主要職能
（一）貫徹執行國家食品、藥品監督管理法律、法規，監督實施有關地方性法規、規章；組織有關部門擬訂食品、保健品、化妝品安全管理的工作規劃並監督實施。
（二）依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職能,組織協調有關部門承擔的食品、保健品、化妝品安全監督工作。
（三）依法組織開展食品、保健品、化妝品安全重大事故的查處；根據授權，組織協調開展全市食品、保健品、化妝品安全的專項執法監督活動；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
（四）依法對藥品生產、經營和使用環節進行監督管理，查處制售假劣藥品行為。
（五）貫徹實施藥品流通的管理制度和辦法，核發藥品零售企業藥品經營許可證；運用監管手段，配合綜合經濟部門貫徹實施醫藥產業政策。
（六）依法監管麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品及特種藥械。
（七）貫徹執行國家醫療器械管理法規、規章並監督實施；依法對醫療器械的研究、生產、流通和使用環節進行監督管理，查處其違法行為。
（八）承辦省食品藥品監督管理局和市政府交辦的其他事項。
內設機構
辦公室
協助管理局機關日常工作，負責公文處理、政策法規、政務信息、機要檔案、保密保衛、宣傳、信訪、行政事務等工作。
財務管理處
管理財務、經費、裝備和國有資產；負責各項財務預、決算和經費的收支、結算等;監督執行食品藥品監督管理系統財務制度。
人事教育處(機關黨總支合署辦公)
負責局機關、直屬單位機構編制和人事管理；負責全市食品藥品監督管理隊伍的教育培訓、思想政治工作、精神文明建設；負責離退休人員的服務管理工作；負責局機關和直屬單位的黨群工作。
食品安全監察處
擬訂食品、保健品、化妝品安全管理的工作規劃並監督實施；依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職能；組織協調食品、保健品、化妝品安全的檢測和評價工作；匯總並上報食品、保健品、化妝品安全信息，評估和預防可能發生的安全風險；依法組織開展對重大安全事故的查處；根據授權，組織協調開展食品、保健品、化妝品安全的專項執法監督檢查；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
稽查處
依法對藥品和醫療器械生產企業、經營企業和使用單位的藥品、醫療器械質量進行稽查、抽樣；受理藥品和醫療器械違法案件的舉報；依法查處制售假冒偽劣藥品和醫療器械的案件；協助對食品安全重大事故進行查處。
藥品安全監管處
監督實施國家藥品標準；監督實施藥品生產質量、醫療單位製劑配製質量管理規範；依法監管麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品及特種藥械；實施藥品不良反應監測管理辦法。
藥品市場監督處
監督實施藥品流通管理制度和辦法；依法核發、換髮、變更藥品零售（含零售連鎖）企業藥品經營許可證；監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施處方藥、非處方藥分類管理制度和中藥材、中藥飲片購銷規則。
醫療器械處
依法監督管理醫療器械的研究、生產、流通和使用環節，監督實施醫療器械的國家和行業標準；核發第一類醫療器械產品註冊證；監督醫療器械不良事件監測工作。
監察室
負責紀檢、監察工作。
市行政服視窗
制定視窗服務指南；承擔局行政許可事項的受理、審查、辦理和辦件送達工作；落實市政務服務中心的工作部署；負責局行政審批項目的統計分析和案卷整理歸檔工作；協調與局相關處室的業務聯繫。
