正常的免疫系統能辨識自己，而對自己的物質不發生免疫反應，這便是所謂的「自身耐受性」。
正常的免疫系統能辨識自己，而對自己的物質不發生免疫反應，這便是所謂的「自身耐受性」。免疫系統的主力細胞是淋巴球，乃是由胸腺產生的T細胞及由骨髓產生的B細胞所組成的。一般免疫反應是由體內抗原呈現細胞，借著其表面的組織兼容複合物分子與外來或自己的抗原結合，再與T細胞結合而引發後續的反應。T細胞負責的是細胞性免疫，以產生各種細胞激素，及轉變成具毒殺性的T細胞以執行任務。而B細胞負責的是抗體性免疫，以產生抗原特異性的抗體來結合抗原，以達到中和或排除抗原的作用。
免疫系統為避免攻擊自己，在T細胞與B細胞成熟的過程中會產生自身的耐受性。T細胞產生耐受性的機轉是在胸腺中能與自己的抗原強烈結合的大部分T細胞會經由所謂的「負選擇」的機制而死亡。至於少量離開胸腺而能自體反應的T細胞，也因完整的免疫反應條件不足而處在不活化狀態。另外，T細胞中有一群調節性T細胞亦會對免疫反應有抑制的作用。至於B細胞，其功能大多需要T細胞的協助才能發揮，所以B細胞的自身耐受性一部分可用T細胞的耐受性來解釋，另外，能與自身抗原結合的B細胞在骨髓發育或成熟的過程中亦會經負選擇的機制而死亡。
