宗旨
伊斯蘭教建築物擁護中國共產黨和人民政府的領導，熱愛社會主義祖國；協助政府宣傳、貫徹黨的宗教信仰自由政策；團結全市各民族穆斯林，遵守國家的憲法、法律、法規和政策；發揚伊斯蘭教基本精神和優良傳統，獨立自主自辦教會；代表全市各族穆斯林合法權益，發揮愛國宗教團體的橋樑和紐帶作用；遵守社會道德規範，促進民族團結，維護社會穩定，積極引導我市伊斯蘭教與社會主義社會相適應，推動各民族穆斯林積極參加社會主義物質文明、精神文明和政治文明建設，為中國特色的社會主義現代化建設、祖國統一和世界和平作出貢獻。
職責
1、在憲法、法律、法規和政策規定的範圍內開展伊斯蘭教務活動；
2、堅持獨立自主自辦教會的方針，加強自身建設，建立健全協會內部的各項規章制度，維護深圳市各族穆斯林民眾的合法權益；
3、充分發揮橋樑和紐帶作用，協助黨和政府宣傳、貫徹落實宗教信仰自由政策，促進民族團結，維護社會穩定；
4、團結和教育各族穆斯林民眾愛國愛教，遵紀守法，明禮守信，積極投身於社會主義物質文明、精神文明和政治文明建設；
5、積極開展伊斯蘭教教務研究和指導工作，弘揚伊斯蘭教優秀文化傳統，對外開展伊斯蘭教文化交流；
6、開展舉辦利國利民、服務社會的公益和自養事業；
7、加強聯誼活動，開展伊斯蘭教方面的對外友好交往，增進交流與合作。
組織機構
1、深圳市伊斯蘭教協會接受深圳市民族宗教事務局和深圳市民政局社團登記機關的指導、監督和依法管理。市伊斯蘭教代表會議是協會最高權力機構，代表四年一屆，代表會議原則上每兩年召開一次；
2、協會常務委員會由市伊斯蘭教代表會議選舉產生，常務委員會由會長、副會長、秘書長和常務委員組成，代表會議閉會期間，由常務委員會處理會務；
3、會長在副會長、秘書長的協助下，主持常務委員會工作；
4、協會設副秘書長若干人；
5、會長會議由會長、副會長、秘書長組成，負責處理常務委員會的重要日常工作。
深圳市伊斯蘭教協會現任主要負責人是市政協委員洪建忠同志，副會長有馬明傑同志和白忠偉同志。本屆市伊協代表共有49名，常務委員會成員9人。
其他
作為穆斯林民眾的主要宗教活動場所，我市的清真寺坐落在梅林東路，占地3120平方米，該寺落成於1999年，是南粵大地上一座年輕的清真寺。在政府的幫助下，寺里修建了禮拜大殿和辦公小樓等設施，並在市伊斯蘭教協會的指導下成立了民主管理委員會，堅持獨立自主自辦教務，堅持走宗教與社會主義相適應的道路，積極為特區各族穆斯林民眾服務。深圳市清真寺在1999年被評為“深圳市文明宗教活動場所”，2004年被評為“廣東省文明宗教活動場所”。
