起源
有一些現代團體自稱是玫瑰十字會的傳承者，不過很多玫瑰十字會歷史研究者認為這些現代的玫瑰十字會員並非直接傳承自17世紀的玫瑰十字會，他們只不過是熱心的追隨者。有人認為17世紀的玫瑰十字會根本不曾存在過，它只是一個文字騙局或惡作劇，也有人認為當時的玫瑰十字會是後來一些真實存在的社團的起源。
17世紀的宣言和傳說17世紀時，三份玫瑰十字會的宣言被匿名發表：1614年的《兄弟會傳說》（Fama Fraternitatis）、1615年的《兄弟會自白》（Confessio Fraternitatis）及1616年的《基督徒羅森克魯茲的化學婚禮》（Chymische Hochzeit Christiani Rosencreutz anno 1459）。它們共同描述了德國朝聖者“C.R.C”的傳奇經歷，在第三份宣言中稱他為基督徒羅森克魯茲。傳說這個朝聖者在中東跟隨神秘學大師們學習，返回德國後創立了玫瑰十字會，目的是帶來“人類全面的改革”。在他的有生之年，據說教團中只有不超過八名成員。在羅森克魯茲死後，即15世紀，教團就消失了，直至17世紀初期才“重生”（就在諸宣言發表的年代）。傳說在羅森克魯茲死後120年，他的墳墓被人發現和開啟，在那裡找到一些珍貴文獻，教團因此重新興起。
幾個世紀以來，這三份充滿符號性質象徵的宣言被人們用不同的方式解讀。它們並沒有直接提及羅森克魯茲的出生和死亡年代，但是《兄弟會自白》提及1378年是“我們的基督徒父親”的出生年份，又提到它們記述了他生命中的106年，這暗示他死於1484年。用類似方法可推斷該教團在1407年成立。但是許多學習神秘學的人並不全盤接受這些日期，他們認為這些日期只是以隱喻的方式使人理解入會儀式。理由源於宣言本身：一方面，玫瑰十字會員們在宣言中明顯採用了畢達哥拉斯主義傳統，以數字的形式揭示客體和思想，另一方面，在第二份宣言中，他們直接聲稱“我們以比喻和你對話，但也願意帶給你所有秘密的簡潔確鑿的理解和知識”，不過要得到這些知識的一個基本條件是要渴望達到哲學的理解及知識。
對起源的一些解釋根據18世紀玫瑰十字會團體“金玫瑰十字”（The Golden and Rosy Cross）的一個較不為人所知的傳說，玫瑰十字會在46年創立，當時耶穌的一位門徒馬可成功令亞歷山大港一位諾斯底主義哲人Ormus及其六位追隨者皈依。玫瑰十字會因這些人的皈依而誕生，融合了早期基督教及埃及神秘宗教。在此版本中，羅森克魯茲並非創立者，而是加入一個已存在的教團並且成為其總導師。
根據Émile Dantinne（1884年—1969年），玫瑰十字會的起源可能與伊斯蘭教有點關連。依第一份宣言《兄弟會傳說》（1614年）所述，羅森克魯茲在16歲那年展開朝聖之旅。他到過阿拉伯、埃及和摩洛哥，在那些地方與東方的哲人接觸，他們向他展示“全面的和諧科學”（universal harmonic science）。在耶路撒冷學習阿拉伯哲學後，他被引領到Damcar。這個地方的確實位置是個謎，它不是大馬士革，卻距離耶路撒冷不太遠。其後他在埃及短暫停留。不久以後他起程前往Fes，那裡是一個哲學及神秘學研究的集中地，計有Abu-Abdallah、Gabir ben Hayan及賈法爾·薩迪格的鍊金術、Ali-ash-Shabramallishi的占星學及魔法，以及Abdarrahman ben Abdallah al Iskari的秘傳科學。不過Dantinne稱羅森克魯茲也許從“精誠兄弟會”（Brethren of Purity）得到他的秘密知識，那是一個在10世紀成立於巴斯拉（在今伊拉克）的哲學家會社。他們的教條源自對古希臘哲學家的學習，不過變得像新畢達哥拉斯主義多一點。他們採用了畢達哥拉斯主義傳統，以數字的形式揭示客體和思想。他們的法術教授神及天使的名字、以神之名召喚、卡巴拉、驅邪及其它相關科目。
精誠兄弟會與蘇非主義在教條上有許多共通點。兩者俱是從古蘭經神學衍生的神秘教團，不過以一種對“神聖實體”的信仰代替信條。從諸宣言中表現的玫瑰十字會方式與精誠兄弟會的生活方式有許多相似處。兩者皆沒有穿著特別衣服，又同樣實行禁慾，醫治病患，並且免費傳授他們的學說。從流出說的觀點看，他們的法術中的教條成份與造物故事也有明顯的相似地方。
根據Maurice Magre（1877年—1941年）所著的Magicians, Seers, and Mystics一書，羅森克魯茲是13世紀德國Germelschausen家族的最後子孫。該家族的城堡位於黑森邊界的圖林根森林內，奉行阿爾比派教條，並結合基督教及異教觀點。整個家族被圖林根的Landgrave Conrad殺害，只有最年幼的兒子（將近5歲）倖免。他被一位阿爾比派大師級僧侶秘密帶走，安置在一所受阿爾比派影響的修道院內。他在那裡受教育，並且遇上與建立玫瑰十字兄弟會有關的四位兄弟。Magre的記述大概來自口述傳說。
今日的觀點
由於諸宣言所表達的概念複雜及主觀，現代的玫瑰十字會員對這些概念有多種不同看法：有些人接受這個傳說是如實記述，另一些人則視它為一組帶更深含義的比喻，亦有一些人相信羅森克魯茲是一個更為著名的歷史人物的假名，通常認為是弗蘭西斯·培根。該時期的著作通常不會認真看待那些有關玫瑰十字會起源的怪異傳說，因為它們確實難以置信，不大可能是事實。那些傳說的隱喻性質使玫瑰十字會的起源變得模糊。舉例，有人認為開啟羅森克魯茲的墓穴其實是指自然界的循環及宇宙事件，而羅森克魯茲的朝聖之旅好像是指賢者之石的轉變步驟。
歷史
羅森克魯茲在這些教導的基礎上構思同時的及普世的宗教上、哲學上、科學上、政治上及藝術上的改革藍圖。為了實現其計畫，他聯合了幾位追隨者（根據《兄弟會傳說》，最初是七位），並且命名這團體為玫瑰十字。
歷史學者認為玫瑰十字教團的創立者來自貴族，不過尚未找到檔案可以確認此說。不過該人應該是一位東方學家及偉大的旅行家。
在17世紀初期可以知道的是，玫瑰十字的志同道合者看來是一些孤立的個人，唯一聯繫他們的是各人皆抱有若干共同觀點。這些觀點是關於赫耳墨斯知識，與人類更高形態有關連，並且帶有建立一個更完美的人類社會的共同哲學概念。然而沒有任何屬於一個曾經聚會，或擁有幹事或首領的兄弟會或秘密會社的痕跡被找到。那些自認為玫瑰十字會中人的作者明顯是道德或宗教改革者，利用化學技能（鍊金術）及通常地利用各種科學作為宣揚他們的意見及信念的媒介。他們的著作包含神秘主義或神秘學的提示，引人探個究竟及意味一些只有法師們才能認得或發現的隱藏含義。
《兄弟會傳說》（1614年）、《兄弟會自白》（1615年）及《基督徒羅森克魯茲的化學婚禮》（1616年）出版後，在歐洲各地引起鬨動。這些作品宣稱一個由鍊金術士及哲人組成的秘密兄弟會確實存在，準備在歐洲飽受戰爭蹂躪之際改變歐洲的文藝、科學、宗教、政治及知識面貌。這些作品除了重刊數次外，許多小冊子也隨之出現，有些是贊同它們的，有些則不是，不過那些小冊子的作者普遍對原作者的真正目的知道不多，滿足了作者本人卻誤導了讀者。第一份作品可能在大約1610年時已經以手稿形式流傳，在此以前根本無人提及該教團。Johann Valentin Andreae（1586年—1654年）在其自傳中宣稱以匿名出版的《基督徒羅森克魯茲的化學婚禮》是他的作品，不過他其後以“玩物”來形容它。在他後來的作品中，鍊金術成為被嘲弄的對象，與音樂、藝術、戲劇及占星術一起被當成一類較不嚴肅的科學。他在玫瑰十字會傳說的起源所擔當的角色存有爭議。
馬丁·路德的印章玫瑰十字會作品的作者通常偏向信義宗，不過兩者之間的關係並不明朗，有人認為以下事情可能意味兩者有關連：玫瑰十字會檔案指控當時天主教會的虛偽；馬丁·路德的標誌是一朵綻放玫瑰中有一個十字；從1521年5月至1522年3月，路德在圖林根森林西南的瓦爾特堡停留，那森林據稱是羅森克魯茲的出生地。
十字和玫瑰的聯繫早在約1530年時，即是第一份宣言出版的八十多年前已經存在於葡萄牙的基督修道院。Three bocetes were, and still are, on the abóboda of the initiation room. 在十字中心的玫瑰清晰可見。同一時間，帕拉塞爾蘇斯在其1530年的一份著作Prognosticatio Eximii Doctoris Paracelsi中提及“一朵綻放玫瑰上的雙十字”，並附有圖像。19世紀神秘學家Stanislas de Guaita嘗試以帕氏的著作及其它例子證明“玫瑰十字兄弟會”遠早於1614年已存在。
第一份玫瑰十字會宣言《兄弟會傳說》明顯受到赫耳墨斯主義哲學家Heinrich Khunrath著作的影響。後者則深受另一位神秘的哲學家及鍊金術士John Dee的著作所影響。
在首兩份宣言及《化學婚禮》中呈現的傳說及想法給一些作品帶來靈感，當中有德國的米歇爾·麥耶爾（1568—1622）、英國的羅伯特·弗拉德（1574—1637）及伊萊亞斯·阿什莫爾（Elias Ashmole，1617—1692）及另外許多人，諸如Teophilus Schweighardt Constantiens、Gotthardus Arthusius、Julius Sperber、Henricus Madathanus、Gabriel Naudé、Thomas Vaughan等。（Sédir, Les Rose-Croix, Paris 1972, p. 59 to 68）Elias Ashmole在1650年出版了Theatrum Chimicum britannicum，他在該書的序言中為玫瑰十字會辯護。對玫瑰十字會主義有影響的後來著作包括George von Welling從鍊金術及帕拉塞爾蘇斯取得靈感寫成的 Opus magocabalisticum et theosophicum（1719），及Hermann Fictuld在1749年所著的 Aureum Vellus oder Goldenes Vliess。
米歇爾·麥耶爾被匈牙利及波希米亞國王魯道夫二世封為行宮伯爵，他是其中一位最著名的為玫瑰十字會辯護的人，在其著作中清楚傳達“玫瑰十字兄弟”的詳情。麥耶爾堅定地宣稱玫瑰十字兄弟是為了促進文藝及科學，包括鍊金術，而存在。研究他的著作的人指出他或任何其他玫瑰十字會主義者從來沒有宣稱他們曾經產生黃金。他們的著作指向一種象徵性及靈性的鍊金術多於一種操作性的鍊金術。
Henrichus Neuhusius在1618年的Pia et Utilissima Admonitio de Fratribus Rosae Crucis中宣稱那些玫瑰十字會員因為歐洲的局勢不穩（三十年戰爭隨後發生）而前往東方。1710年的Samuel Ritcher及後來的René Guénon（1886—1951）在他們的一些著作中也表達了同一意見，不過Arthur Edward Waite（1857—1942）則不同意此點。在原有的玫瑰十字會員離開後，一些自認是玫瑰十字會的新社團出現，它們建基於神秘學傳統及從玫瑰十字會的謎團得到靈感，不過可能只有少數與真正的玫瑰十字教團有任何共通處。
來自共濟會的玫瑰十字宣稱的共濟會影響
按Jean Pierre Bayard的說法，兩個從玫瑰十字會取得靈感的共濟會 rites在18世紀末出現。一個是Rectified Scottish Rite，在中歐盛行。另一個是Ancient and Accepted Scottish Rite，最初在法國實施，它的第18級稱為Knight of the Rose Croix。
雖然許多人嘗試了解從“行動性共濟會”到“思考性共濟會”的轉變，可是未找到答案，只知道該轉變在16世紀末至17世紀初發生。羅伯特·默雷爵士及伊萊亞斯·阿什莫爾是最初的思考性共濟會員的其中兩人。
Christopher McIntosh 推測羅伯特·弗拉德可能曾加入共濟會，Arthur Edward Waite 推測弗拉德可能把一些來自玫瑰十字會的影響引進共濟會，不過沒有證據支持這些推測。Robert Vanloo宣稱17世紀早期的玫瑰十字會主義對盎格魯—撒克遜的共濟會有相當大的影響。Hans Schick 從夸美紐斯（1592-1670）有關玫瑰十字會的著作中找到新生的英格蘭共濟會的理想，當時總會所還未誕生。夸美紐斯在1641年曾到過英格蘭。
金玫瑰十字
18世紀初，鍊金術士Samuel Richter（Sincerus Renatus）在布拉格成立了一個名為“金玫瑰十字”（Gold und Rosenkreuzer）的基督教團體，它是一個階級分明的秘密社團，由內部圈子及識別符號組成，建基於鍊金術的專門著作。該團體在Hermann Fictuld的領導下，在1767年及1777年進行了廣泛改革。其成員宣稱玫瑰十字教團的領袖們創造了共濟會，只有他們才知道共濟會符號的秘密含義。根據該團體的傳說，玫瑰十字教團是由埃及人Ormusse或Licht-Weise成立，以“Builders from the East”之名移居蘇格蘭。原有的教團其後消失，據說由奧利弗·克倫威爾以“共濟會”之名重新成立。在1785年及1788年，金玫瑰十字出版了 Geheime Figuren，即“The Secret Symbols of the 16th and 17th century Rosicrucians”。
在 Johann Christoph von Wöllner 及 General Johann Rudolf von Bischoffwerder 的帶領下，共濟會會所（後來稱“總會所”）Zu den drei Weltkugeln 被金玫瑰十字滲透及影響。許多共濟會員成為玫瑰十字會主義者，而玫瑰十字會主義也在許多會所紮根。Alte schottische Loge Friedrich zum goldenen Löwen 在1782年的一個會議上強烈請求不倫瑞克公爵斐迪南及所有其他共濟會員加入金玫瑰十字，但不成功。
概念
玫瑰十字：Alchemy and Divine Sciences of Healing & of the Stars
鍊金術是現代化學的祖宗，常被以為是一種利用普通金屬造出黃金的科學。那些真正的鍊金術士，或者叫“火的哲學家”，經常輕蔑地稱那些只對製造黃金及物質上的鍊金術有興趣的人為“吹牛家”。
鍊金術士在自己的實驗室使用materia prima工作，及使用一種叫athanor的熔爐及其它工具。在“靈性鍊金術”，materia prima 是人類的靈魂，而 athanor 是人類的身體及靈體（subtle body）。後者維持 the life of the most dense one 及確保與靈魂的聯繫。人類自身的存在就是實驗室，靈魂可以學習完善自身，達致從邪惡及缺陷（the vile metal）轉變為美德及品質。
玫瑰十字會最初的玫瑰十字會員在實驗室里進行鍊金術，這是那個時期流行的事，甚至教皇及國王也對它有興趣。《基督徒羅森克魯茲的化學婚禮》是一本清楚地提及此事的主要著作。今日的玫瑰十字會主義者（像不再建築大教堂的現代共濟會員）把他們的注意力放在靈性鍊金術上。
按那些早期宣言所述，玫瑰十字會是一個秘密教團，其成員相信或能夠示範被視為是上帝賜予的治癒能力：“靈性治癒”。In the outer orders these powers were explained by Egyptian mysteries and again, differently in the hermetic Order. 只根據此準則吸納成員，成員資格經嚴格挑選。該時代的作家、哲學家及其他人因為無法入會而產生好奇及不滿，這個原因使當時許多著作帶有偏見或揣測。許多現代的玫瑰十字團體認為這些神賜的能力可以用來幫助其他人。
玫瑰十字會一大部份的現代玫瑰十字會員相信“靈性占星學”的學問是通向“靈”的鑰匙，可幫助靈性發展及明白自我，以及有助經過“占星診斷”而痊癒。
重生抑或輪迴
有些東方宗教的信徒相信輪迴或轉生，認為人可轉世成動物、植物甚至礦物，或從它們轉世為人。不過玫瑰十字會員在Western Wisdom Teachings中指出那些東方教誨並非意味靈魂輪迴，而是說每個生命浪各有一個獨立的靈性進化進程，每一個是處於進化路上的不同階段。依玫瑰十字會員的說法，礦物的生命是大地上最初及最低層次的靈性進化，進一步是具有實質生命的植物，然後是涼血動物，接著是溫血動物，最後來到人類。The Rosicrucian Cosmo-Conception 也有同樣的說法。實際上，每個生命浪的生命一是經歷個別的靈的努力而進化，或是在一個群體的靈之下進化，各有不同階段的意識，及得到或多或少的subtle bodies ，根據每個生命浪的發展階段而定。
The eastern sacred text 《加德奧義書》 refers in Chapter 5, Verse 9, that 有些靈魂根據其功業而投胎重生，but others go into "the motionless" (Sanskrit word "STHANU", meaning "pillar"); allegedly the same concept is claimed to be found in the Bible (Book of Revelation) that mentions: "Him that overcometh, I will make a pillar in the house of my God, thence he shall no more go out." 不過正統的基督教聖經學者對此有異議，並且反對把聖經的象徵代表與神秘學說作任何形式的聯繫。玫瑰十字會員 interpret both references with the meaning that 當人類達至完美時，就可以不受轉世束縛，留在看不見的世界為提升其他生命形體而作工。這也是神秘學人士提出的另一個概念
宣言
如果不考慮在古時已經出現的玫瑰和十字的符號性質聯繫，玫瑰十字運動乃由在1614年至1616年間以德文出版的三份宣言引發：
1614年：《兄弟會傳說》
1615年：《兄弟會自白》
1616年：《基督徒羅森克魯茲的化學婚禮》
在1614年至1620年間，大約有400本討論玫瑰十字檔案的手稿及書本出版。
1622年，兩張神秘海報相隔數日在巴黎的牆上出現，使所謂的“玫瑰十字會狂熱”到達頂峰。首張海報以 "We, the Deputies of the Higher College of the Rose-Croix, do make our stay, visibly and invisibly, in this city (...)" 為開端，第二張則以 "The thoughts attached to the real desire of the seeker will lead us to him and him to us" 作結尾。
H. Adamson 在 The Muses' Threnodie (Perth, 1638) 指出："For what we do presage is riot in grosse, for we are brethren of the Rosie Crosse; We have the Mason Word and Second Sight, Things for to come we can foretell aright."
玫瑰十字會員以玫瑰和十字的結合作為他們的象徵，它包含了他們所作的事的意義，及強調這些事必須由所有的人一起完成，因為人類在大地上的目標是達致“神的智慧”。只有兩個方法可以達到這種“神的智慧”，就是知識與愛。從十字中心綻放的玫瑰，宇宙的整體意義被解釋如下：為了實現人類的可能性及變得完美，人類必須把愛心發展至愛所有生物及所有可以用感覺感受的形體；人類必須擴闊其知識及理解，以明白主宰各個世界的法則，以及能夠憑心中的直覺及愛的智慧，從每一結果找到它的原因。
現代團體
在19世紀後期及20世紀初期，有些團體以玫瑰十字會風格出現，幾乎全部都宣稱是某一個歷史上玫瑰十字會傳統的真正承繼者。這些把自己與“玫瑰十字會傳統”聯繫起來的團體可分為兩類：一是承認基督的秘傳基督教團體，另一是類共濟會式團體，兩者之間沒有任何關連。
