理論體系界定
西沙水下考古調查考古學屬於歷史科學的一部分，但又區別於傳統意義的歷史科學。與歷史科學的主要以文獻資料為主要研究對象相比，考古學中實物資料占據了更大的比重。
在研究內容上，考古學的研究主要集中在兩個方面：一是不同時代的文化遺蹟，包括城市、水利、交通、宗教建築等；另一方面就是文化遺物，簡稱文物。這兩方面的內容合在一起，形成文化遺產，這是考古學研究的物質文化。通過對這些物質文化的研究分析，進而揭示出這些文化遺產所處時代的精神文化等上層建築的東西。實現這些成果的科學手段有以下四步：調查、挖掘、報告數據和研究分析。
歷史
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世界
自19世紀中葉近代考古學發生以後，隨著瑞士湖上居址的確認，並進行了水下古代遺蹟的科學調查和發掘，標準著水下考古學的確立。潛入水下進行調查和發掘工作，成為考古學家的一個夢想，但在潛水技術發展起來前，這個夢想終難實現。
到了1943年法國海軍發明了水中呼吸器，人們在水下才有了較多的自由，獲得了進行水下考古的基本條件。
1960年美國考古學家喬治·巴斯（George Bass）應邀對土耳其格里多亞角(Cape Gelidonya）海域的公元7世紀拜占庭時期沉船遺址進行調查和發掘, 由此開始了第一次的考古學家將考古方法套用於水下遺址的發掘和研究，開創性地在水下實踐了考古學方法，是水下考古學發展史上的一個里程碑。
中國
中國的水下考古工作起步較晚，始於20世紀80年代。1986年4-5月英國人米歇爾·哈徹(Michel·Harcher)在南中國海域盜掘大批中國清康熙年間青花瓷器等珍貴文物後，在荷蘭首都阿姆斯特丹大肆拍賣，拍賣了大約15萬件瓷器、125塊金錠等文物，總價值達3700萬荷蘭盾(約2000萬美元)。此事引起國際考古學、博物館學界的強烈不滿並引起中國政府及文物部門的關注。
1986年9月，中國毅然決定發展水下考古事業。國家文物局委託中國歷史博物館（現中國國家博物館）承擔了這項國家任務，為此設立了至今仍然是中國唯一的國家級的水下考古專業機構——水下考古學研究中心。
遼寧綏中出水文物從1987年開始，通過派人出國學習和與外國水下考古研究機構合作的方式，培訓了第一批水下考古專業人員；
1991年和1992年，水下考古隊在廣東省新會縣曾先後3次進行水下調查，確定了幾個史書所載的宋元海戰沉船點。第3次調查時，潛水取出一塊船板，經測定，正和宋元海戰年代基本相符。這為今後的發掘打下基礎。
在遼寧綏中，水下考古隊發現一艘700多年前滿載元代瓷器和鐵器的商船。經鑑定，這批文物屬元朝時期河北省磁縣的磁州窯系的產品。這批水下文物的發現，為研究元朝時期磁州窯瓷器生產銷售、北方船舶製造史、河北、遼寧一帶與朝鮮、日本的海上貿易史，提供了重要依據。遼寧綏中元代水下沉船遺址被評為1993年全國十大考古新發現之一。
2002年西沙水下調查，是中國首次在遠海進行的水下考古發掘。考古隊在海上作業39天，共發現五代、宋、元、明、清各個年代的水下文物遺存13處，發掘獲得出水文物1500餘件。
經過二十餘年的努力,這支專業隊伍在中國的四大海域—渤海、黃海、東海、南海先後進行了多項水下沉船遺址及其他水下文物遺蹟的調查、發掘工作。目前在國的水下考古事業不僅填補了學科空白，而且已從開創階段進入持續發展階段。
考古詳解
中國水下考古隊員不尋常的水下之旅
如果水文條件足夠好，水下考古無疑是一項令人陶醉的工作，美麗的珊瑚礁、碧藍的海水、遊動的魚群，讓考古隊員們大有享受之感，但更多的時候並不是那么的愜意。
每個水下考古隊員都被海蜇蜇過，腫起來一個星期消不下來。因為水下環境比較複雜，沉船周圍環境惡劣，不小心會破繩子纏繞住。水下一些動物，如海蜇、海膽等，有毒，扎人非常的厲害。
水下考古一般是先下水攝影，照完相後再水下作業。一般沉船遺址不會很深，10米、20米的樣子。潛水要快下慢上，上水快容易得減壓病。關鍵心態要好，遇到什麼事都不要慌。要成隊潛水，2人一組，出現危險，可以互救。如果一個人的氧氣設備出現故障，另一個人把備用氣嘴給他，一同呼吸。
根據水壓、水流、潛水員的肺活量大小，20米以內的水下，考古隊員大概能工作半個小時。背起氧氣瓶的潛水遊戲跟水下考古絕對是兩個概念。考古隊員必須使用大約70公斤重的潛水設備——呼吸器、潛水服、面罩、壓鉛、腳蹼、潛水錶和潛水刀等。這些潛水用具雖然能保障潛水員的生命安全，但同時也增加了潛水員的負擔，限制了潛水員身體活動的自由度。
潛水的危險很多，不僅有減壓病，水下也容易迷失方向。不過，按潛水規程走，就不會出事。
“南海一號”考古
水下考古1987年，廣州救撈局與英國海洋探測公司在陽江海域尋找東印度公司沉船時，意外在一艘宋代商船中打撈出200多件瓷器。考古界認為可能與海上絲路有關，引起世界矚目，該船被命名為“南海一號”；
2000年，考古部門對“南海一號”正式展開調查；
2001年4月，中國歷史博物館水下考古研究中心聯合廣東省文物考古研究所等單位的水下考古專業隊員共12人，搜尋和定位沉船遺址；
2002年3月至5月間，水下考古隊再度下水，對海底沉船進行細挖掘、細打撈，打撈出文物4000多件；
2003年10月，廣東省文化廳召開《“南海一號”整體打撈方案》專家論證會；
2003年11月，廣東省副省長雷於藍主持召開會議，規劃、立項“廣東海上絲綢之路博物館”建設項目；
2004年3月，廣東省發改委同意籌措資金，在陽江市海陵島十里銀灘建設海上絲綢之路博物館；
2005年12月28日，廣東海上絲綢之路博物館開工興建；
2007年1月16日，考古隊前往沉船海域開展打撈前最後一次海底勘查；
2007年4月：“南海一號”整體打撈啟動；
2009年6月22日“南海1號”整體浮出水面，世界首創的整體打撈古沉船方式取得成功。一些考古專家表示，“南海1號”的成功打撈，標誌著中國水下考古事業邁上一個新台階，並躋身世界先進行列。
中國大事記
考古隊員在發掘“華光礁一號”上的物品2002年廣東省文物考古研究所對粵東、粵西展開沿海古沉船調查，對廣東沿海沉船情況有了大致把握。南海海域星羅棋布般散落著不少古代沉船。
2005年6月，福建東海漁民在碗礁海域無意中發現一條沉船。國家博物館水下考古隊聞訊而至，從9月16日開始，連續5天的“碗礁一號”水下考古獲得重大發現：從這條300多年前的清代沉船上，出水90多種器形、近萬件的將軍罐、鳳尾樽、筒花觚、高足杯等文物。這是中國最近的一次重大水下考古活動。
2009年6月9日，在明代沉船“南海2號”搶救性保護情況匯報會上，廣東省文物考古研究所有關專家透露出一個驚人信息：南澳縣附近海域很可能還沉睡著其他古船。
“南海2號”的發現，為再現當時潮汕一帶繁榮社會經濟生活面貌提供了“密碼”。
