位於甘肅、青海兩省交界處的甘肅一側,地跨武威、張掖、酒泉三個地區,面積265.3萬公頃,1987年經甘肅省人民政府批准的建立,1988年晉升為國家級,主要保護對象為水源涵養林及珍稀動物。
祁連山山體高大,保護區內最高峰素珠璉峰海拔5564米,最低點海拔1800米,山地自然植被垂直分帶明顯,且帶譜完整,其森林植被為河西走廊水利的命脈。本區是我國乾旱地區物種資源集中分布的地區之一,維管束植物有1044種,其中國家重點保護植物有裸果木、星中草、延齡草等10多種;陸生脊椎動物有229種,其中國家重點保護動物有雪豹、藏野驢、白唇鹿、野氂牛等39種。該保護區的建立對保護我國乾旱地區的生物多樣性、維護當地生態平衡具有重要的意義。