六界
按我國學者提出的分類法將生物分成六界：病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和動物界。不難看出微生物在六界中占了四界，因此微生物在自然界中的重要地位是顯而易見的，其研究的對象也是十分廣泛而豐富的。
微生物(Microorganism)是廣泛存在於自然界中的一群肉眼看不見，必須藉助光學顯微鏡或電子顯微鏡放大數百倍、數千倍甚至數萬倍才能觀察到的微小生物的總稱。它們具有體形微小、結構簡單、繁殖迅速、容易變異及適應環境能力強等優點。
種類
微生物種類繁多，至少有十萬種以上。按其結構、化學組成及生活習性等差異可分成三大類。
一、真核細胞型微生物 細胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體；胞質內有完整的細胞器（如內質網、核糖體及線粒體等）。真菌屬於此類型微生物。
二、原核細胞型微生物 細胞核分化程度低，僅有原始核質，沒有核膜與核仁；細胞器不很完善。這類微生物種類眾多，有細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體和放線菌。
三、非細胞型微生物 沒有典型的細胞結構，亦無產生能量的酶系統，只能在活細胞內生長繁殖。病毒屬於此類型微生物。
微生物的另一種分類是非致病微生物和致病性微生物
致病微生物是指能引起動物植物的某些疾病的微生物，占少類，比如流感病毒可以起人類、禽類的流感。另外有的一部分是條件致病菌。
較大多數屬於非致病性甚至有益性微生物，廣泛存在自然界、人體皮膚黏膜表面等。
食品衛生
致病性微生物引起的食源性疾病是全世界頭號食品安全問題，當然也排在中國食品安全的第一號。為什麼這么說？大家回顧一下上世紀80年代上海因為生吃毛蚶引起30萬人A肝流行，到目前為止這還是世界記錄，國際很多參考教科書都引用了上海A肝爆發事件。儘管A肝不容易死人，但30萬人致病怎么不是頭號食品安全問題呢？食品安全問題的定義“有毒有害物質”“引起危害”都有了。我們還有大腸桿菌，O157：H7，2001年江蘇安徽等發生2萬人中毒，177人死亡，衛生部沒有接到報導。沙門氏菌每年都會引起的數以百人的中毒事件爆發。
食品生產是一個時間長，環節多的複雜過程。在整個過程中存在著許許多多被致病性微生物污染的可能性。作為原料來源的活體就可能帶有致病性微生物；在加工過程中原料之間的交叉污染；加工者攜帶的致病性微生物也可能進入食品；在銷售中會通過器具和其它途徑污染致病性微生物。總之，與食品有直接和間接關係的致病性微生物都可能污染食品。這是一個複雜的致病性微生物群體，在實際工作中要對它們逐一檢查是很難做到的，在很大程度上也是徒勞的。有檢驗意義的是能引起人類疾病和食物中毒的致病性微生物，常見的有：沙門氏菌、葡萄球菌、鏈球菌、副溶血性弧菌、變形桿菌、志賀氏菌、禽流感病毒、黃麴黴菌及病毒、口蹄疫病毒等。
