基本信息
書名:生物信息學中的計算機技術(影印版)
ISBN:703010421
作者:(美) 吉巴斯 (美) 傑貝克
出版社:科學出版社
定價:48
頁數:427
出版日期:2002-5-1
版次:
開本:16開
包裝:
內容簡介
生物信息學是一門正在迅速發展的科學，它使用計算和分析方法來解決生物學問題。當前，基因組測序項目正在處理著來自許多不同生物體的大量生物學數據，並且，越來越多地把這些數據保存在公共資料庫中。即使是該領域中最積極的研究者，也不可能離開計算機工具的幫助進行工作。生物信息學研究的就是如何建立這些工具。
本書以一種清晰、活潑的方式，全面介紹了生物信息學領域中最重要的一些主題。本書介紹並解釋了在生物信息學研究中用到的許多流行軟體，並涵蓋了一些背景知識，以幫助讀者理解如何最好地使用這些工具，以及這些工具之所以重要的原因。
本書包括以下內容：
*建立一個生物信息學工作站
*當前生物學家使用的Unix系統
*在生物序列、基因組和分子結構資料庫中搜尋信息的計算技術
*用於識別基因的軟體工具和用於檢測那些識別基因族特徵模式的軟體工具
*用於系統發育關係、分子結構和生物化學屬性建模的軟體工具
*自動數據處理和數據分析過程
*建立資料庫
*用於數據採集和數據可視化的工具
本書不僅適合初學在生物學中如何使用計算方法的學生閱讀，而且適合那些剛開始學習使用計算機來處理數據的有經驗的研究者閱讀。本書可幫助讀者開發一種處理生物學數據的結構化方法，並可幫助讀者深入理解自己需要的軟體工具。
圖書目錄
第一部分 概述
第一章 計算機時代的生物學
計算是如何改變生物學的？
生物信息學難道僅僅是建立資料庫嗎？
信息學對生物學家意味著什麼？
生物學給計算機科學家提出了哪些挑戰？
生物信息學家應該有什麼樣的技巧？
為什麼生物學家應使用計算機？
要進行生物信息學研究應該怎樣設定PC機？
我們能找到什麼信息和軟體？
不上課我就能學會一門程式語言嗎？
怎樣利用Web信息？
怎樣理解序列比對數據？
怎樣編寫一個程式來比對兩個生物學序列？
怎樣通過序列來預測蛋白質結構？
生物信息學能回答什麼問題？
第二章 生物學問題的計算方法
分子生物學的中心法則
生物學家要建什麼樣的模型？
為什麼生物學家要建立模型？
本書覆蓋的計算方法
一個計算生物學的實驗
第二部分 生物信息學工作站
第三章 建立工作站
在Unix作業系統下工作
建立一個Linux工作站
如何使軟體運行起來
什麼軟體是必需的？
第四章 Unix中的檔案和目錄
檔案系統基礎
用於目錄和檔案的命令
在多用戶環境中工作
第五章 在Unix系統下工作
Unix Shell
在Unix系統上發布命令
查看和編輯檔案
轉換和過濾器
檔案統計和比較
正則表達式的語言
Unix Shell腳本
和其他計算機進行通信
在共享環境中和其他人輕鬆交流
第三部分 生物信息學工具
第六章 在Web上進行生物學研究
套用搜尋引擎
查找科學文獻
公共的生物學資料庫
搜尋生物學資料庫
在公共的資料庫中存儲數據
查找軟體
判斷信息的質量
第七章 序列分析、成對比對以及資料庫搜尋
生物分子的化學成分
DNA和RNA的組成
Watson及Crick解決了DNA的結構問題
DNA測序方法的發展
genefinder和DNA特徵的檢測
DNA翻譯
成對序列比較
在生物學資料庫進行序列查詢
序列分析的多功能工具
第八章 多序列比對、進化樹和簡圖
從形態到分子
多序列比對
系統發育分析
簡圖和基序
第九章 蛋白質結構的可視化和結構性質的計算
關於蛋白質結構數據
蛋白質的化學性質
基於Web的蛋白質結構工具
結構可視化
結構分類
結構比對
結構分析
溶劑可接近性和相互作用
計算物理化學性質
結構最佳化
蛋白質資源資料庫
把一切結合在一起
第十章 根據序列預測蛋白質的結構和功能
蛋白質結構的確定
預測蛋白質的結構
從三維到一維
蛋白質序列中的特徵檢測
二級結構預測
三維結構預測
把所有的結合在一起：一個蛋白質建模的方案
小結
第十一章 基因組學和蛋白質組學工具
從基因測序到基因組測序
序列組裝
在Web上訪問基因組信息
注釋和分析整個基因組序列
功能基因組學：新的數據分析挑戰
蛋白質組學
生化途徑資料庫
動力學和生理學建模
小結
第四部分 資料庫和可視化
第十二章 用Perl進行數據自動化分析
為什麼選擇Perl？
Perl基礎
模式匹配和正則表達式
使用Perl解析BLAST輸出
Perl在生物信息學中的套用
第十三章 構建生物學資料庫
資料庫類型
資料庫軟體
SQL概論
安裝MySQL DBMS
資料庫設計
開發與資料庫互動的基於Web的軟體
第十四章 可視化和數據採集
準備數據
瀏覽圖形
序列數據可視化
網路和途徑可視化
處理數字數據
可視化：小結
數據採集和生物學信息
參考文獻
辭彙表
