溝口雄三先生生於日本名古屋市,畢業於東京大學文學部,研究生時代師從著名中國史學者入矢義高,東京大學文學部助手、中經琦玉大學講師,東京大學文學部副教授等職位。1985年,溝口創建了“中國一社會與文化”學會,成功打通了東京大學文學部與哲學學科限制,建立了一套完善的跨學科的對話機制。2007年,溝口牽頭成立由全日本多名宋明學者組成的《朱子語類》譯註刊行委員會,正式啟動《朱子語類》日譯的二十年大工程。 2010年7月31日,由於帕金森症,溝口雄三不幸去世,終年78歲。溝口的至親出席了葬禮與遺體告別儀式。喪主為夫人溝口睦子。
溝口雄三以研究中國宋代至現代思想史而享譽學界,不僅留下具有極大思想衝擊力的著述,而且推動了多種國內與國際的大型學術活動。例如與中國學者發起“知識共同體”對話,持續討論戰爭的記憶與責任問題等等。並是日中專家研討項目“日中知識共同體”的骨幹成員。著作有《作為方法的中國》、《中國的衝擊》 、《中國前近代思想的屈折與展開》等。