症狀
植株受害的早期階段，腐爛的根頸組織是黃褐色，最後變成暗褐色並軟化。在一些情況下，春季病株幾乎完全腐爛。當春季苜蓿不生新校時，常常被認為是冬季凍害引起的。植株死亡的確實原因要看死株的根頸組織內有無菌核，或者在死亡植株的土壤表面有無菌核。春季冷濕的天氣，病菌在感病植株的根頸和莖部產生網狀菌絲體，網狀菌絲體生長，通過土壤表面從一株到另一株進行擴展傳播，病株連成小片。枯萎的莖變褐，變軟，呈糊狀，最終解體。絮狀菌絲體在稠密的苜蓿株絲、早晨有露水的莖間特別明顯，通常到中午充分乾燥後菌絲體露出。如果整個春季為冷涼潮濕天氣，許多植株會受到侵染。在每個感病的植株上，菌絲團聚合成堅硬的黑色菌核。
病原特徵
三葉草核盤菌（Sclerotinia trifoliorum Eriks.），異名：杯狀核盤菌（S.ciboriodes（Hoffm.）Noack）和核盤菌（S.sclerotiorum Lib. De Bary）兩種病原引起此病。三葉草核盤菌產生黑色菌核，近球形至不規則形，直徑大約2－8毫米。在顯微鏡下可看到菌核的皮有向外長的無色絨毛狀物。菌核發芽產生具柄、暗黃色至淡褐色的子囊盤，盤的直徑3－10毫米，典型的菌柄3－15毫米（有的報導，菌柄可長到60毫米）。
發生規律
冬、春季菌核在病株上形成。當植株死亡後，菌核落到土壤表面，夏季保持休眠狀態。秋季，涼濕的土壤條件導致菌核萌發（三葉草核盤菌）。菌核埋人土中2厘米以上時，一般就不能產生足以達到土攘表面長度的菌柄的子囊盤。只有土壤表面或接近表面的菌核，才能產生成熟的子囊盤。日間土溫降到大約10℃時，子囊盤出現。子囊孢子自子囊內有力地噴出，並被風吹到相距較遠的新建植的苜蓿地內。一個子囊盤可以前播幾天子囊孢子，新的子囊盤繼續出現，直到土壤結凍。在溫暖氣候下，可以從整個冬季到早春，一直產生子囊孢子。子囊孢子沉落在葉或葉柄上，發芽並直接侵入寄主。病菌侵入之後，立即出現一段靜止狀態。在嚴霜或植株表面連續的潮濕剌激下，病菌擴展到莖和根頸組織內，可以繼續發生由菌絲生長造成的株間再侵染。在冬季，積雪的覆蓋是病害嚴重與否的最重要影響因素。10－20℃的溫度和高濕，對三葉草核盤菌的生長有利。大雪覆蓋的隔熱影響，使溫度保持在允許病原菌生長的範圍內，而且雪層也提供連續的高濕。在冬季積雪期短的地區，對核盤菌的危害主要看降水量的多少。再侵染持續到春季新枝生長直到第一次刈割。在美國西北太平洋地區，核盤菌在春天產生子囊盤。種植多年的茵蓓種子田受害最甚。苜蓿的莖（不是根頸）被嚴重感染。在華盛頓州，撒播種植的首宿種子田，平均每平方米產生1475個菌核，從苜蓿商品種子的清潔篩上收集的一些莖段中，可發現多達262個菌核。這說明西北太平洋地區菌核隨種子傳播，是一個重要的侵染途徑。
分布與危害
豆科牧草的根冠和莖腐爛病，是世界溫帶地區廣為發生的病害。該病對紫花苜蓿的幼苗階段為害最大。在夏末、初秋條件有利於病害發展時可使全部植株被毀。長成的植株也會被病原菌為害，單株或小片的發病，使它們成為無生產力的病株。在我國南方如江蘇南京地區，菌核病是三葉草、苜蓿等豆科牧草的主要病害。
防治方法
1、選擇適宜種植時間 春播可明顯降低菌核根頸腐和莖腐的發病率。晚夏或秋季種植時，應儘可能早播，當秋季病菌孢子釋放時，苜蓿苗已經長成，已具抵抗病菌侵染的能力。
2、犁埋菌核，減少子囊盤出現的數量。
3、沒有抗病品種可用於菌核病的防治，有些品種可能感病較輕，是因為它們對地區環境條件的適應性較強。
4、秋季刈割後，火燒嚴重感染的種子田，殺死莖內和地表殘餘物中的菌核。
5、用不帶菌核的種子建立新的種子田。
6、春季設法降低土壤表面和株叢的相對濕度，減少侵染。
