汾河公園旱災過後，水患又不期而至，1886年，汾河泛濫，河堤決口，猛烈的洪水衝破已經關閉的大南門湧入城內，半壁西城頓成澤國，滿洲城、學台衙門、陽曲縣文廟以及不計其數的民宅剎那間蕩然無存，肆虐的洪水逐漸平息下來之後，才鑿開城牆引出城外。水災之後，當時的山西巡撫張之洞請求李提摩太為根治汾河水患出謀劃策，李提摩太在教會醫院院長紹菲爾大夫的幫助下，用水準儀對太原城周進行測量，繪製地形圖，拍攝照片，據此寫出了一份詳盡的報告，張之洞根據這份報告改善了防止水患的措施。
包括太原在內的中游一帶歷來是汾河水患的多發區，汾河進入太原盆地之後，河道縱坡變緩，有較多的支流匯入，泥沙淤積嚴重，主要靠堤壩擋水，因而比較容易遭受洪災。解放前一百多年裡，汾河發生洪災二十餘次，平均五年一次，1892年和1942年的洪水又兩次使太原西半城被淹。建國後，1954、1959、1977、1988、1996年，汾河中下游發生了五次較大規模的水災，尤其是1977年平遙水災，導致尹回水庫垮壩，南同蒲鐵路中斷十天，死亡七十人。
當然，給太原造成水患的並非僅僅汾河，兩山夾一河的地勢使得太原極易受到東、西兩山爆發的山洪危脅。太原城東部邊山的五條山溝，每逢夏秋雨季，雨水和山洪沿著山溝注入窪地，酷似五龍吐水，五龍口因此而得名。清代嘉慶二十年，東山山洪爆發，十幾丈高的巨浪直撲太原，大南街和大南關都被山洪吞沒。1955年七月，西部邊山山洪爆發，洶湧的洪峰受到高大的鐵路路基阻擋之後，轉向直衝晉西機器廠的家屬宿舍，成為太原解放五十年歷史中損失最大的一次洪水災害。1996年8月4日，西山再次爆發洪災，洪水順著迎澤西大街和虎峪河等泄洪溝奔涌直下，洪水過後，迎澤西大街到處都是從西山小煤窯衝下來的坑木，迎澤橋西一帶淤積的泥沙有將近一米厚。
比天災更可怕的是人禍，除了自然災害之外，汾河還曾經三次被人為的用來水淹晉陽。第一次是公元前 453年，趙襄子奠定三家分晉的晉陽之戰中，智伯決晉水、汾河灌城，洪水一直淹到離城頭三版的地方。第二次是公元 969年，趙匡胤御駕親征，久攻晉陽不下之後，決開汾河、晉水漫灌晉陽，汾水一度從崩塌的城牆缺口沖入城內。第三次是公元 980年，趙光義在火燒晉陽的第二年，決開汾河，沖灌晉陽古城廢墟，將晉陽徹底摧毀。
其實，相對起南方那些水患頻繁的河流來說，唐代以前鮮有水患的汾河可以算得上是嫻靜美麗甚至溫柔婉約，很少發生特大規模水災的汾河是哺育太原城的當之無愧的母親河。
全長七百公里的汾河是黃河第二大支流，也是山西省最大的河流，汾者，大也，汾河因此而得名。汾河在太原境內縱貫北南，全長一百公里，占到整個汾河的七分之一。
《左傳·昭公元年》關於台駘在太原地區治理汾河成為汾水之神的記載，是汾河在中國歷史上的第一次出現。公元前 647年，晉國發生饑荒，向已結成秦晉之好的秦國求援，秦穆公發動“泛舟之役”，運送糧食的船隊經渭河、汾河直抵晉國的絳都，也為我們留下了“晉惠公借糧——有借無還”的歇後語。泛舟之役是汾河航運的最早歷史記載，同樣是運糧，1963年河津缺糧，政府調集二十艘船隻經汾河運送糧食，這成為汾河歷史上的最後一次航運。
公元前 113年，漢武帝劉徹率領群臣到河東郡汾陽縣祭祀后土，途中傳來南征將士的捷報，而將當地改名為聞喜，沿用至今。時值秋風蕭颯，鴻雁南歸，漢武帝乘坐樓船泛舟汾河，飲宴中流，觸景生情，感慨萬千，寫下了千古絕調《秋風辭》：“秋風起兮白雲飛，草木黃落兮雁南歸。蘭有秀兮菊有芳，懷佳人兮不能忘。泛樓船兮濟汾河，橫中流兮揚素波。蕭鼓鳴兮發棹歌，歡樂極兮哀情多，少壯幾時兮奈老何！”
到了唐代武則天年間，并州長史崔神慶“跨水聯堞”，修建了橫跨汾河，連結東、西二城的中城。此後，河東節度使馬遂在太原城外汾河沿岸修建了大量池沼，種植柳樹上萬株，不僅美化了風景，而且節省了守城的兵卒。
宋代天聖年間，曾經奏請減免山西百姓煤炭和冶鐵稅的陳堯佐來到太原，擔任并州知州，當時的汾河時常泛濫，早年在滑州時就以治水聞名並修築過“陳公堤”的陳堯佐於是新建了一道五里長的河堤，基本解除了水患。做為一個文化素養極高的知識分子，陳堯佐對小橋流水式的園林風景情有獨鍾，他在汾河岸邊引汾河水瀦成湖泊，沿河環湖種植數萬株柳樹，並在堤上興建了“彤霞閣”，將其統稱為“柳溪”，在加固堤防的同時，將這一防洪水利工程又建設成為太原最早的公共園林。此後，繼任官員對“柳溪”繼續進行擴建和維護，暮春三月，輕輕柳絮點人衣，地方官員和城中百姓都要來這裡踏青遊覽。元代太原僧人小倉月在他名為《太原城》的詩作中是這樣描述柳溪的：“堤邊翠帶千株柳，溪上青螺數十峰，海晏河清無個事，畫樓朝夕幾聲鍾。”元人陸宣則在《游汾河》中留下了“翠岩亭下問棠梨，上客同舟過柳溪”的詩句。遺憾的是，美麗的柳溪最終在元朝的亂世之中消失了。八十年代初，為了紀念昔日的良辰美景，在柳溪舊址附近的一條街道被命名為“柳溪街”。
二百年後，金末元初的著名學者元好問在參加科舉考試的途中來到太原，遊覽完汾河西岸的晉陽古城遺址，為我們留下了一首《過晉陽故城書事》。就在汾河岸邊，他路遇一位張網捕雁的農夫，農夫告訴他，今天早晨在河灘上網到兩隻大雁，農夫殺掉其中的一隻後，另一隻脫網逃走的大雁在空中悲鳴哀叫，始終不願離去，最後竟然一頭撞向地面殉情而死。聽完農夫的訴說，元好問唏噓長嘆，向農夫買下了這兩隻大雁，將它們埋葬在汾河岸邊，用石塊壘起一座墳丘，稱之為“雁丘”。與元好問同行的學子們紛紛賦詩，元好問也寫下了一首流傳千古的《雁丘辭》：“恨人間、情是何物，直教生死相許。天南地北雙飛客，老翅幾回寒暑。歡樂趣，離別苦，是中更有痴兒女。君應有語。渺萬裡層雲，千山暮景，隻影為誰去。橫汾路。寂寞當年簫鼓。荒台依舊平楚。招魂楚些嗟何及，山鬼自啼風雨。天也妒。未信與，鶯兒燕子俱黃土。千秋萬古。為留待騷人，狂歌痛恨，來訪雁丘處。”遺山先生畢竟是大家手筆，同樣感天動地的題材，同行者的詩作早已被人們淡忘，唯有他的《雁丘辭》傳唱至今，到了現代，更是通過金庸先生的《神鵰俠侶》而成為千古不朽的愛情絕唱。
明代的太原，城郭壯麗，殿宇輝煌，山川秀美，再加上蔥蘢蒼翠遍布古柏勁槐被稱為“錦繡嶺”的東西兩山，時人有“花花正定府，錦繡太原城”的贊語。現代人很難想像太原東西兩山那光禿禿的黃土高坡當年竟會有“錦繡嶺”的美名，而事實上，在古代甚至直到明朝，不僅是太原，整個山西地區，大部分都被森林和草地所覆蓋，學者們甚至認為在兩千多年前，山西的森林覆蓋率高達63%，相當於現在的十倍。如同現代山西將廉價煤炭輸出省外將生態災難留給自己一樣，秦漢及唐代修建長安，北魏修建洛陽，宋朝修建汴京，明朝修建北京，所用的木材大多是從山西採伐，然後經汾河水運出晉。受到人類活動以及戰爭、自然等因素的影響，山西的森林日益減少，生態環境急劇惡化，在唐代還以“素汾”見稱的汾河到了明朝中葉，在明代文壇“前七子”之一李夢陽的筆下已經成為“太行山西濁汾流”，而方圓百里的昭余祁、并州藪、汾陂、文湖、洞過澤等著名古代湖沼也先後在明清之際乾涸消失了。
另一位明代詩人張頤還為我們留下過一首《汾河晚渡》：“山銜落日千林紫，渡口歸來簇如蟻。中流軋軋櫓聲清，沙際紛紛雁行起。遙憶橫流游幸秋，當時意氣誰能儔。樓船簫鼓今何在？紅蓼年年下白鷗。”古人觀景，除了自然風光之外，更加注重意境，正因為如此，汾河晚渡，在清代成為太原八景之一。
到了民國初年，汾河岸邊又出現了“桃園”美景。大約是民國19年前後，頗有些閒情逸緻的太原富戶黨氏，購買了水西關外汾河岸邊一片百餘畝的荒灘，雇用一些精通園藝的林工花匠，精心培了桃苗、杏枝，闢建出一片私人園林。幾年之後，在園工們的精心培育下，早春二月，短短桃花臨水岸，桃杏爭相吐艷，芳菲滿園，春意盎然，“桃園”的美名油然而生，慕名而來的遊春踏青者絡繹不絕。1946年四月，太原的《民眾日報》連續報導了兩則關於桃園的訊息，“……春意闌珊，群以折花為樂，夭桃有知，定不為主人招攬損失。”“……各中國小校員生，連日旅行亦以之為目標，似乎要向它探索一個滿意的春天。”太原戰役期間，桃園成為孤城太原接受空投彈藥和給養的基地，桃園遭到不小的破壞。建國後，園林部門將桃園擴大到一百六十畝，其中八十畝專門栽種桃樹，在恢復了桃園美景的同時，還能年產三萬斤水蜜桃。然而，在文革那個瘋狂的年代裡，一些頭腦發熱的革命者在這裡砍樹種糧，兩千餘株桃樹被一掃而光。此後，城市發展的腳步迅速推進，剩餘的幾千株樹木也在三年的時間裡被全部砍伐，取而代之的是一棟棟的宿舍樓和幾條空有“桃園”之名而難見人面桃花相映紅的狹窄街道。九十年代初，曾有人呼籲恢復桃園美景，在汾河岸邊廣種桃樹，但未能實施。1995年，園林部門在新建北路隔離綠化帶上改種桃樹，總算使得與新建北路相銜接的幾條桃園小巷不再是浪得虛名。
“濁汾”也罷，汾河當時總歸還是有水的，1937年11月8日，太原失陷，守城軍隊突圍之後向西山轉移，很多將士就是在這枯水期里泅渡的時候埋骨汾河的，這一點倒是與宋代太原抗金戰中突圍後投汾水殉難的太原守將王稟頗為相似。然而，建國以後，工農業急速發展，人口劇增，汾河水量銳減。1961年，山西省政府在太原上游的婁煩興建庫容七億立方米的汾河水庫，由於缺乏大型施工機械，工期嚴重滯後，在雨季到來之前已經很難建成大壩，中央為此下令汾河水庫下馬，山西地方領導在做好跳汾河的準備後冒著風險堅持施工，硬是採用十幾萬人齊上陣的人海戰術如期完工，山西還以此題材拍攝了一部名為《汾水長流》的影片。汾河水庫建成後，太原人民的頭上就頂了一盆水，而汾河太原段卻基本乾涸，只有在雨季和汾河水庫放水時，才能看到混蝕的河水流過半個河床。前幾年，一對太原父子就是趁著汾河水庫放水，撐著自己製造的竹筏順流而下，穿越了汾河太原城區段，只是不知道當他們橫中流兮揚濁波的時候，是否想起了《人說山西好風光》中有一句“你看那汾河的水呀嘩啦啦地流過我的小村莊……”
幾近乾涸的河床唯一的好處就是為建造橋樑帶來了方便，僅汾河太原城區段，目前就建有七座橋樑。太原最早的汾河橋應該建於唐代，并州長史李績修建了橫跨汾河向東城送水的“晉渠”。宋初平定北漢時，曾多次在晉陽城外的汾河橋交戰，宋軍曾在此擊敗北漢名將楊業，但汾河橋也在那次戰鬥中遭到嚴重破壞，為此，趙匡胤下令砍伐西山林木重建了汾河橋。汾河再次建造橋樑是民國時期，在修建太原至軍渡的公路時，同時在太原汾河上修建了一座木結構的公路橋，這座橋樑在抗日戰爭中被炸毀，1997年修建新迎澤大橋時，還曾挖出過深入河床的木樁和日軍炸彈。後來，日偽政府修建了一座五百餘米長的鋼筋混凝土橋樑，這座民間所謂的“洋灰橋”寬度僅容一輛汽車通行，不過，這卻是目前為止，使用時間最長的一座汾河橋。1953年，迎澤大橋建成，當時號稱“華北第一橋”，與它毗鄰的日偽汾河橋被保留下來做為上行的非機動車道繼續使用。1996年，七十米寬的迎澤大街歷經四十年終於做完了十里長街夢，為了建造了一座與其相適應的新橋，昔日的華北第一橋和“洋灰橋”同時被炸掉，取而代之的是寬達五十米據說為全國之冠的新迎澤大橋。炸橋前夕，很多太原人都前往迎澤橋拍照留念，在我的影集裡，還有兩張攝於爆破當天清晨的舊迎澤大橋照片。
《汾河流水嘩啦啦》，這首六十年代電影《汾水長流》的主題歌在山西傳唱不衰，再也不聞汾河流水嘩啦啦的太原人始終盼望著能夠重新看到汾水歡歌。八十年代，太原工業大學的一位教授提出了汾河蓄水建議，這一建議終於在世紀末變成現實，太原市投資四億人民幣，完成了汾河太原城區段治理美化工程，通過複式河槽和四道橡膠壩實現了汾河蓄水的目標，柳溪、桃園等美景雖然已經很難恢復，但汾河晚渡、雁丘等歷史名勝都重現汾河公園。
除了母親河汾河之外，太原城區還有因清代八旗軍飲馬而得名的飲馬河等多條小河和一些湖泊。
如今太原城中最大的湖泊是迎澤湖，這裡曾是太原城外的一片荒地，在光緒十二年的汾河大水之後變成一片沼澤地，近代一度成為焚屍場和刑場，太原戰役總攻時刻，抬著雲梯橫穿這片積水的解放軍戰士在炮火的洗禮之下曾將湖水染紅。五十年代，太原市新建迎澤公園，通過全市職工學生的義務勞動挖湖堆山，蓄水後因為位於迎澤門外而被命名為迎澤湖。
太原城中歷史最悠久的湖泊當屬兒童公園的文瀛湖，文瀛湖是明代展擴太原城池後由東南半壁雨水匯集而逐漸形成的兩片積水，當時的名字叫海子堰，當年李自成的部將陳永福就是在這裡處死了一千餘名明朝宗室。海子堰的兩片積水在清代被貫通，因為靠近貢院而被命名為文瀛湖，成為舊太原八景之一的“巽水煙波”。1912年孫中山來太原時，就是在文瀛湖畔向各界民眾做的講演，此後，這裡先後被命名為文瀛公園、中山公園、新民公園、人民公園，最終在1982被定名為兒童公園。
在太原市新建北路東側，分布著一系列小湖泊，包括動物園裡的黑龍潭、新建路游泳場、南海子等等，這些被稱為“城西水系”的小湖泊大多都是明代太原城西護城河的殘留水面，直到民國初年，它們彼此之間還都是相互貫通的，並且留下了可以行船的記載。建國後，按照城市規劃，將要疏通城西水系，新建北路東側與城西水系之間的空地全部預留用於綠化，如果這一預想能夠實現的話，我們可以構想，新建北路從天龍大廈東側直到動物園一線，將會出現一個比汾河帶狀公園更加美麗更加方便人民民眾的休閒娛樂場所。遺憾的是，這一規劃卻在文革期間被破壞，預留的空地大多已被用於市政建設，僅留下緊鄰新建路游泳場的新建路小遊園。近年來，隨著對環保綠化工作的不斷重視，南海子公園的建設已經列入規劃，也算是對當年遺憾的一點補償吧。
