漁農自然護理署的總部位於九龍長沙灣道303號長沙灣政府合署5樓。
漁農自然護理署的工作包括監察及指導漁業及農業，營運香港各新鮮副食品批發市場，指定及管理郊野公園、特別地區（包括香港濕地公園）、海岸公園(包括地質公園)及海岸保護區，以及規管瀕臨絕種動物、植物的出入口。並監管動物的福利與控制動植物的傳染病，例如禽流感。
隸屬
1997年6月30日：規劃環境地政科1997年7月1日﹣2000年12月31日：規劃環境地政局
2000年1月1日﹣2002年6月30日：環境食物局
2002年7月1日﹣2007年6月30日：衛生福利及食物局
2007年7月1日﹣現在：食物及衛生局
架構
漁農自然護理署現任署長是黃志光太平紳士，署理副署長為梁肇輝博士及署理主任秘書林偉文先生，轄下分署包括：農業分署：助理署長（農業） - 廖季堅先生
漁業分署：署理助理署長（漁業） - 蘇炳民博士
郊野公園及海岸公園分署：助理署長（郊野及海岸公園） - 沈振雄先生
自然護理分署：助理署長（自然護理） - 黎接傳先生
檢驗及檢疫分署：助理署長（檢驗及檢疫） - 薛漢宗獸醫。
另有多個獨立的法定委員會分別就其負責的各種事務，履行其法定職能。委員會名單如下：
漁農業諮詢委員會
農產品獎學基金顧問委員會
動物福利諮詢小組
郊野公園及海岸公園委員會
保護稀有動植物諮詢委員會
魚類統營顧問委員會
漁業發展貸款基金顧問委員會
嘉道理農業輔助貸款基金委員會
海魚獎學基金顧問委員會
統營顧問委員會
香港獸醫管理局
犬只及貓只分類委員會
狂犬病條例（第421章）設立的抗訴委員團
職責
漁農事宜及新鮮副食品批發市場
隨著1990年代世界各國對健康食品和環境保護的關注，自2000年12月漁護署開始“有機耕作轉型計畫”，直到2007年12月5個主要菜區（吳家村、大江埔、坪輋、大埔和逢吉鄉）共106個農場遵循漁護署所編訂的“有機作物生產守則”進行蔬菜生產，蔬菜銷售由蔬菜統營處負責。漁護署及菜統處於1994年合作推行“信譽農場計畫”，推廣優良園藝操作及環保作物生產方法，保障市民健康。漁護署負責發放“緊急救援基金”的“漁農業補助金”，用以減輕受天災所害及符合資格農民的經濟困難。香港有29個魚類養殖區，分別位於沙頭角、鴨洲、吉澳、澳背塘、西流江、往灣、塔門、較流灣、深灣、老虎笏、榕樹凹、糧船灣、吊杉灣、大頭洲、雞籠灣、滘西、麻南笏、布袋澳、蒲台、索罟灣、蘆荻灣、馬灣、鹽田仔、長沙灣、鹽田仔（東部）及東龍洲，占海域總面積達209公頃，持牌經營者約有1,080名。漁護署在所有魚類養殖區進行定期水質監察及偵察有害藻類及紅潮的出現。漁護署於2002年8月開始試驗容許在榕樹凹及滘西魚類養殖區內進行“魚排閒釣”，更於2003年1月開始將計畫推廣至其它養魚區，現時有9個魚類養殖區內設有獲準進行魚排休閒垂釣的魚排，包括：
榕樹凹
滘西
大頭洲
雞籠灣
深灣
東龍洲
麻南笏
索罟灣B區
鹽田仔（東部）
漁護署制訂“優質養魚場計畫”協助推動本地水產養殖業的可持續發展，推行“良好水產養殖方法”提升本地魚產品的質素，建立品牌以突顯本地生產的魚產品。漁護署會就養魚技術及相關的管理問題向有需要養魚戶提供協助，並透過“嘉道理農業貸款基金”為水產養殖戶提供低息貸款。
香港的漁船主要在南海的大陸架附近水域作業，大部分漁船由家庭成員操作，另雇漁工協助。漁護署於1996年展開“人工魚礁計畫”，旨在增強香港漁業的繁衍和促進海洋生物的多樣化，現時共有637座人工魚礁敷設於香港合適的水域，包括海下灣和印洲塘海岸公園、牛尾海和大灘海。漁護署為漁民提供各類相關訓練的課程，協助漁民考取操作漁船所需的資格和改善航海知識。漁護署在香港仔、筲箕灣、青山、大埔、西貢及長洲設有聯絡辦事處。漁護署共管理4個漁業貸款基金，分別為“魚類統營處貸款基金”、“漁業發展貸款基金”、“世界難民年貸款基金”及“美國經援協會貸款基金”，為漁民轉型至可持續發展漁業及一般生產用途提供低息貸款。
漁護署管理的魚類統營處提供海魚統銷服務，現時合共經營7個魚類批發市場，分別位於香港仔、筲箕灣、油塘、長沙灣、青山、大埔及西貢。位於香港仔石排灣道香港仔漁業辦事處的“漁業教育中心”於2003年9月30日啟用，增加香港市民對漁業的認識，提高保育漁業資源及存護海洋環境的意識。
香港居民食用的鮮活食品大部分都是經由漁護署管理的政府鮮活食品批發市場批銷，現時共有4個政府鮮活食品批發市場，提供2,600個出租鋪位及輔助設施：
長沙灣副食品批發市場：自1993年10月1日開始啟用，位於九龍長沙灣欽洲街西，有淡水魚市場、蔬菜市場及蛋品市場； 西區副食品批發市場：第一期於1991年10月18日啟用，而第二期則於1994年3月1日開始啟用，位於香港島石塘咀豐物道，有鮮果市場、淡水魚市場、蔬菜市場、鵝鴨市場及蛋品市場； 長沙灣臨時家禽批發市場：於1974年11月1日開始啟用，位於九龍長沙灣興華街，只供家禽批發； 北區臨時農產品批發市場：於1989年2月7日開始啟用，位於新界粉嶺安樂村安居街，設有露天蔬菜買賣場地。
自然護理及郊野公園
漁護署透發展建議、規劃策略、環境影響評估等工作，提供有關自然保育方面的意見、執行法例、進行研究及推行生物多樣性保育計畫和認定具特殊科學價值的地點等工作以保育香港的動植物及自然生境；亦會定期進行生態調查，並建立香港的生態資料庫；同時監察米埔內后海灣國際重要濕地的生態，並發展及管理香港濕地公園；監管瀕危動植物的國際貿易；及透過宣傳和教育活動，加強香港市民對自然保育的認識。漁護署管理24個郊野公園及7個位於郊野公園範圍外的特別地區、5個海岸公園及海岸保護區、各區的康樂或燒烤地區、37個露營地點及10個透過許可證制度容許越野腳踏車活動的地點。
