南昌二中的前身心遠中學創建於1901年，與天津南開、長沙明德同為當時中國三大私立名校之一。中國近代思想先驅嚴復，與心遠創始人熊育鍚過從甚密，互致信函一百餘通，親為商討辦學大計，推薦教師，撰寫校歌，題寫校訓。1949年9月10日，改名為江西省立第二聯合中學。1953年中學改市級建制，正式定名為南昌市第二中學至今；成為教育部在全國重點聯繫的30所中學之一。1960年評為全國先進學校，出席全國文教系統群英會。是省市優秀重點中學、文明單位、園林化單位和綜合治理先進單位，南昌市首批花園式學校；為中國教育學會數學、物理奧賽和英語教研培訓基地，全國部分重點中學、實驗中學聯合體成員校。現任校長吳勤。校訓“勤樸肅毅”始訂於1914年，沿用至今。現分為蘇圃路老校與昌北新校（1999年投入使用）兩個校區，共有教學班48個，學生2556人。在職教職員工176人，其中特級教師4人，高級教師68人，南昌市學科帶頭人11人。
南昌市政府投巨資建設的紅谷灘主校區，2006年秋季投入使用。校園規模宏大，征地278畝，建築面積達11萬平方米。建有現代化的教學大樓、實驗大樓、行政圖書大樓、體育館、天象館、學生宿舍和食堂，辟有400米標準塑膠田徑場、標準足球場、籃球場、排球場、羽毛球場等，還建有6泳道室內恆溫游泳池和機器人實驗室。學校還將設定“國際教育部”，接收來贛投資、工作的外籍人士子女就讀。南昌二中新校區定位於“立足南昌，服務全省，面向全國，走向世界”的全國一流、世界知名的品牌學校。
在上級正確領導下，學校擴大辦學規模，更新教育理念，提升目標層次，深化教學改革，教育教學持續健康發展，取得長足進步和顯著辦學效益、社會效益。自1978年恢復全國高考以來，有10名同學奪得江西省文理科狀元。進入21世紀，特別是2003年夏秋以吳勤同志為校長的新一屆班子組建以後，學校工作更上層樓。教育質量在連續獲得大面積豐收的基礎上，2004-2005學年又全面飄紅。曾穎同學以682分的優異成績榮奪江西省應屆生理科魁首；22人達到清華、北大錄取分數線，張昕同學以145分成績奪得理科語文全省第一，黃旻青同學以144分成績奪得理科英語南昌市第一；因學科競賽獲獎保送（保送生人數占南昌市的三分之一強）和高校小語種考試提前錄取人數均為省市第一；7人考入新加坡國立大學和南洋理工大學，為全省第一。全面超額完成上級下達的特優、優秀、一本、二本四項升學指標。近年來，累計考入清華大學、北京大學共51人（清華28人，北大23人），考入新加坡國立大學、南洋理工大學達32人（江西共招71人）。2005-2006學年高考再度輝煌。乾靈文同學以685分的總分再奪江西省應屆生理科狀元；在本屆生源入學錄取分數線比第一檔次低20分的情況下，高考上線人數又大大超標，獲得大面積豐收。
學科競賽再入佳境。有50人次榮獲數、理、化、生、計算機競賽全國和省級一等獎；在第四屆中國西部數學競賽中勇奪2枚金牌；在第三屆女子數學奧林匹克中，4名高一學生在與國內名校高二年級選手的角逐中，喜獲一銀三銅；在有36所全國名校參加的首屆“泛珠三角物理奧林匹克競賽”中，以三金一銀一銅的成績，勇奪團體總分第一名。2004年參加南昌市數、理、化競賽，高一、高二均獲團體總分第一名，73人次獲個人一等獎；2005年蟬聯團體總分和獲一等獎人數第一名。在第二屆東南地區數學奧林匹克中，獲2銀2銅，為江西參賽的9個隊中獲獎最高最多的隊。在全國生物競賽中，獲江西賽區團體第一名，5人獲一等獎，取得2006年高考保送資格。
學校近年協助籌辦了兩次大型學科競賽：包括美國、俄羅斯等國家共40個大城市代表隊參加的“第三屆女子數學奧林匹克”競賽（2004年8月），“第三屆中國東南地區暨希望聯盟數學奧林匹克”競賽（2006年8月）；為提升南昌二中知名度產生了深遠的影響。
學生綜合素質不斷強化。在2001年南昌市新世紀首屆中學生體育節中，獲高中組團體總分第二（重點中學組第一）；在2002年南昌市新世紀首屆學生藝術節中，獲團體總分第一名；在2003年新世紀首屆中學生科技節中，獲團體總分第四名；在第二屆“東航杯”江西省青少年航空航天模型錦標賽中，孫擇西同學獲第二名及二級運動員稱號；2001年楊珺同學作為中國優秀學生形象代表、唯一的高中生，參加在美國鹽城湖舉辦的第26屆冬奧會火炬接力；2001年周燁同學參加中央電視台“三星智力快車”智力大賽，獲周冠軍。
成績的取得，來自科學嚴謹的管理。在學校管理方面，南昌二中一方面努力傳承百年積澱的優秀文化底蘊，一方面全力開拓創新符合新時期辦學特徵的新思路。秉承“勤樸肅毅”校訓精神，將現代辦學理念與傳統敬業追求完美結合起來，“以學生髮展為本，對學生終生負責”，陶鑄群才，化育俊彥。在教學管理上，以“嚴”字當頭，從細部入手，構建質量保障體系。
構建這一質量保障體系的主要內容是：（一）明確目標任務，實施能級管理。學校管理工作，圍繞學生“健康、成人、成才”的目標，以德育為主導，以教學為中心，以質量為根本，沿著教師和學生兩條系統展開。注重教師與學生共同發展，以教師的發展促使學生的發展，以教師的提高確保學生的提高。強調在終端發展的前提下各個層面的管理效能，如教師系統“校長辦公會議（校長）-校長室（分管副校長）-教務處（主任）-教研組（組長）-備課組（組長）-教師”的五個層面，學生系統“校長辦公會議（校長）-校長室（分管副校長）-政教處（主任）-年級組（組長）-班主任-學生”的五個層面，層層有目標，層層抓落實，一層對一層負責。（二）完善規章制度，細化常規管理。學校完善了包括集體備課、教案規範、課堂教學、作業批改、教師儀表等在內的“南昌二中教學常規管理系列制度”，強化教職工在各自崗位上的責任意識和憂患意識。（三）重視過程管理，狠抓階段落實。抓好教學過程的兩個層面，即按學歷發展從高一到高三的巨觀過程和按學業發展知識能力循序漸進的微觀過程。簡要說，前者是高一入門奠基，高二鞏固深化，高三升華衝刺；後者則強調務實、落實、紮實，即以務實的態度夯實基礎，務求教學基本要求人人過關，落實學科能力的培養訓練，形成紮實的知識系統和創造性思維平台。其中有一個環節——備班，是我校首創，為階段落實起到了重要保障作用。（四）強化監督機制，重視過程評價。主要有4條途徑，即通過學校行政值日制度、聽課制度、家長委員會例會制度和學校開放日制度實施監督；每學期一次全員性教學評估活動，對教師的教育教學作過程評價。（五）切近課堂教學，開展科研活動。利用年會和校刊《心遠文匯》，交流、發表教師學術論文，濃厚科研氛圍，並將科研成績列入教師專業技術職稱考評、晉升條件之一。（六）注重整體提高，不廢個體培優。我們的口號是：“二中無差生。”面向全體，一個不丟，為大面積提高教學質量奠定基礎；在此基礎上首創0班，進行集體培優。（七）提高教師素質，完善保障體系。這是構建質量保障體系的根本。主要措施有：實施“5811”工程，建設教師隊伍；創建青年教師“名師俱樂部”，提供研討提高的平台；舉辦青年教師基本功大比武；安排聽課周，推出青年教師“匯報課”、優秀教師“觀摩課”或“專題研討課”；抓好老中青相結合的高質量命題隊伍；配置手提式電腦，最佳化辦公條件等。（八）抓實高三工作，把好最後防線。
