼克森訪華時贈送的"世界爺"－－紅杉以及智利南洋杉等。
此外，在美麗的蓮花池中生長著植物界奇物"王蓮"，葉面直徑2米。更奇特的是葉邊緣上卷20公分，可負重70多公斤，男孩女娃可坐在葉面上，煞是好看。
棕櫚園
棕櫚園位在萬石湖上方，因種棕櫚而命名，也稱棕櫚島。此處有六七十種外來喬木。其中有"林中美人"檸檬桉、魚尾葵、蒲葵、義大利棕、西印度箬棕、大王椰子、"世界油王"油棕、印尼糖棕等，這些棕櫚，不僅美化環境，供人觀賞，而且其中不少具有很高的經濟價值。
仙人掌世界
仙人掌世界，沿環山公路至半山腰。占地面積4萬平方米，主展區含室外展區和展覽溫室兩大部分。室外展區的大型多肉植物和仙人掌類雄偉壯觀，在室外進行大規模的仙人掌植物造景，這在國內還是第一次。這裡有從澳大利亞引進的形如巨瓶的瓶乾樹，體型高大的象腿樹、酒瓶蘭、露兜樹和各種仙人掌：展覽溫室里形態各異的仙人掌與多肉植物爭奇鬥豔，這裡有中國內自行栽培最大的，在中國首屆花博會、香港花卉展覽和昆明世界園藝博覽會中屢獲殊榮的金琥王，有國內罕見的鬼、神仙玉、龜紋木棉、青紫葛、武倫柱，還有從南非引種的生石花、棒葉花等多肉植物小盆栽。
多肉植物
在紫雲岩左上側，為巨型透明螺殼，有盆栽仙人球掌、仙人柱、仙人球、仙人鞭等，其中最突出的是"金球刺魚虎"仙人球，生長30多年，直徑90多公分，是"仙人球之王"。仙人柱高達3米，算是罕見的一種。據說，廈門仙人掌科植物有500多種，名列全國第一，仙人掌有極高的觀賞價值、藥用價值、經濟價值和科研價值。它是研究植物分類學和植物進化的重要標本。
南洋杉草坪
南洋杉草坪位於萬石湖南側，占地12萬平方米，是園內具有明顯特色的景區之一，種植高大挺拔的各種南洋杉，恰到好處地利用緩坡地表現高、大、寬、廣的意境，是遊人休憩、嬉戲的場所。
薔薇園
薔薇園位於棕櫚島與萬石蓮寺之間，依地而修，始建於1995年，是一處以種植薔薇科植物為主的專類園區，區內有“象鼻峰”和“萬笏朝天”等景點。園內有大片草坪，節假日遊人如織。園內除了栽種薔薇、月季外，還種植有梅花、桃花、火棘、繡線菊和木瓜等薔薇科植物。萬笏朝天是廈門舊二十四景中小八景之一。過去萬石山上未成片植樹，遠遠望去，怪石層疊。成排的岩石一個朝向，似群臣拿著“奏板”在朝拜天子，故得名“萬笏朝天”。“象鼻峰”由兩石並成，石間隙極小，酷似象鼻，石上鐫刻“象鼻峰”三字，是清朝雍正年間廈門海防同知李璋所提。
百花廳
百花廳位於樵溪谷下部匯入萬石湖的緩坡地帶，始建於上世紀80年代，分兩期建設而成，是植物園的主要室內花卉展區。百花廳中心為荷花池，池面上荷花、睡蓮、王蓮盡展風姿，建築以傳統中式庭園為構架，展廳沿池布置，或以廊連，或以路通，皆白牆粉柱、琉璃瓦頂，錯落有致。沿廊順路可觀賞到各色具有南洋庭院風格的花木以及獨辟一角的蔭生植物棚架。每年的黃金周期間或有重大節慶，都有不同主題的花卉展覽在此進行。
雨林世界
雨林世界位於紫雲景區內，占地約16公頃，植物園的兩大水系之一樵溪橫穿其中，區內現存廈門舊二十四景的景外景“紫雲得路”和“高讀琴洞”，並有廈門市文物保護單位，建於明代萬曆年間的樵溪橋。雨林世界以有寬大的板狀根，具滴水葉尖，莖上開花，絞殺現象，附生等特點的雨林植物為主。
沙生植物區
廈門園林植物園仙人掌世界占地面積4萬平方米，栽培各類沙生植物32科1200餘種。現為中國最大的仙人掌園，分室外展區和展覽溫室兩大部分。室外展區有形如巨瓶的瓶乾樹、高大雄偉的武倫柱，還有三角大戟、露兜樹等，室外大規模種植、展示仙人掌植物在中國還是第一次。展覽溫室里各種仙人掌植物爭奇鬥豔：這裡有國內自行栽培的最大金琥王，有罕見的金刺般若、霸王樹、龜紋木棉，還有南非引種的生石花、棒葉花等多肉植物。
裸子植物區
裸子植物多為喬木，少灌木和藤本，多常綠，稀落葉。木質部多由管胞組成，韌皮部無伴胞。葉針形、條或鱗形，少為闊葉狀。孢子葉球常單性，小孢子葉聚生成小孢子球（雄球花）；大孢子葉叢生或聚生成大孢子葉球（雌球花），胚珠裸露在大孢子葉上。
全世界現存的裸子植物僅5綱、9目、12科­­、71屬，近800種。我國有5綱、8目、11科、41屬、236種，其中有不少是“活化石”植物。該園引種栽培有5綱、6目、11科、27屬、100多種（含變種），以南洋杉科和蘇鐵科為引種栽培重點。裸子植物多為用材樹種，有不少是優良的園林綠化樹種。
蘇鐵園
蘇鐵(Cycasrevoluta)系蘇鐵科(Cycadaceae)蘇鐵屬的一種，別稱福建蘇鐵，是現存地球上最原始的種子植物之一，亦是第三紀冰川的孑遺種，被稱為“活化石”植物。
該園從20世紀60年代開始開展蘇鐵的遷地保育工作，1975年建立蘇鐵專類園，至今已引種保存澤米鐵科6屬25種和3個變種，約占世界澤米鐵科植物種類的16%。
風景名勝
萬石山
萬石植物園萬石湖
萬石湖原為萬石岩水庫，建於1952年，當年為戰備水庫。園中兩大水系水磨坑溪和樵溪匯流於湖。北側松杉園、竹徑，南側為南洋杉草坪，東側為棕櫚島、百花廳，西側大壩上成排種植著原產美洲極具南國風韻的華盛頓棕，湖光倒影。
長嘯洞
天界寺後有一天然岩洞，洞中有石刻，為清乾隆時期黃日紀所題。洞的兩頭貫通，天風颯颯，聲應洞中，山鳴谷應嘯聲不絕，故名“長嘯洞”。此處鐫刻有明代抗倭諸將的唱和詩，詩刻為省級文物保護單位。
醴泉洞
天界寺腳下有一洞，洞內有一井，洞中有泉水湧出，水質甘洌，可以釀酒，所以又稱“醴泉”，洞也稱“醴泉洞”，洞裡供奉九位神仙。
天界曉鍾
天界寺是明末清初月松和尚募建的，供奉觀音菩薩和仙翁，大殿的楹聯：“遍布慈雲求大士，回生妙術托仙翁”即可見。以前這裡的和尚每天清晨要敲鐘下，以解“一百零八煩惱之夢”。天界寺居高臨下，鐘聲特別悠揚，“天界曉鍾”也就成為廈門舊“小八景”中的一景，也是廈門新二十名景中的一景。
新碑林
新碑林位於太平山西北坡，這裡的岩石大都被風化為球狀。1982年開始，廈門植物園廣求海內外書法名家、詩人的墨寶佳作，陸續徵得名家力作1988年則利用該片自然山岩，挑選部分作品鐫刻於各巨石上，十多年來，陸續鐫刻題詠百餘幅，今已初具規模。
鄭成功讀書處
太平岩寺的殿前有一海雲洞。洞上有一八角亭，乃“鄭延平郡王讀書處”，當年，這裡濃蔭蔽日，格外清幽，鄭成功曾住在太平岩寺，常到海雲洞讀書，諦聽溪中泉水奔流。現此處已被列為文物保護單位。
萬笏朝天
“萬笏朝天”是廈門舊二十四景中小八景之一。過去萬石山上未成片植樹，遠遠望去，均為怪石。成排的岩石，同一個朝向，似群臣拿著“奏板”在朝拜天子，故得名“萬笏朝天”。
萬石蓮寺
萬石蓮寺位於“萬笏朝天”巨石的下方，由於寺周多巨石，故得此名。它相傳為唐代開元年間中原陳氏入島開發時所建，是廈門島上最早的寺廟之一，距今已有1000多年的歷史了。
象鼻峰
“象鼻峰”由兩石並成，高七、八丈，兩石間隙極小，貌酷似象鼻，石頭上面鐫刻“象鼻峰”，是清朝雍正年間廈門海防同知李璋所題，也是“萬笏朝天”四字的題刻者。
萬石涵翠
萬石湖原為萬石岩水庫，建於1952年，當年為廈門市的戰備水庫，由園中兩大水系水磨坑溪和樵溪匯流而成，如今已成為植物園景觀的核心。萬石湖的北側是松杉園、竹徑，南側為南洋杉草坪，東側為棕櫚島、百花廳，西側大壩上成排種植著原產美洲極具南國風韻的華盛頓棕，湖光倒影，別有一番景致。湖上“春秋”、“天趣”雙橋成趣，另有“仰止亭”、“滄趣亭”、“適然榭”等水榭亭台點綴其上。草木蔥蘢匯成廈門名景之——“萬石涵翠”。
太平石笑
廈門二十名景之一“太平石笑”由四塊天然巨石構成，巨石兩塊相疊，一端貼合，一端張開，另兩塊巨石頂立，形成石門，自然構成“開口笑”的樣子，石門右側巨石上鐫刻“石笑”二字，蒼勁有力，書法上佳。此地地處太平岩地界，故得此名。石門背後有七言二句：“石為迎賓開口笑，山能作主樂天成。”
獲得榮譽
廈門園林植物園於1999年被授予廈門市科普教育基地，2000年被授予福建省科普教育基地，2005年被授予第二批全國科普教育基地、廈門市未成年人校外活動示範基地和全國生物保護多樣性示範基地。2001年被授予廈門市環境教育基地。連續三屆（2004年、2008年、2012年）被評為廈門市十大優秀科普教育基地之首。2012年、2013年連續年被中國科協評為優秀全國科普教育基地。在2015年七月舉辦的福建省全省精神文明建設工作暨先進表彰大會上被評為“2012-2014年度省級文明風景旅遊區”。
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