主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關水路運輸、港口管理、內河航道管理、船舶檢驗、水上交通安全工作的法律法規和方針政策。
（二）負責全省航道及航道設施的建設、養護和管理工作；負責港口建設的有關管理工作。
（三）負責全省水上交通安全監督管理；承擔水上應急工作。
（四）負責全省船舶和船運貨物貨櫃等相關設施的法定檢驗工作。
（五）負責全省水路運輸和港口的行業管理工作；負責全省水運、港口規費的征管工作。
（六）負責水路營運性運輸審批和新增客船、危險品船投入運營審批；負責水路運輸業戶變更經營範圍審批；負責港口經營許可；負責建設港口設施使用深水岸線審查和使用非深水岸線審批；負責港口生產安全管理。
（七）承擔省交通運輸廳交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，省港航管理局內設16 個副處級處室。
（一）黨委辦公室。
負責局機關黨務工作；負責局黨委文秘、機要和督辦工作；指導和協調行業精神文明建設和思想政治工作；負責宣傳報導工作。
（二）辦公室。
負責局行政工作的組織協調；負責局長辦公會、局務會議決定事項的組織實施和督辦；負責文秘、檔案、信息、信訪、綜治、機關財務工作。
（三）政策法規處。
負責局機關規範性檔案的合法性審查；依法對水上交通行政執法進行監督；承辦相關行政執法、行政複議和行政應訴工作。
（四）計畫基建處。
參與編制全省水路運輸發展規劃；參與編制全省港口、航道規劃及港航基礎設施建設、改造計畫；負責全省港口岸線管理和水運工程建設的有關管理工作；負責全省水運行業統計工作。
（五）運輸管理處。
負責水路營運性運輸審批和新增客船、危險品船投入運營審批；負責水路運輸業戶變更經營範圍審批；維護水路客、貨運輸市場秩序；組織實施水路重點物資運輸、緊急客貨運輸和戰備軍事物資運輸。
（六）海事管理處。
負責全省水上交通安全監督管理；承擔船舶、船員、機動渡船渡工、通航秩序、通航環境和防止船舶污染水域的管理工作。
（七）港口管理處。
負責港口經營許可；維護港口生產經營秩序；指導港口安全生產、環境保護和應對突發事件工作。
（八）航道管理處。
負責航道行政、養護及航運樞紐運行的管理；負責航道通航技術審查；處理水資源綜合利用中與航道管理有關的事宜。
（九）船舶檢驗處。
負責船舶的法定檢驗；參與重特大水上交通事故的調查。
（十）稽查征費處。
負責全省水運、港口的規費征管。
（十一）技術裝備處。
負責局機關及下屬單位船舶、設備的管理工作；指導全省水路運輸和港口的技術革新、技術改造和節能減排工作。
（十二）財務審計處。
負責局屬單位財務和國有資產管理工作；負責水運規費票據的管理、解繳工作；組織指導內部審計工作。
（十三）科技教育處。
負責制定職工教育培訓規劃並組織實施；負責科技項目的立項申報和組織鑑定工作；負責科研成果的申報、推廣以及科技資料的管理工作。
（十四）組織人事處。
負責局機關和下屬單位的機構編制、人事管理工作。
（十五）離退休幹部處。
負責局機關的離退休幹部工作，指導下屬單位的離退休幹部工作。
（十六）監察室（與紀委合署辦公）。
負責局機關和下屬單位的紀檢監察工作；指導行業行風建設工作。
人員編制
省港航管理局（省地方海事局、省船舶檢驗局）機關全額撥款事業編制98名。
領導職數：黨委書記1名（副廳級）、局長1名（副廳級）、副局長4名（正處級）、紀委書記1名（正處級）；處長（副處級）16名、副處長（正科級）19名。
其他事項
成立江西省港航管理局後勤服務中心，為省港航管理局下屬副處級全額撥款事業單位，核定事業編制18名（其中副處級領導職數1名、正科級領導職數1名）。該中心的主要職責是：承擔局機關後勤服務工作。
