分類系統
澤瀉亞綱共有4目（或3目），16科，近500種。
1、澤瀉目（Alismatales或Alismatales）包括澤瀉科（Alismataceae）等
2、水鱉目（Hydrocharitaceae）包括水鱉科（Hydrocharitaceae）等
3、茨藻目（Najadales）包括眼子菜科（Potamogetonaceae）、茨藻科（Najadaceae）等
4、霉草目（Triuridales）
分類簡介
澤瀉目
水生或半水生草本植物。葉互生，常密集於根狀莖或匍匐莖的近頂端而呈基生狀，通常基部擴大和具鞘。花序聚傘狀傘形花序、總狀花序或圓錐花序，有時單生；花整齊，3基數（部分為多數），兩性或單性；花被6，排成2輪，外輪3片，呈花萼狀，內輪3片，呈花瓣狀；雌蕊3～20離生（或基部聯合），排成1輪或螺鏇狀排列。包括3科：花藺科Butomaceae，僅花藺Butomus umbellatus；假花藺科（沼草科）Limnocharitaceae，3屬，分布於熱帶地區，部分為熱帶魚缸水草；澤瀉科Alismataceae，14屬約90種，分布於北溫帶及熱帶，莖葉內含乳汁道，內充乳狀汁液，如水車前（歐洲澤瀉）Alisma plantago-aquatica、慈姑Sagittaria、刺果澤瀉Echinodorus。許多種類為妨礙灌溉及航運的水生雜草，或為魚類提供重要的生境，並有助於穩定岸線。經濟價值不大，但在植被演替、促進陸地化形成方面有重要意義。
水鱉目
僅水鱉科Hydrocharitaceae，16屬約100種，主要分布於熱帶和亞熱帶地區，有些屬種也少數分布於溫帶。多年或一年生，浮水或沉水草本，生淡水或鹹水中。莖存在或無。葉有時呈蓮座狀，有時為2列，互生、對生至輪生，或有肘分化出披針形、橢圓形或心狀卵圓形的葉片和葉柄。花單生，成對或排成花序狀，常為佛焰苞狀的苞片或為2個對生的苞片所包；通常單性，很少兩性，輻射對稱；雄花常多數排列成傘形；雌花單生；花被片1～2輪，每輪3片，如為2輪，外輪萼片狀，內輪花瓣狀；雄蕊通常多數，向心發育，稀為3或2枚，花葯外向，線形或橢圓形；子房下位，心皮3～6，花柱與心皮同數，不裂或2裂，3～6個側膜胎座，胚珠多數。果實肉質，漿果狀，但通常不規則或星狀開裂。如水篩屬Blyxa、海菖蒲屬Enhalus、喜鹽草屬Halophila、黑藻屬Hydrilla、水鱉屬Hydrocharis、水生草屬Nechamanadra、水車前屬Ottelia、泰來藻屬Thalassia、苦草屬Vallisneria。
茨藻目
含10科19屬，為水生和池沼草本植物：水蕹科Aponogetonaceae、冰沼草科Scheuchzeriaceae 、水麥冬科Juncaginaceae、眼子菜科Potamogetonaceae、川蔓藻科Ruppiaceae、茨藻科Najadaceae、角果藻科Zannichelliaceae、波喜盪科Posidoniaceae、絲粉藻科Zannichelliaceae、大葉藻科Zosteraceae。多為一年生沉水草木，有節，且不容易折斷。單葉且常為線形，花大，單生或少枚聚生於葉腋。野生種常見於沼澤與池塘。20世紀八十年代後，受福壽螺侵害，部分種成為稀有植物。
形態特徵
澤瀉亞綱植物：澤瀉植物形態水生或濕生草本，或菌根營養而無葉綠素。花的大小及顏色各異，
或大而艷麗，或小而不顯著；整齊花或不整齊花，兩性或單性，排列於各種花序中，通常為總狀花序或穗狀花序。花被3數2輪，異被，或退化或無；花瓣及萼片均為3基數。雄蕊1至多數，花粉粒全具3核，單槽而無萌發孔；雄蕊具1至多個分離或近分離的心皮，偶結合，每個心皮或每個室具1至多枚胚珠，通常具雙珠被及厚珠心。胚乳無或不為澱粉狀。單葉，沿莖互生，某些種的葉對生或輪生。葉片具平行脈，基部常為鞘狀，某些種類的葉片可退化或完全消失。
親緣關係
一般認為澤瀉目、水鱉目及茨藻目為近緣。但霉草目甚為獨特，親緣關係不詳。有人認為本亞綱作為一個整體是單子葉被子植物中最古老的類群。
