林水清生於1964年,大學學歷。他曾於1982年8月至1991年9月擔任學校教師;
1991年9月到1998年3月曆任上杭縣委辦公室科員、科長,上杭縣委黨建辦公室副主任,上杭縣委辦公室副主任、主任科員;
1998年3月至2002年5月,歷任上杭縣中都鎮黨委副書記、鎮長,黨委書記;
2002年6月至2006年5月上杭縣委辦公室主任,上杭縣委常委;
2006年5月至2009年8月擔任上杭縣委常委、統戰部部長、非公經濟黨工委書記。
林水清現已經辭去公務員身份,現任紫金礦業集團股份有限公司監事長(監事會主席,監事會召集人,2009年11月5日——2012年11月4日)。
2017年1月,當選為紫金礦業集團黨委副書記。