目的和意義
水功能區劃的目的是依據國民經濟發展規劃和水資源綜合利用規劃，結合區域水資源開發利用現狀和社會需求，科學合理地在相應水域劃定具有特定功能、滿足水資源合理開發利用和保護要求並能夠發揮最佳效益的區域(即水功能區)；確定各水域的主導功能及功能順序，制定水域功能不遭破壞的水資源保護目標；通過各功能區水資源保護目標的實現，保障水資源的可持續利用。因此，水功能區劃是全面貫徹《水法》、加強水資源保護的重要舉措，是水資源保護措施實施和監督管理的依據，對實現以水資源可持續利用、保障經濟社會可持續發展的戰略目標具有重要意義 。
指導思想
結合流域、區域水資源開發利用規劃及經濟社會發展規劃，根據水資源的可再生能力和自然環境的可承受能力，科學、合理地開發和保護水資源，既滿足當代和本區域對水資源的需求，又不損害後代和其他區域對水資源的需求。促進經濟、社會和生態的協調發展，實現水資源可持續利用，保障經濟社會的可持續發展。
原則
可持續發展原則
水功能區劃應與區域水資源開發利用規劃及經濟社會發展規劃相結合，並根據水資源的可再生能力和自然環境的可承受能力，以及國家有關保護環境資源的方針政策，使水功能區劃能滿足經濟社會可持續發展需求，促進經濟社會和生態的協調發展。
綜合分析、統籌兼顧、突出重點的原則
水功能區劃應將水系系統作為同一整體考慮，分析河流上下游、左右岸、省界間、市界問、縣界間、湖泊水庫的不同水域，近、遠期社會發展需求對水域保護功能的要求，堅持水資源開發利用與保護並重的原則，統籌兼顧流域、區域水資源綜合開發利用和國民經濟發展的規劃。上游水功能的劃分，要考慮保障下游功能要求；支流功能的劃分，要考慮保障幹流水域的功能要求；當前功能區的劃分，不能影響長遠功能的開發。水資源不同的開發利用功能要求不同的水質標準，其中以城鎮集中飲用水水源地、江河源頭、自然保護區、珍貴魚類保護區、魚蝦產卵場等為優先重點保護對象。水功能區劃要優先考慮其達到功能水質保護標準，對於漁業用水、農業用水、工業用水等專業用水實行統籌安排，分別執行專業用水標準。
合理利用水環境容量原則
根據河流、湖泊和水庫的水文特徵，合理利用水環境容量，保證水功能區劃中水質標準的合理性，既充分保護水資源質量，又有效利用環境容量，節省污水處理費用。
結合考慮現狀使用功能和超前性原則
水功能區劃要以水資源開發利用規劃中確定的水資源主導使用功能為主，在人類活動和經濟技術的發展對水域未提出新的功能要求之前，應保持現狀使用功能。同時，水功能區劃要體現社會發展的超前意識，結合未來社會發展需求，引入本領域和相關領域研究的最新成果，要為將來引進高新技術和社會發展需要留有餘地。
相似性劃分原則
應綜合考慮江河、湖泊及水庫自然條件、污染現狀及使用目標的相似性，並按相似性原則進行功能區的劃分。
A 自然條件相似性。自然條件是制約水資源使用目標、使用方式的重要因素之一。水域自然條件不同，利用水資源的方向、方式和程度就有差異，對污染的淨化能力也不同，改善環境的方向和措施也有區別，因此自然要素在水域中的數量和質量差異應成為劃分水功能區的重要依據。
B 污染現狀相似性。由於人類活動方式和程度不同而形成不同的環境特徵，造成不同程度的水污染。因此污染現狀不同，需要控制水污染的參數不同，水環境的改善途徑也不同，所以水質污染現狀相似性也是劃分水功能區的重要原因之一。
C 使用目標相似性。由於水資源的用途是多方面的，使用目標一致水質要求就相同，水質標準也就一致，在水資源保護的管理方面也易於統一。因此，水域使用目標相似，也是水功能區劃的重要原則之一。
水質與水量統一考慮的原則
水質與水量是水資源的兩個主要屬性。水功能區劃的水質功能與水量密切相關，水功能區劃時將水質和水量統一考慮，是水資源開發利用與保護辯證統一關係的體現。既要考慮水資源的開發利用對水量的需要，又要考慮對水質的要求。
便於管理，切實可行的原則
水功能區劃的方案要切實可行，其分配界限應儘可能地與行政區界線一致，以便於行政管理，使保護和改善水環境的措施能得以貫徹和落實，也便於行政監督管理的實施。同時，必須將水功能區的劃分與水域允許納污、入河排污口的布局及其允許排放量結合起來，真正有利於強化水資源保護的目標管理。
分級與分類相結合的原則
通過水功能區劃分在巨觀上對流域水資源的保護和利用進行總體控制，協調地區間的用水關係；在整體功能布局確定的前提下，再在重點開發利用水域內詳細劃分各種用途的功能類別和水域界線，協調行業問的用水關係，建立功能區之問橫向的並列關係和縱向的層次體系 。
要求
總結以往水環境功能區劃工作的經驗和成果
根據近幾年水資源開發利用和保護工作中出現的新情況和新問題，採用新的基礎資料、分析技術與手段，編制水功能區劃報告。
劃分要緊密結合水系實際
分析研究與水功能區劃相關的重要問題，劃分應突出流域及區域的重點並具有可操作性。
功能區劃要充分考慮管理工作
儘量將控制斷面置於行政交界處，並考慮管理信息系統建立的要求 。
