而安東氏這個分支在鎌倉時代則擔任了蝦夷管領（北條氏）的代官，移居到十三湊地區，以這裡為本拠地擴大勢力。“十三湊”即是十三湖，是津輕的大河——岩木川在日本海的入海口處形成的濕地，這片湖區曾經在古代深入內陸地區。在北奧羽地方，各地都有安東氏族的分家，安藤氏成為了事實上的支配者。
在鎌倉幕府統治時期，安東氏被授予了日本海交易的海運權，建立以十三湊為中心，連線若狹、越前的貿易線路，日本海交易被安東氏獨占。
安東氏和中國宋帝國也時有海上交易往來。這一族最早的海外貿易基礎由安倍廚川太夫貞任之子高星丸打下，他在平川的藤崎築館，於十三湊建造了港口，建築了福島城，和佐渡島往來密切。安東水軍的活動範圍甚至達到了鄂霍次克海。
在那個時代，日本的東北地方還是比較溫暖的。安東氏的貿易船和水軍用佐渡島的砂金、日本海的海產，如鮭魚，昆布還有奧羽地方的土產和蝦夷、鄂霍次克海沿岸、黑龍江沿岸的原住民進行交易。與大陸原住民的往來交易是安東一族興隆的重要原因。安東水軍每次航行的船隊，中央是貿易船，前後左右配備防人船，然後再加上三隻安東船作為護航。
安東水軍在蒙古襲來的弘安，文永之役時大為活躍。他們從北奧州奔赴九州、中國地方西部協同防衛。在九州和祖先同屬安倍氏的松浦水軍並肩作戰。當時安東水軍可以說是日本規模最大的水軍。在安東水軍到對馬海峽遠征作戰的同時，也把對馬的難民疏散移住津輕一帶，這也是後來東北地方出現了許多西國的姓氏的原因。
鎌倉幕府滅亡以後的南北朝時代，安東家屬於多賀城的北畠顯家（南朝側）一方。1338年，北畠顯家和足利側的高師直作戰戰死。而安東貞季也在這場戰役中隨顯家殉難。
1341年，日本海沿岸發生了大地震。伴隨著地震隨之而來的是大海嘯的襲擊。颱風帶來的海潮和洪水淹沒了港口，並且侵入內陸。水退之後，堆積的泥砂又讓港灣施設遭到了極大的損壞。安東氏在日本海的貿易活動受到了重創，從此一蹶不振。
並且隨著東北地方農業的發展，以貿易立家的安東氏輝煌不在，而一些新興勢力，比如南部氏，漸漸開始抬頭。 然而安東氏一族內部卻在這時期發生了對立。所以1432年，在和南部氏的交戰中失利。安東氏宗家安東盛季一族逃亡到了蝦夷——當時的北海道。失去了領地的安東氏，也失去了北奧羽的支配權。
好在南部氏的內部也發生了動亂。安東政季——宗家盛季的後繼者乘這個機會，離開了北海道，在檜山（能代）置立本據，稱為檜山安東氏，這就是近世大名安東氏的開端。安東氏因為勢力主要在秋田，就又稱作秋田氏。安東氏的勢力範圍又重新恢復，包括北海道南部，北奧州、羽州。為了保證勢力圈安全，和在日本海貿易的統治地位，安東家重建水軍，由於其本據在能代，又稱作能代水軍。這就是進入室町時代以後的能代水軍。但是，隨著其主家勢力的衰退，能代水軍在戰國時代再也沒能恢復他們先輩的榮光。
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