1998年，入選享受國務院政府特殊津貼專家，獲第二屆陝西青年科技獎，中國科學院西安分院和陝西省科學院優秀青年。主持的珍稀特有植物－馬蹄香屬的地理分布及其系統與進化研究獲陝西省科技進步二等獎，主持的商州市高產優質高效農業綜合技術研究與示範推廣獲陝西省農業科技成果二等獎；
1999年，獲陝西省有突出貢獻專家，國家楊凌農業科技新星；
2000年，被評為陝西省三五人才；主持的七筋姑屬的起源演化及其東亞與北美植物區系關係研究陝西省科技進步二等獎；
2002年，獲陝西省勞動模範稱號；
2005年，主持的陝西中藥材GAP基地建設和規範化栽培技術研究獲陝西省科學技術獎二等獎；
2006年，獲“十五”期間陝西省產學研聯合開發先進工作者；
2009年，完成的“陝南中藥產業基地建設中存在的問題及其對策”獲第三屆陝西科技調研成果獎一等獎。
他一步一個腳印地從黃土高原、大山深處走出來，將執著地追求，變成了一枚枚歲月的勳章。
2003年起，他擔任西安植物園園長。榮譽和成果依然是一項接一項接踵而至——
除了個人獲得國務院政府特殊津貼享受專家,陝西省有突出貢獻專家,陝西省三五人才外，他創新性的科研成果也使他先後入選中國植物學會理事，陝西省植物學會副理事長，陝西省動植物保護協會植物保護委員會主任，陝西省生命科學會副會長，陝西省花卉協會副會長，西安市花卉協會理事長，陝西省林學會常務理事，陝西省生態學會常務理事，中國生態學會、林學會、農學會、遺傳學會、細胞生物學學會、美國科學促進會、紐約科學院會員。陝西省政府陝南中藥產業發展專家顧問。《植物學報》、《植物資源與環境學報》編委。
由他主編的《陝西中藥材GAP栽培技術》專著，被陝西省指定為陝南中中藥材規範化基地建設技術培訓教材，發揮了重要作用；七筋姑屬的起源演化及其東亞與北美植物區系關係研究達國際領先水平。
多年來，李思鋒積極投身於西部大開發，投身於西北生態環境建設研究工作中，他率領科研人員，用畢生精力進行著資源調查與資源保護工作。他設計著巨觀的生態系統，投注著自己主要的精力，顯示出了非凡的才華和驚人的創造力。
他還聯合主持了中日科技合作、國家863計畫、國家重點科技攻關計畫西部大開發科技攻關專項等項目。他作出的學術貢獻，先後和科研團隊多次獲得的陝西省科技進步獎、科技成果獎、農村科技進步獎，陝西省科學院科技進步獎等諸多的榮譽。
