氣候和高原的其它地方一樣,有垂直分布的的特點,海拔高的地區比較寒冷,低的地區如吉定鄉、扯休鄉、雄瑪鄉氣候和日喀則一樣,比較溫暖,自然條件比較好,是薩迦縣重點產糧基地。有肥沃的盆地、川地,水支源也富豐、交通方便。其它7個鄉除薩迦鎮外,都屬半農半牧區,農作物季節比日喀則晚15—20天,季節也稍遲。
年降雨量大約在150—300毫米左右,最大400毫米,最小100毫米,雨量比較集中的季節在六、七、八三個月。相對無霜期大約70—100天。年平均氣溫在5—6攝氏度,最高達27攝氏度,最低為零下20攝氏度。冬季多為西南風,乾燥寒冷、風沙大、風力5級,最大9級,夏季風向多為東南和西南風,較溫暖,屬半乾旱地帶。