背景
到1942年前，印尼已經以被荷蘭殖民統治了幾百年，被稱為荷屬東印度。1929年，於印尼民族主義覺醒時期，印尼民族領袖蘇卡諾和穆罕默德·哈達（後來成為印尼總統與副總統）預見了即將爆發的太平洋戰爭，而日軍向印尼的進軍將會為獨立條件帶來優勢。
日軍宣傳自己為“亞細亞之光”。日本是亞洲唯一一個在19世紀末成功轉型為現代科技社會的國家，且在亞洲諸國大部分都在歐洲和美國的控制下時，一直保持獨立。後來甚至在戰爭中擊敗了歐洲強權俄國。入侵中國後，日本將注意轉向東南亞，宣揚其大東亞共榮圈的理念。在1920年代和1930年代，日本逐漸加強其在亞洲的影響力，在東印度建立其事業。從小鎮理髮店、照相館和店員，到像是鈴木和三菱這些涉足蔗糖貿易的大型商店與企業。
入侵東印度
主條目：荷屬東印度戰役1942年日軍進軍東印度
軍事占領
日軍在收容所發行的身份證，所有者為一個印歐混血兒伯王梭
荷裔士兵被送往集中營，印尼裔士兵則被釋放。由於荷蘭人認為日軍會為了管理殖民地而繼續讓荷蘭官員留任，大部分荷蘭人不願意離開。然而事與願違，荷蘭人全部被送往集中營，高階和技術性職位則由日本人或印尼人代替。日軍接管了像是港口、郵政機關等公家機構和單位。除了10萬歐裔公民（還包括一些華裔公民）以外，還有8萬名荷、英、澳、美軍士兵被送往集中營，在那裡死亡率高達百分之13到30。
印尼統治階層和政治家與日本人合作。日本給予地方菁英權力，讓他們支持日本的工廠和武裝力量。印尼人的合作讓日軍得以專注在確保東印度群島的空路和海路的安全，以保護郵便通路不受盟軍干擾。
對於日軍占領的經驗感受隨著居住地與社會地位的不同，而有所差異。住在重要戰略地區的人經歷了日軍的折磨，性奴隸，任意逮捕和處決，以及其他戰爭罪行。成千上萬的人被帶離印尼成為強迫勞動者（日語為“勞務者”），在日本的軍事項目中被奴役，包括泰緬鐵路，許多結果死於虐待和飢餓。在爪哇，400萬至1000萬的“勞務者”被迫參與日本軍事工程。約27萬的爪哇工人被送往其他日本占據的東南亞地區，只有52000被遣返的，這意味著有80%的死亡率。
成千上萬的印尼人餓死，作為奴工工作，或者被迫離開家園。後來的聯合國報告指出，400萬人死於日本占領期間的饑荒和強迫勞動，其中包括30000歐洲的平民被拘禁死亡。荷蘭一項政府研究描述了日本軍方招募婦女充當妓女在印尼生效。它的結論是這之間有200至300歐洲婦女在日軍妓院工作，“其中65人肯定被迫賣淫。”。
日本占領時期的貨幣荷屬東印度盧比
而與蘇丹·夏赫里爾組織地下學生反抗運動同時進行反對運動的是左翼的阿米爾·謝里夫丁，謝里夫丁獲得來自荷蘭政府的25000古爾登的資助，以其馬克思主義和民族主義，創建了地下反抗組織。阿米爾於1943年遭到日軍逮捕，後來在蘇卡諾的介入下免於死刑，從此事開始日軍才認知到蘇卡諾在印尼的聲望與重要程度。除了阿米爾·謝里夫丁以外，多是華人、安汶人和美娜多人參與反抗組織。
1943年9月於南加里曼丹亞汶泰（Amuntai），在坤甸事件仍未爆發前，曾有一項由印尼民族主義者和荷蘭人共同策劃對抗日軍的起義計畫被揭發。計畫涉及建立一個伊斯蘭國家，並驅逐日軍，然而計畫失敗了。
1945年的雅加達集中營
印尼民族主義運動
由日軍訓練的印尼少年
在二戰爆發前幾十年，荷蘭政府成功鎮壓較小型的印尼民族主義運動，在日本人眼中這是適合獨立建國的徵兆。日軍占領期間，日軍鼓勵並支持印尼民族主義，創設新的印尼語學校，並重用如蘇卡諾的民族主義者。越來越激烈的民族主義，加上日軍所造成的荷蘭殖民政府體系崩壞，為戰後的印尼獨立戰爭提供良好的基礎。
然而在日軍占領的最初兩個月，日軍依然禁止在政治上使用印尼作為國家的名字，以及日後成為印尼國旗、象徵民族主義的紅白旗，也在除了最初期與最末期以外的其他期間，被禁止使用。日本一方面協助緬甸與菲律賓獨立，一方面出於資源的考量而將印尼置於日本帝國軍政體系下。
日本當局將爪哇島視為政治上最重要，但是經濟上最不重要的地方。爪哇居民是日軍主要的勞力來源。和荷蘭政府的禁止政策不同，日本人鼓勵爪哇島上印尼民族主義的發展，增加爪哇人民的政治練達度（在蘇門答臘方面也在後來執行類似的策略，但當時日本的敗跡已相當明顯）。在日本海軍的控制下的其他島嶼，則被認為政治上不重要，但是經濟上占重要地位的地方，這些地方採行高壓統治。爪哇島與其他島嶼受日本占領經驗上的不同，為日後的印尼獨立戰爭造成很大的影響。
為了獲得印尼人的支持，並動員更多勞力，以對抗盟軍。日本招募了印尼民族主義者如蘇卡諾、穆罕默德·哈達來動員印尼人支持日本1943年4月16日創立的動員總部Putera（印尼語：Pusat Tenaga Rakyat）。1944年3月1日由爪哇奉公會（ジャワ奉公會 ）取代，招募到的人力許多成為強迫勞動的勞務者（ろうむしゃ，Romusha）。
行政區劃
第二次世界大戰日軍的地圖，描繪了爪哇島。
根據1941年11月26日制定的《關於占領地軍政實施的陸海軍中央協定》（占領地軍政実施ニ関スル陸海軍中央協定），荷屬東印度被劃為三個單獨的占領區：爪哇和馬都拉劃歸今村均的陸軍第16軍管轄；蘇門答臘劃歸山下奉文的陸軍第25軍管轄，25軍的司令部設在新加坡，同時在1943年4月前一直控制著馬來亞，失去馬來亞後，其控制範圍限縮到僅有蘇門答臘，並將司令部移至武吉丁宜，而第16軍司令部設在雅加達；荷屬婆羅洲、西里伯斯、馬鹿加及小巽他群島則由海軍第二南遣艦隊管轄。每一占領區設立軍政監部，負責地方行政，軍政監部首腦由駐軍司令兼任，下設總務、內政、司法、警察、市政工程、經濟事務、審計和宣傳八個部。
爪哇被分為2個省、17個州和1個特別市，蘇門答臘設10個州。
