空印案
空印案是發生在洪武十五年（1382年，有爭議或1376年），因空白蓋印公務文書而引發的案件。此案在當時受到朱元璋相當程度的重視，並因此誅殺數百名相關官員。本案實為一個冤案，然而其影響之廣，範圍之大，實屬罕見。
明朝時每年各個布政使司下屬府州縣都需派出審計官吏前往京師戶部，核對其所在衙門繳納中央官府的錢糧、軍需事宜。所有賬目必須和戶部審核後完全相符方能結算。若其中有任何一項不符就必須駁回重新造冊，且須再蓋上原地方機關大印才算完成。因當時交通並不發達，往來路途遙遠，如果需要發回重造勢必耽誤相當多的時間，所以前往戶部審核的官員都備有事先蓋過印信的空白書冊以備使用。這原本是從元朝既有的習慣性做法（“元時，官府府於文有先署印，而後書者，謂之‘空印’，洪武建元以來，相沿未改”《中外歷史年表》），也從未被明令禁止過；《劍橋中國明代史》解釋，錢糧在運輸過程中會有損耗，所以從運送一直到戶部接收時的數字一定不會相符，在路上到底損耗了多少，官員們無法事先預知，只有到了戶部將要申報之時才能知道其中的差額，所以派京官員都習慣用空印文書在京城才填寫實際的數目。明太祖朱元璋獲知此事後大為震怒，認為這是官員相互勾結的欺君重罪，因而下令處罰所有相關官員。
胡惟庸案
影視作品中的胡惟庸胡惟庸案發生在洪武十三年（1380年），它是指洪武帝誅殺宰相胡惟庸事件，隨後大肆株連殺戮功臣宿將，此案牽連甚廣。胡惟庸被殺，朱元璋罷左右丞相，廢除中書省，其事由六部分理，從此中國再無宰相一職。
洪武六年（1373年），淮西朋黨集團的領袖李善長推薦其同鄉兼姻親胡惟庸擔任右丞相。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。他做了7年丞相，任期內在朝中遍植朋黨，不遺餘力地打擊異己，使得淮西朋黨集團的勢力不斷膨脹。譬如，浙江青田人劉基（字伯溫），曾輔佐朱元璋，立下過汗馬功勞，但由於他與淮西朋黨集團的矛盾，一直未受重用。洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣，劉基僅封為誠意伯，歲祿只有240石。而李善長則功封韓國公，歲祿4000石。翌年，劉基告老還鄉。然而，由於他曾對朱元璋說過胡惟庸不宜入相的話，故而深受後者的嫉恨，被解僱革去歲祿。洪武八年（1375年），劉基生病，胡惟庸派醫生前去看望，但劉基服藥後不久便一命歸西。
當然，排斥異己還不是胡惟庸案的關鍵所在。事實上，胡案的癥結在於——他為人過於獨斷專行，許多生殺黜陟等重大案件，他往往不向朱元璋請示，就擅自加以處理。這自然讓權力欲極強的朱元璋，深感宰相專權、皇權旁落的危機。
洪武十二年（1379年）九月，占城（今越南南部）來貢，胡惟庸和當時的右丞相汪廣洋等人匿而不奏，結果被太監告發。明太祖聞知勃然大怒，言辭斥責省臣。但胡惟庸和汪廣洋將責任推到禮部頭上，而禮部則反唇相譏，歸咎於中書省。這種相互推諉扯皮，使得朱元璋更為惱火，於是將一干人等全部囚禁起來，讓他們招出主謀。不久，汪廣洋被處死。接著又以汪廣洋曾違法納沒官婦女為妾，下令查究胡惟庸及其六部堂屬的罪行。至此，明太祖與胡惟庸朋黨的矛盾已趨於白熱化。
洪武十三年（1380年）正月，塗節自首上告胡惟庸謀反。明太祖隨即下令逮捕胡惟庸、陳寧和塗節等人，並以“枉法誣賢”“擅權枉法”“蠹害政治”罪加以處死。
胡惟庸被殺後，此案並未了結，他的罪名也在不斷升級。開始只是說胡惟庸“擅權植黨”，後來，又加上了“通倭”、“通虜”和“謀反”等罪名，並不斷牽連、擴大化。該案的同謀犯越查越多，牽涉的面也越來越廣，株連蔓引，持續了數年也未能了結。
洪武二十三年（1390年），朱元璋再興大獄，有《昭示奸黨錄》布告天下，乘機又殺了幾十家的權臣勛貴。李善長、陸仲亨、唐勝宗、費聚、趙庸、金朝興、葉升、毛麒、李伯升和丁玉等人，都因與胡惟庸有勾結而被處死。其中位居“勛臣第一”的太師韓國公李善長，在洪武十三年胡惟庸案始發時，因為元勛皇親，已免於追究，但10年以後，有人以李善長與胡惟庸共同謀反，朱元璋順水推舟，將李善長一家七十餘口一律處斬。
明代史籍關於胡惟庸案記載多有矛盾，關於其是否確有謀反當時便有質疑，明代史學家鄭曉、王世貞等皆持否定態度。
郭桓案
郭桓案發生在洪武十八年（1385年），以其涉案金額巨大，對經濟領域影響深遠而為世人矚目。
《明史·刑法二》在記載郭桓案的起因時，曰：
郭桓者，戶部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、趙全德等與桓為奸利，自六部左右侍郎下皆死，贓七百萬，詞連直省諸官吏，系死者數萬人。洪武十八年（1385年），朱元璋懷疑北平承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李彧、趙全德夥同戶部侍郎郭桓等人共同舞弊，吞盜官糧，於是下旨查辦。洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁廷舉告發戶部侍郎郭桓利用職權，勾結北平承宣布政使司、提刑按察使司官吏李彧、按察使司官吏趙全德、胡益、王道亨等，私吞太平、鎮江等府的賦稅外，還私分了浙西的秋糧，並且巧立名目，徵收了多種水腳錢、口食錢、庫子錢、神佛錢等的賦稅，中飽私囊。朱元璋令審刑司拷訊，此案牽連全國的十二個布政司，牽涉禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麥至德等。總計一共損失精糧兩千四百萬擔，“自六部左、右侍郎以下，贓七百萬，詞連直、省諸官吏，系死者數萬人”“核贓所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”，史稱“郭桓案”。朱元璋在《大誥》感嘆說：“古往今來，貪贓枉法大有人在，但是搞得這么過分的，實在是不多！”
此案有明顯不合邏輯的地方：這些貪污的糧食是被貪污者倒賣私分了，但是收入糧倉的糧食並沒少那么多。因為大戶，糧商，富戶等被貪贓者要求補了空。所以朱元璋在《大誥》中明確質問了這些貪污者你們向商人大戶借糧用什麼來還？但是這些被逼無奈補空缺的大戶糧商富戶卻被定罪為了協同者，遭到了殺頭抄家的命運。“核贓所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”正是當年此案的真實寫照。這起案件的主審官吳庸在完成了此案後也被朱元璋處死平民憤。此案更像是有預謀的一場國家剪天下羊毛的行動。
藍玉案
藍玉案發生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋藉口涼國公藍玉謀反，株連殺戮功臣宿將的重大政治案件。朱元璋借藍玉案徹底剷除了將權對君權的潛在威脅，將軍權牢牢地控制在自己手中。
洪武二十六年（1393年），朱元璋以謀反的罪名誅殺了大將軍藍玉，而藍玉是洪武時期的主要將領之一。洪武二十一年（1388年），藍玉率15萬大軍出塞追擊蒙古軍隊，直到捕魚兒海（即今貝爾湖），俘獲男女七萬七千人，大勝而歸。此後，他又多次北征蒙古，立下赫赫戰功，被晉封為涼國公，位居大將軍之職。藍玉統兵多年，在軍中頗有威望；麾下驍將十餘員，個個勇猛善戰。以一介武夫起家的朱元璋，原本就最忌武人擁兵；而藍玉卻自恃功高勢大，驕橫不法。在軍中，他擅自黜陟將校，進止自專，甚至不聽君命。某次北征還師，夜扣喜峰關，關吏沒有及時接納，藍玉就縱兵毀關強行進入，這一舉動顯然引起了朱元璋的猜忌。在地方上，藍玉霸占東昌民田，私蓄奴婢，縱奴作惡鄉里。此事後為御史舉劾，但藍玉竟怒逐御史。他還讓家人私買雲南鹽1萬餘引（每引200斤或400斤），進行走私。又因奏請多未採納，一直對朱元璋心懷不滿。這些做法，終於讓朱元璋動了殺心。洪武二十六年二月，錦衣衛指揮蔣瓛告發藍玉謀反，朱元璋就將他處斬，並族誅了三族。平時與藍玉有關係莫逆的許多將校，也都被定位“逆黨”，遭到了抄家滅族的下場。當時因這個案件而被誅殺者多達1.5萬人，軍中的驍勇將領差不多都被殺戮殆盡。朱元璋還手詔布布告天下，並條例爰書為《逆臣錄》。列名《逆臣錄》，有一公、十三侯、二伯。
朱元璋借藍玉案徹底剷除了將權對皇權的潛在威脅，將軍權牢牢地控制在自己手中。軍權皆出於朝廷，不敢有所專擅。
