一是政府的資金支持畢竟有限，難於普惠眾生。即便是“核高基”有數百億元的資金支持，但與國外巨頭動輒數十、上百億美元的投入規模仍不在一個數量級上，對數萬家的國內軟體企業仍是杯水車薪。所以，要解決資金問題的根本還在於，一方面企業要獨立自主，加強自籌資金能力，不能一味“等、靠、要”；一方面，要能夠讓各方看到國產基礎軟體產業的巨大發展潛力和市場空間，從而充分吸引社會各方面市場資本的進入，共同推動中國軟體業的壯大。這是也是“核高基”所要明確發出的主信號。
二是資金要有保證，但關鍵是要如何讓產品市場最大化。對於從來不缺乏做大做強衝動的國內軟體廠商而言，相對於資金的不足，最讓他們困惑的還是如何堅持以市場為導向、讓企業為主導，生產出被國內外用戶接受的國產基礎軟體產品。“核高基”專項並不是去做單純的技術科研攻關，專項的目標是要掌握核心技術，並最終實現產業化。
三是專項資金如何在公開公平公正的原則之下，加強有效管理，把錢用到刀刃上，長期健康有序運作，這也是未來的一大挑戰。如果錢沒用到確實需要資金的優勢企業上，並沒有監督好企業用好錢，反而出現這問題那問題的，造成了巨大的浪費，那就不能有效支持中國軟體產業持續健康地發展了。
基礎軟體是一個國家信息化建設的基石和信息安全的主要保障，然而長期以來，基礎軟體一直是我國軟體服務業發展的軟肋。雖然改革開放30年來，國產基礎軟體領域已經取得令人矚目的重大成就，但是仍面臨著許多方面的問題與挑戰。許多基礎軟體企業因缺乏後續發展資金，總體規模偏小，實力較弱，技術研發能力不強，與國際同類廠商相比差距明顯，許多關鍵技術仍掌握在西方已開發國家手中。因此如何突破國際巨頭企業已建立起來的技術和市場壁壘，打破寡頭主導的產業生態系統，推動中國基礎軟體快速地產業化、市場化，一直是產業發展的難題。
