發掘歷史
1979年5月，曾對其進行過試掘，獲得大量石器、骨器。
1981年5月，中國科學院和貴州省博物館聯合發掘，出土石器、骨器、動物化石和人類化石2000多件，其中有骨器400餘件，製作精巧，形式多樣，為其他地方所少見。
研究進程
我國南方地區發現的舊石器時代晚期到新石器時代早期的重要古人類遺址，是國務院公布的八個舊石器時代重點文物保護單位之—，出土人類化石之多，為我國同時代之冠，1981年5月發掘所得就有510多件，這僅指磨製精美的骨器，未包括大量的打擊骨器，我國舊石器時代發現骨器始於1933年貓貓洞，華南尚未發現骨器（後據台灣資料，在潮音洞發現8件），所有的骨器都發現於北方，共3件，加上角製品也只有6件，到當前為止，全國發現總數除穿洞外不超過30件，穿洞出土骨器少說也超過全國發現總和的30倍，從而一舉摘掉了我國舊石器文化中貧骨器的帽子，成為全國第一、世界罕見的出土磨製骨器多的史前遺址。
穿洞遺址延續的時間約為8000年，依已有年代數據，最早約距今16600年前，最晚為距今8500年前。
裴文中教授生前十分看重穿洞遺址的發掘和研究，曾以80高齡兩次親臨穿洞考察，每一次，都是工作人員用擔架把裴老抬上穿洞。裴老的科學求實精神到現今還深深地感染著普定人。雕刻在穿洞洞口右側岩壁上的“穿洞遺址”是裴老親筆所書，可惜裴老回京後不久就去世了。
產出
穿洞景觀圖抬升脫離地下水位的或大部分已脫離地下水位的地下廣西靈川南圩穿洞河、地下廊道、伏流或洞穴，其兩端成開口狀，並透光者。以廣西桂林月亮山、穿山、象鼻山以及南圩等處穿洞為典型。
