一、水環境功能區劃的原則
水功能區劃是一項技術性和行政性並重的工作，水功能區劃應本著下列原則進行。
(一) 可持續發展的原則
水功能區劃結合水資源開發利用規劃及社會經濟發展規劃，根據水資源的可再生能力和自然環境的可承受能力，科學合理地開發利用水資源，並留有餘地保護當代和後代賴以生存的水資源和生態環境，保障人體健康和環境的結構與功能，促進社會經濟和生態環境的協調發展。
(二)統籌兼顧、突出重點的原則
水功能區劃應將水系系統作為同一整體考慮，分析河流上下游、左右岸、省界間、市界間、縣界間，湖泊水庫的不同水域，近、遠期社會發展需求對水域保護功能的要求。堅持水資源開發利用與保護並重的原則，統籌兼顧流域、區域水資源綜合開發利用和國民經濟發展的規劃．上游水功能的劃分，要考慮保障下游功能要求；支流功能的劃分，要考慮保障幹流水域的功能要求；當前功能區的劃分，不能影響長遠功能的開發。
(三) 前瞻性原則
水功能區劃要以水資源開發利用規劃中確定的水資源主導使用功能為主，在人類活動和經展對水域未提出新的功能要求之前，應保持現狀使用功能。同時水功能區劃要體現社會發展的超前意識，結合未來社會發展需求，引入本領域和相關領域研究的最新成果，要為將來引進高新技術和社會發展需要留有餘地。
(四) 合理利用水環境容量原則
根據河流、湖泊和水庫的水文特徵，合理利用水環境容量，保證水功能區劃中水質標準的合理性，既充分保護水資源質量，又有效利用環境容量，節省污水處理費用。
(五) 相似性劃分原則
綜合考慮江河湖庫的自然條件、污染現狀及使用目標的相似性進行功能區的劃分。
(六) 水質與水量統一考慮的原則
水功能區劃的水質功能與水量密切相關，分區時應將水質和水量統一考慮，既要考慮水資源的開發利用對水量的需要，又要考慮對水質的要求。
(七) 便於管理、可行實用的原則
水功能區劃的方案要切實可行，其分配界限應儘可能地與行政區界線一致，以便於行政管理，使保護和改善水環境的措施能得以貫徹和落實，也便於行政監督管理的實施。同時必須將水功能區的劃分與水域允許納污量、入河排污口的布局及其允許排放量結合起來，真正有利於強化水資源保護的目標管理 。
二、水功能區劃方法
劃分水域功能區要因地制宜，實事求是地採取定性、半定量與定量相結合的方法。
(一) 系統分析法
採用系統分析的理論和方法，把研究區域作為一個系統，分清水功能區劃的層次，進行總體設計。
(二) 定性判斷法
定性判斷法主要是在對河流、湖泊和水庫的水文特徵、水質現狀、水資源開發利用現狀及規劃成果進行分析和判斷的基礎上，進行河流、湖泊及水庫功能區的劃分，提出符合系統分析要求且具有可操作性的水功能區劃方案。
(三) 定量計算法
採用水質數學模型，以定性劃分的初步方案為基礎，進行水功能區水質模擬計算，根據模擬計算成果對各功能的水質標準、長度、範圍進行覆核。
一級功能區劃分的程式：首先劃定保護區，然後劃定緩衝區和開發利用區，最後劃定保留區。二級功能區劃分的程式：首先，確定區劃具體範圍，包括城市現狀水域範圍以及城市在規划水平年涉及的水域範圍。同時，收集劃分功能區的資料，包括水質資料，取水口和排污口資料，特殊用水要求如魚類產卵場、越冬場、水上運動場等，以及規劃資料(包括陸域和水域的規劃，如城區的發展規劃，河岸上碼頭規劃等)。然後，對各功能區的位置和長度進行適當的協調和平衡，儘量避免出現低功能到高功能躍變等情況。最後，考慮與規劃銜接，進行合理性檢查，對不合理的水功能區進行調整 。
三、水環境功能區划過程
水環境功能區是根據自然條件和社會經濟發展需求劃定的、執行某種特定功能的水域。
水環境功能區在空間上可以涵蓋整個流域，也可能是流域中的一部分水域。水環境功能區劃在流域層次上進行。流域的一部分或一個河段不可能單獨進行功能區劃，因為水環境功能區劃不僅涉及某個功能區所在地自身的利益，還與該功能區的上下游發生利益衝突，只有在全流域協調下才能取得實質性進展。流域的層次越高，水環境功能區劃越重要。就全國範圍而言，水環境功能區劃的步驟應該從一級流域逐漸向下一級流域擴展，上一級流域的區劃結果是下一級流域區劃的依據。
當然，任何一級的水環境功能區劃都不可能是一次完成的，上一級區劃結果是下一級區劃的依據，同時，下一級區劃規劃的結果又可能反饋到上一級，並修改上一級區劃的方案。水環境功能區劃是一個不斷反饋修改、不斷完善的過程。其階段性的成果是一個流域的所有功能區都能夠達到或經過修改都能夠達到既定的水質目標。
水環境功能區劃是對水體功能進行甄別的過程，是水污染防治規劃的出發點和歸宿。規劃伊始，規劃人員根據社會和經濟發展需求預先劃分和設定水體的環境功能區。預先設定的水環境功能區劃是否可行，需要通過經濟、社會、環境的全面分析論證，這個論證過程就是水污染防治規劃。因此，一個合理的水環境功能區劃只能產生在水污染防治規劃的結尾，而不是它的開始。從這個意義上說，水環境功能區劃貫穿於水污染防治規劃的全過程，是水污染防治規劃的一個重要環節。當然，在複雜的規划過程中，功能區劃工作可以作為一個相對獨立的子過程處理。
人們從主觀願望出發，普遍期望水環境能夠提供優質的、能夠滿足多種用途的水，但是在客觀上，水環境質量受到自然和社會經濟狀況的影響和制約，往往不能完全滿足人們的期望。一個具有可操作性的水環境功能區劃必定是需求與可能相妥協的產物。
水環境功能區劃是時間與空間的函式，隨著時空條件的變化，水環境功能區需要進行相應的調整。例如，由於跨流域調水改變了原先的水文條件，也改變了流域的環境容量；污染物排放量對水體的影響在時間上和空間上都發生了變化，水環境功能區也隨之產生變化；再如，流域的經濟發展增強了保護環境的實力，人民生活水平的提高對環境質量的要求也隨之提高，有必要重新修訂原先的水環境功能區劃 。
四、水功能區劃的目標
(一) 確定水系重點保護水域和保護目標區劃
按其水體功能的重要性，正確劃分出重要水體，做到高功能水域高標準保護，低功能水域低標準保護，專業用水區按專業用水標準保護。
(二) 達到水域生態環境系統良性循環的目標
通過合理的水功能區劃，確定生態環境惡化水域的功能恢復條件、要求和方法，達到既保證江河湖庫生態環境的需水量，又滿足水域生態環境系統要求的目標。
(三) 按擬定的水域保護功能目標科學地確定水域允許納污量
通過正確的水功能區劃，實現科學確定水域允許納污量，達到既充分利用水體同化自淨能力，節省污水處理費用，又能有效地保護水資源和生態環境，滿足水域功能要求的目標。
(四) 達到入河排污口的最佳化分配和綜合整治的目標
在科學地劃定水功能區，並計算出允許納污量之後，制定入河排污口排污總量控制規劃，對輸入該水域的污染源進行最佳化分配和綜合整治，提出入河排污口布局、限期治理和綜合整治的意見，使保護目標管理落到實處，從而保證水域功能區水質目標的實現。
(五) 科學擬定水資源保護投資和分期實施計畫
水功能區劃的整個過程是在不斷科學地決策水資源保護綜合整治和分期實施規劃中完成的，因此，水功能區劃是水資源保護投資的重要依據，也是科學經濟合理地保護水資源目標的要求 。
