病因
1.飲食 因素飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物促進細菌易位。纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
2.菌叢的變化因素
菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3.藥物的代謝因素
腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左鏇多巴等。任何抗生素都可導致腸道菌叢的改變，其取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。氯林可黴素和氨苄青黴素等容易引起菌群失調，使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病，導致抗生素相關性腹瀉（偽膜性腸炎）。套用甲氰咪胍等H2—受體拮抗劑可導致 藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
4.年齡因素
隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙歧桿菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能維持年青時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
5.胃腸道免疫功能障礙
胃腸道正常免疫功能來自黏膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道黏膜合成單體或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無症狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
臨床表現
本症以嚴重腹瀉或慢性 腹瀉為主要臨床表現，在套用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本症。腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣。真菌感染可呈泡沫樣稀便，有腥臭味，膿血便；葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日3～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降；白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸黏膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭黏液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織；綠膿桿菌感染能產生藍綠色螢光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴噁心、嘔吐、多有水、電解質紊亂，重症可發生休克。有些 旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服。近年來，由於冰櫃的普及使用，有的家庭儲存大量的肉食品及疏萊，過久的儲存使食物變質，食用後引起腸道菌群失調，造成嘔吐、腹瀉，有的出現精神不集中甚至精神恍惚。1.白色念珠菌性腸炎
是腸道菌群失調症最常見的一種。多見於瘦弱的 嬰兒、消化不良、營養不良、糖尿病、惡性腫瘤、長期套用抗生素或激素的患者。
2.葡萄球菌性腸炎
多見於長期套用抗生素（四環素類、氨苄青黴素等）、腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。
3.產氣莢膜桿菌性急性壞死性腸炎
產氣莢膜桿菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
4.綠膿桿菌腸道感染
綠膿桿菌為條件致病菌，常為繼發感染，在嬰幼兒、老人、某些惡性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
5.變形桿菌腸道感染
變形桿菌在一定條件下可為條件致病菌，如普通桿菌、奇異桿菌、摩根氏變形桿菌均可引起食物中毒，無恆變形桿菌可引起嬰幼兒夏季腹瀉。
6.肺炎桿菌腸道感染
當機體抵抗力降低或其他原因，正常寄生在腸道的肺炎桿菌可引起感染，特別是小兒的嚴重腹瀉。
檢查
1.菌群分析為主要檢查方法，有定性分析和定量分析2種。
（1）定性分析 與一般微生物學 檢查相同，如葡萄球菌炎糞便塗片革蘭染色可發現成堆的陽性葡萄球及中性多形核細胞，糞便培養可有大量葡萄球菌生長。白色念珠菌性腸炎可採取其病理材料直接塗片，經氫氧化鉀溶液處理並革蘭染色，鏡檢可見成簇的卵圓形白色念珠菌。革蘭染色陽性，細胞內著色不均勻、細菌培養可形成奶油色表面光滑細菌樣落，帶有酵母氣味。但除三度比例失調（即菌群交替症）能檢出外，其他比例失高則難以分析。
（2）定量檢查 首先需將糞質均質化，並按一定比例稀釋，培養後還須計算各類細胞菌落計數以求出細菌總數值，手續麻煩，一般實驗室很少採用。培養方法除需氧培養外，必要時尚需厭氧培養，需氧培養與一般細菌培養相同，厭氧培養則採用生物厭氧法或厭氧缸法。
2.結腸鏡檢查
腸黏膜呈 瀰漫性充血、水腫、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜爛潰瘍及出血，有時可見黃色假膜附著。
診斷
根據以上症狀、體徵、 實驗室檢查可作診斷。治療
1.全身支持治療對施行大手術患者，手術前注意補充營養，亦可肌注丙種球蛋白以提高機體免疫機能。也可試用注射轉移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等，亦可用白細胞介素-2。
2.病因治療
如由於巨結腸，膽囊炎引起的腸球菌過度 繁殖；維生素缺乏造成的腸球菌減少或消失；小腸蠕動過快而引起的酵母菌過多等，都必須先除去病因，然後再扶持正常菌群。
3.調整菌群治療
（1）飲食調整 發酵性腹瀉應限制碳水化合物；腐敗性腹瀉應限制蛋白質的攝入。增強腸黏膜的局部防禦屏障功能，防止細菌易位，應增加纖維食物。
（2）抗菌藥物 立即停止原抗生素，應根據菌群分析以及抗菌藥物敏感試驗，選用合適的抗生素以及抑制過度繁殖的 細菌，從而間接扶植腸道繁殖不足的細菌。此外還可採用廣譜抗菌藥物將腸道細菌大部分消滅，然後再灌入正常腸道菌群的菌液以使其恢復。
（3）益生菌製劑 目前常用的益生菌製劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、芽胞乳桿菌、雙歧桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞桿菌和枯草桿菌等。還可以用正常人大便懸液做成複方活菌製劑用來治療艱難梭菌引起的偽膜性腸炎，收到較好的效果。
（4）益生元製劑 口服益生元製劑，亦可達到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植腸桿菌，用葉酸扶植腸球菌。套用半乳糖甙-果酸，受細菌分解後形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他細菌，而支持乳桿菌生長。
（5）耐藥性腸球菌製劑 日本目黑氏等採用增厚傳代 培養法獲得了耐鏈黴素、紅黴素、四環節、氨苄青黴素的腸球菌一類鏈球菌BIO—4R株。經動物和人體內試驗表明，本菌具有耐多種抗菌素性，故能阻止其他菌群異常繁殖，克服菌群失調，改善大便性狀異常，且比以往單用抗菌素治療療效迅捷，並能防止糞鏈球菌BIO—4R株的耐藥因子向大腸桿菌K—12株轉移。
（6）中醫中藥 中醫認為：“泄瀉之本，無不由於脾胃”。急性泄瀉病多偏實，責在脾胃；慢性泄瀉病多為虛，每及脾腎。前者當清熱化濕，後者應高補脾腎。
