主要職責
肥東縣食品藥品監督管理局為 合肥市食品藥品監督管理局在肥東縣綜合監督食品、保健品、化妝品安全管理和主管藥品監管的直屬機構。其主要職能是：（一）貫徹執行國家食品藥品監督管理的法律、法規，監督實施有關的地方性法規、規章。
（二）依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職能，組織協調有關部門承擔的食品、保健品、化妝品安全監督工作。監督實施國家和地方藥品標準；監督實施處方藥、非處方藥分類管理制度。
（三）依法組織開展食品、保健品、化妝品安全重大事故的查處；根據授權，組織協調開展全縣食品、保健、化妝品安全的專項執法監督活動；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
（四）依法對藥品生產、經營和使用環節進行監督管理，查處制售假劣藥品行為。
（五）貫徹實施藥品流通的管理制度和辦法，初審藥品零售企業資格。
（六）貫徹執行國家醫療器械管理法規、規章，依法對醫療器械的研究、生產、流通和使用環節進行監督管理，查處違法行為。
（七）承辦合肥市食品藥品監督管理局和肥東縣政府交辦的其他事項。
內設機構
辦公室
協助管理局機關日常工作，負責公文處理、政策法規、政務信息、機要檔案、保密保衛、宣傳、信訪、綜合統計、行政事務、財務管理、人事管理、教育培訓、思想政治工作和精神文明建設等工作。
食品安全監察科
組織擬訂食品、保健品、化妝品安全管理的工作計畫並監督實施；組織協調食品、保健品、化妝品安全的檢測與評價工作；匯總並上報食品、保健品、化妝品安全信息，評估和預防可能發生的安全風險；根據授權，組織協調開展食品、保健品、化妝品安全的專項執法監督檢查；依法組織開展對重大安全事故的查處；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
藥品監督管理科
監督實施藥品、醫療器械的國家和行業標準；監督實施處方藥、非處方藥分類管理制度；監督實施藥品生產、經營質量管理規範；實施藥品不良反應監測管理辦法；依法監管麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品及特種藥械；實施藥品流通管理制度和辦法，初審藥品零售企業資格；依法監督醫療器械的研究、生產、流通和使用環節，監督醫療器械不良事件監測。
稽查科
依法對藥品和醫療器械生產企業、經營企業和醫療單位的藥品、醫療器械質量進行稽查、抽樣；受理藥品和醫療器械違法案件的舉報；依法查處制售假冒偽劣藥品和醫療器械的案件；協助對食品安全重大事故進行查處。
