小有蹉跎，順利繼位
道武帝末年，決定立當時為齊王的拓跋嗣為太子。按照代、魏舊例，只要立嗣子就先殺其生母。於是，道武帝賜死拓跋嗣生母劉貴人。然後召兒子入宮，當面訓諭：“漢武帝殺鉤弋夫人，就是提防母壯子弱，母后臨朝亂政，搞出呂后那樣的局面。現在準備立你為太子，我就效仿古人的作法，這樣也是為了國家長久之計。”拓跋嗣天性孝順，聞言哀泣不已，伏地痛哭。被“寒食散”折磨得本來就煩躁不安的道武帝大怒，怒斥兒子出宮。拓跋嗣回到自己住處，日夜號泣，拓跋珪聽此情形，又派人召他入宮訓話。左右宮人見狀，都勸他不要入宮：“皇上大怒，殿下您入宮說不定就被殺，不如先找個地方躲避起來，等皇上怒氣消解後再入宮不遲。”拔跋嗣聽勸，帶著兩個隨從跑出都城藏了起來。
不久，清河王拓跋紹入宮弒父。第二天中午，拔跋紹召集百官於端門，隔著大門，從門縫問百官：“我有叔父，也有哥哥，公卿眾人想擁立誰呢？”大家聞言都愕然失色，沒有答腔的。過了好久，南平公長孫嵩回答：“我們擁戴王爺您。”大家此時才知道武帝駕崩，但都不知死因，所以沒一個人敢出聲。散朝之後，傳聞紛紛，大家才知道武帝死因可疑，朝野洶洶，人懷異志。拓跋紹畢竟是個少年，又無人輔佐，聽說外面人心不安，只知道從府庫里搬出大批布帛賞賜王公。
齊王拓跋嗣聽說道武帝被弒，偷偷往都城奔返。拓跋紹派人尋找拓跋嗣想殺掉他，幾次未果。百姓和眾大臣得知拓跋嗣回城，奔走相告，欣然回響，爭出奉迎。拓跋嗣在城西一露面，宮裡的衛士就把拓跋紹抓住送給拓跋嗣論處。拓跋嗣論數罪惡，殺掉拓跋紹和他的母親賀蘭妃。同年，登基為帝，時年十八歲。
明元帝拓跋嗣在位十五年，禮愛儒生，好學史傳，採集經史，隆基固本，內和外揖，可以稱得上是北魏開國以來的一位仁厚的守成之主。
覬覦南朝，未得佳機
東晉權臣劉裕出身寒微，靠軍功步步升高，他滅了邪教頭子孫恩、盧循，又殺了自稱皇帝的桓玄，進而滅亡南燕，汲取前朝慕容宗族性喜反覆的前鑒，他殺了慕容宗族三千多人，基本上讓這一支活躍了上百年的顯赫宗族灰飛煙滅（金庸的小說又大肆編排出慕容王族，顯然就是瞎扯淡了）。劉裕本人也成為南朝第一位平滅北方國家的大英雄。
接著，劉裕又滅西蜀，直逼曾經擊滅前秦的後秦。此時的後秦是仁弱儒雅的姚泓在位，加之內訌連連，落得只好向拓跋嗣求援。
北魏大臣紛紛勸拓跋嗣出兵助後秦，想從中撿便宜，惟有大臣崔浩勸諫：“劉裕必克姚泓。陛下您雖有精兵，但沒有良將可使。不如安靜等待，查觀局勢。劉裕滅秦後，一定返回南方篡位，到時關中可盡為我有。”拓跋嗣大加讚賞，賜崔浩御灑及水晶鹽等奇物，然而他畢竟想從交戰雙方取利，仍派長孫嵩等將領隨時準備攻擊晉軍。
晉軍不堪騷擾，在黃河北岸擺個卻月陣，以兩千七百士兵加上一百張可發尖槊的大弩，大敗魏軍。長孫嵩三萬騎兵被殺一萬，狼狽而還。拓跋嗣又慚又悔，忙向崔浩道歉。劉裕俘獲姚泓後，果然急忙回建康篡位，關中不久就被赫連勃勃奪占，其時為公元418年。留守關中的二十萬晉軍全部被赫連勃勃的夏軍殺掉。
明元帝拓跋嗣在位時，對內鞏固王朝統治，對外趁劉裕病死時進攻宋國，費了不少氣力，取得了河南一些地方，在付出相當的代價後，算得上是取得了南北朝戰爭的第一次勝利。由於長途攻戰勞頓，拓跋嗣回到平成就病死了。可以說他是北魏重要的但又是過渡性的皇帝。共在位十五年，終年三十二歲。
