杭州永福寺位於靈隱之西約一華里處的石筍峰下，自東晉慧理禪師開山至今，已有1600多年的歷史。據清康熙年間《杭州府志》卷三十二《寺觀》載，永福寺座落於飛來峰呼猿洞對面的形勝山下，舊分上下兩寺，與下天竺（舊稱翻經院）等寺一樣，同為慧理禪師開山創建。據載，東晉鹹和元年（362年），西印度高僧慧理來杭卓錫築庵，接連興建了靈鷲，靈隱等十座道場，永福寺是其中之一，距今已有1600多年的歷史。
南朝劉宋元嘉年間（公元424—453年），有慧琳禪師繼慧理開山後築庵於石筍峰下。
後晉天福二年（937年），吳越王錢元瓘於石筍峰下建晉圓院，又與山同名為資嚴寺。
北宋大中祥符元年（1008年），敕改額為永福寺。
北宋熙寧年間（1068—1077），郡守祖無擇愛石筍之勝，乃於寺旁建庵，名鄴公庵。
北宋時期，永福寺內方丈四壁多有趙閱道、蘇東坡、秦少游等人的留題與竹畫。
南宋鹹亨年間（1265—1274），宋度宗之母隆國夫人據永福寺為香火院，並斥資擴建，宏規巧構，丹矆相輝，碧光琉璃瓦覆蓋於頂。逝後以寺超然台為葬，移寺於西，自此一寺兩院。
元至元年間（1335—1340），清涼山僧人正宗卓錫東院，因其常衣白衲，人稱白衲庵。
明成化二年（1466），僧人古香於上院建海日樓。後於弘治年間（1488—1505），寺被洪水淹廢。
明萬曆年間（1572—1620），寺得復興，由徐宏基題額為“永福禪林”。
清順治年間（1644—1661），僧靜昭駐錫復興。
清康熙十年（1671），東皋心越禪師移住永福，五年後，應邀東渡日本，弘傳曹洞宗並創壽昌派禪法，同時傳授琴學與書畫篆刻藝術，在日本佛教及藝術界均享有盛譽。永福寺隨後漸廢。
清乾隆四十四年（1779）年，永福寺依原有規模重建，後又漸廢。
二00一年根據杭州市政府90號專題會議紀要精神，由杭州市佛教協會恢復重建並於二00三六月正式動工。
二00三年，根據杭州市佛教協會三屆四十七次常務理事會通過，由月真法師任永福寺監院。
二00五四月二十二日，經浙江省民宗委批准，恢復永福寺為宗教活動場所，即將正式對外開放。
