發生背景
旅順大屠殺中日軍殘酷屠殺中國軍民旅順位於遼東半島最南端，與威海衛隔海相望，共扼渤海門戶。旅順作為北洋水師重鎮，由李鴻章耗時十六年、耗資數千萬建成，船塢、炮台、軍儲的實力為北洋軍之首，被稱為“遠東第一軍港”。旅順不僅背靠群山，而且主要山峰上都設有炮台：東面有松樹山、二龍山、雞冠山等炮台，西面有椅子山、案子山、望台北等炮台，共有加農炮、榴彈炮、野炮、山炮等各種大炮78門。關於旅順之險要，黃遵憲曾贊道：“海水一泓煙九點，壯哉此地實天險！炮台屹立如虎闞，紅衣大將威望儼”。
旅順大屠殺駐守旅順的清軍，原有記名提督黃仕林、記名總兵張光前各兩營，後各增募兩營，共八營4100人。後增加臨元鎮總兵薑桂題四營、記名提督程允和四營，共八營4000人。1894年11月初，李鴻章又派記名提督衛汝成的五營3000人，再加上金州、大連灣敗退的連順、徐邦道、趙懷業殘部，總兵力為14700人。清軍兵力雖多，但諸軍互不聯絡，均無固守的信心。八位統領互不隸屬，各行其是。雖然臨戰前公推薑桂題為總督，但他戰守無策，一味告援，不能改變諸軍相互觀望坐視的局面。
1894年，日本第二軍在奪取大連灣後，為攻克旅順，在大連灣整休一旬。1894年11月17日拂曉，日本第二軍除在金州、大連灣留下少量部隊外，全部出動進犯旅順。日軍兵分三路：一為右翼縱隊，由第一師團、混成第十二旅團及攻城炮隊組成，山地中將為主將，乃木、西寬、長谷川三少將為其下屬；二為左翼縱隊，由步兵第十四聯隊、騎兵一小隊、山炮一中隊、工兵一中隊組成，滿益少佐為指揮；三為騎兵搜尋隊，由騎兵一大隊組成，秋山少佐為指揮。是日，右翼縱隊和搜尋騎兵在三十里堡宿營，左翼縱隊在辛塞子宿營。18日早晨6時左右，右翼縱隊從三十里堡出發，下午2時30分到達營城子。同日上午10時，搜尋騎兵隊第一大隊長秋山好古率領的前鋒到達土城子，此時清軍3000餘人突然出現，將騎兵隊團團圍住。日軍騎兵陷於重圍之中。秋山下令突圍，向雙台溝方向逃去。此次土城子迎擊戰，日軍死傷55人，但此後清軍卻不敢主動出擊，消極防禦。
11月20日，日軍司令大山岩在李家屯西北的高地上召開各級將校會議，決定21日凌晨2時發動總攻。次日，各軍進入預定的陣地。騎兵搜尋隊警戒盤龍山以西，部分騎兵搜尋通向旅順的道路；右翼縱隊第一師團攻椅子山炮台，混成第十二旅團攻二龍山炮台；左翼縱隊在旅順東北布陣，牽制清軍；軍司令部駐土城子南；聯合艦隊在旅順海口一字擺開，牽制清軍兵力。
11月21日晨6時40分，日軍逼近各炮台，西寬少將為先鋒，率領第三聯隊首先攻撲椅子山最西的炮台。炮兵則在椅子山西面布陣，同時攻擊椅子山的三個炮台。清軍發炮應戰，但由於日軍大炮命中率高，炮台被摧毀。最後第三聯隊的步兵發動衝鋒，一舉攻下椅子山的三個炮台，時為上午8時。
山地中將攻下椅子山炮台後，又令炮隊攻擊松樹山炮台。炮彈擊中其火藥庫，猛然爆炸，松樹山炮台徹底被毀。此時長谷川少將的混成旅團正在攻打二龍山炮台和雞冠山炮台，由於第一師團各部隊包抄兩炮台的背後，清軍腹背受敵，終於不支而退，二龍山、雞冠山兩炮台失陷。時近中午，旅順背後各炮台大都陷落，所剩的只有海岸炮台。海岸諸炮台以黃金山炮台最為堅固，日軍第二聯隊長伊瀨知好成大佐奉命攻打該炮台。當日軍一逼近黃金山炮台時，清軍東岸守將黃仕林便棄炮台逃走，炮台被日軍輕易占領，時為下午5時。東岸其他炮台如摸珠礁、老礪嘴等炮台守兵不戰而逃，東岸炮台全部失陷。
至晚上，西岸炮台尚在清軍手中。但是當夜張光前率領部下沿西海岸向北撤退，西海岸諸炮台也盡歸日軍所有。旅順半島20多個炮台，一天內全部被日軍占領，清軍戰死約2000餘人，日軍僅損失280人。清政府將總理船政、專辦水陸營務的道員龔昭與以“不能聯絡諸軍同心固守，迨船塢失陷避至煙臺”等罪名逮捕，交與刑部治罪。
事件經過
日軍攻占旅順後，對城內進行了4天3夜的搶劫、屠殺和強姦，最高字認為死難者約2萬人，只有埋屍的36人幸免於難，後經考察生還者大概約800餘人，這就是震驚世界的旅順大屠殺。
據英國人艾倫的《龍旗翻卷之下》記載：“日本兵追逐逃難的百姓，用槍桿和刺刀對付所有的人；對跌倒的人更是兇狠地亂刺。在街上行走，腳下到處可踩著死屍。”“天黑了，屠殺還在繼續進行著。槍聲、呼喊聲、尖叫聲和呻吟聲，到處迴蕩。街道上呈現出一幅可怕的景象：地上浸透了血水，遍地躺臥著肢體殘缺的屍體；有些小胡同，簡直被死屍堵住了。死者大都是城裡人。”“日軍用刺刀穿透婦女的胸膛，將不滿兩歲的幼兒串起來，故意地舉向高空，讓人觀看”。該書也記載了血肉模糊的日軍戰俘屍體。
據美國《紐約世界》記者克里曼描述：“我見一人跪在兵前，叩頭求命。兵一手以槍尾刀插入其頭於地，一手以劍斬斷其身首。有一人縮身於角頭，日兵一隊放槍彈碎其身。有一老人跪於街中，日兵斬之，幾成兩段。有一難民在屋脊上，亦被彈打死。有一人由屋脊跌下街心，兵以槍尾刀刺插十餘次。”“戰後第三日，天正黎明，我為槍彈之聲驚醒，日人又肆屠戮。我出外看見一武弁帶兵一隊追逐三人，有一人手抱著一無衣服的嬰孩，其人急走，將嬰孩跌落。一點鐘後，我見該孩已死，兩人被槍彈打倒。其第三人即孩子之父，失足一蹶，一兵手執槍尾刀者即刻擒住其背。我走上前，示以手臂上所纏白布紅十字，欲救之，但不能阻止。兵將刀連插伏地之人頸項三四下，然後去，任其在地延喘待死。”“次日（11月24日）我與威利阿士至一天井處，看見一具死屍。即見兩兵屈身於死屍之旁，甚為詫異。一兵手執一刀，此兩人已將屍首剖腹，刳出其心” “我經過各街，到處見屍體均殘毀如野獸所齧。被殺之店鋪生意人，堆積疊在道旁，眼中之淚，傷痕之血，都已冰結成塊。甚至有知靈性之犬狗，見主人屍首之僵硬，不禁悲鳴於側，其慘可知矣”。
據英國法學家胡蘭德的《關於中日戰爭的國際公法》引用維利爾斯的記載：“當時日本官員的行動，確已越出常軌。他們從戰後第二天起，一連四天，野蠻地屠殺非戰鬥人員和婦女兒童。在這次屠殺中，能夠幸免於難的中國人，全市中只剩36人（後考察生還者約800餘人）。而這36人，完全是為驅使他們掩埋其同胞的屍體而留下的。”“其中有一個叫鮑紹武的人說：‘我們來參加收集屍體時，看到有的人坐在椅子上就被捅死了。更慘的是，有一家炕上，母親身邊圍著四五個孩子，小的還在吃奶就被捅死了’”。
事件報導
日本國內
旅順大屠殺之前，日本就為掩蓋事實真相做了周密的部署。1894年6月，日本陸軍省偕海軍省聯合頒令，嚴禁本國所有報刊登載軍事新聞，以免泄漏日軍對中國的侵略企圖。8月1日，內務省即宣布對有關甲午戰爭的報導實施“審閱”制度，各報社發稿前，均須將原稿送呈指定的警保局，加蓋了“審查批准”印戳的，方可發表。凡被認屬“有污點的事件”，則打上“禁止刊登”之印記，用墨水塗毀。9月中旬，大本營規定，改行新的《新聞材料公示程式》。全國報刊的記者們，只能到大本營設在廣島的副官部去，申請檢索當局“許可公布”的訊息。而且刊登之後，皆應寄交一份報刊給副官部備案。與此同時，大本營對若干被允準隨軍採訪的日籍記者（約130名，包括11名畫家、4名攝影師，分屬66家報社），下達了極端苛峻的“隨軍紀律”，並指派軍官全程監視，一旦某人被軍方視為“有害的記者”，立馬押遣回國，給予重罰。
由於日本政府對事件的真相的成功掩蓋，當旅順攻陷的訊息傳至日本本土，全國多處遊行舉宴，高呼萬歲，慶祝勝利。東京股票市場也反彈暴漲，“盛況宛如鼎沸”。大本營隨後將第二軍在旅順劫掠的大批“戰利品”運回國內，展示於東京的靖國神社，前往觀展的人流“比到淺草、上野觀光的還要多”。“戰利品”這個名稱在日本國內成為時尚，許多商家紛紛推出以“戰利品”命名的新商品，並得到暢銷。當屠殺的報導終於浮現時，日本社會也為之震驚。
歪曲報導
旅順大屠殺之後，英國的中央通訊社和路透社先後被陸奧宗光指使日本駐英臨時代理公使內田康哉收買。“每當有不利（日本）的報導刊登在當地報紙上”，這兩家新聞機構通常都立刻出馬，給予反宣傳。路透社“及時制止”了本社記者從上海發來的揭露旅順“野蠻慘害”的電稿。中央通訊社則辯稱：“除戰時正當殺傷之外，（日軍）無殺害一名中國人”。類似的還有美國的《華盛頓郵報》、日本的《日本郵報》、《日本周刊郵報》以及義大利等國的若干報刊。
冒死查證
由於日本對旅順大屠殺百般掩蓋、矢口否認。1935年，孫寶田冒死進行查證，證實旅順大屠殺死難同胞為兩萬人……
冒死查證旅順大屠殺的孫寶田孫寶田
是大連金州人，生於1903年。1910年起，他師從遼南名儒鄭有仁十年，曾與著名將領萬毅（大連金州人，1955年被授中將軍銜）同窗。
1929年春，他與周恩來的南開中學同班同學畢維藩一道，被溥儀的顧問羅振玉收為弟子。羅振玉自1928年起定居旅順，其大雲書庫隨時對這兩個弟子開放。1930年，孫寶田又拜光緒甲辰科（1904年）進士王季烈為師。
1935年5月，孫寶田出於民族義憤，開始著手實地調查四十一年前大屠殺罹難人數。他前往旅順，謹言慎行，輾轉找到了知情人鮑紹武。鮑紹武悲憤地說：
“日軍入旅順，沿戶搜殺，婦嬰不免，歷三晝夜始止。屍體隨處掩埋。翌春乙未二月，日軍令其組織扛屍隊，將所瘞屍體抬至陽花溝焚之。”
死難者的骨灰葬在白玉山東麓。經過調查，孫寶田得知：“當時除有家人領屍安葬者千餘外，被焚屍體實為一萬八千三百餘。”
“余根據鮑君所言，曾將日軍屠殺旅順事實詳記始末，載在文獻中，以告國人。”孫寶田查實，旅順大屠殺的死難人數為兩萬人，是日軍公布數字的一倍！
當時，旅順在日軍的占領之下，孫寶田完全是冒生命危險去查證旅順大屠殺死難同胞人數的，其風險不言而喻。
1944年，為強化殖民統治，日本人醞釀了“改名”陰謀，妄圖把旅順百姓的姓名全部改換成日本姓名。日金州“民政署署長”河也占男專門叫來了在當地頗有影響的金州會會長曹世科，進行部署。
隨後，曹世科召集旅順各界代表開會，商討對策。曹世科、孫寶田（教育界代表）等15人聯名上書，堅決反對。河也占男雖十分不快，但考慮到日軍的戰局處於低迷狀態，也不敢一意孤行。“改名”陰謀遂不了了之。
真相披露
1894年11月26日，英國《泰晤士報》刊出電訊：據報告，在旅順發生了大屠殺。這是世界上最早披露有關“旅順大屠殺”的信息。11月29日，美國的《世界報》刊登了來自中國芝罘（今煙臺一帶）的一則報導：“日本軍（在旅順）不分老幼全都槍殺，三天期間，掠奪與屠殺達到了極點”。該報於12月12日、13日、19日、20日連續數天刊登“戰爭特派員”克里曼的長篇“紀實報告”：《日本軍大屠殺》及《旅順大屠殺》，稱：“日本為蒙文明皮膚，具野蠻筋骨之怪獸”，掀起了軒然大波。而英國的《泰晤士報》與《標準報》跟進報導，又起到了推波助瀾的作用。“人們在得悉事件詳情的同時，無不對遠東的暴行感到戰慄、痛心、憤怒”。
克里曼的數字是兩千人遇害，而維利爾斯的數字則是兩萬人遇害。
現代西方著作如《Modern Chinese Warfare: 1795 - 1989》一般認為數字不超過三千。
事件研究
日寇進行連續三晝夜的血腥大屠殺有日本學者認為，正像1937年秋後的上海戰役（淞滬會戰）日軍遭到重創（戰死約15000人）而“復仇情緒高漲”，從而引發了“南京虐殺”一樣，1894年11月18日的土城子之戰則成為“旅順虐殺的導火索”。並指出：“中萬（德次）中尉等11人戰死，當時發生了清兵凌辱日軍屍體事件，對我軍死者削鼻、挖眼和破腹，造成全軍大怒的氛圍。據說打進旅順以後發現了中萬中尉的首級。日本和國外的許多文獻指出，對凌辱的報復情緒導致了旅順屠殺。”
那么旅順大屠殺真是由於所謂的土城子之戰中“清軍辱屍”所引發的日軍自發“報復情緒”導致的嗎？
土城子之戰本是一場小仗，之所以成為轟動世界輿論的重大事件，是與日本方面大肆渲染的“凌辱屍體”密切相關的。
所謂“凌辱屍體”，主要有二：一是割下敵屍首級；一是對敵屍“削鼻、挖眼和破腹”。第一項應該是真實的，“梟首”是古代戰爭沿襲下來的一種野蠻習俗，到了近代仍未完全廢除。
本來，旅順清軍曾下達過“不準割取首級，割首級者不賞，以防耽延時刻有誤行軍”的命令，但拱衛軍士兵不顧軍規而割下了中萬德次中尉以外的11顆首級。中萬戰死後，其手下軍士“恐中尉首級落入敵軍手中，揮淚割下，帶回部隊，順利假葬”。
所以，日本有人說“據說打進旅順以後發現了中萬中尉的首級”的話，可以斷言乃是捕風捉影之談。清軍割取敵屍首級的做法確實是很不文明的。
至於說清軍對敵屍“削鼻、挖眼和破腹”，究竟有多大的真實性，是很值得懷疑的。日軍騎兵搜尋隊被拱衛軍擊退之後，清軍對敵人所遺屍體“削鼻、挖眼”是何人所見，並無直接目擊者記載。
既然屍體已被清軍割去首級，又怎樣看到被“削鼻、挖眼”，豈不自相矛盾？事實上，日軍攻進旅順之後，發現了被割取的部分首級，並無“削鼻、挖眼”的觸目驚心景象，而看到的只是“被野狗啃齧”的慘狀。可見，“削鼻、挖眼”之說缺少證據。
屍體被“破腹”，恐難說是清軍所為。因為日軍重傷者舉刀自殺，有的割喉而死，有的可能切腹而死；特別是經過一夜暴屍荒郊，當地野狗成群，餓得到處覓食，聞血腥而至，必撕咬而食之。這在一些西方隨軍記者的筆下多有描述。
無論怎么說11名日軍被割去首級一事，並不能得出日軍可以濫殺平民的結論。
種種跡象表明，所謂“凌辱屍體”事件，完全是日本軍方一手渲染起來的。日軍擔任進攻旅順的主力是第一師團，其師團長山地元治中將便是這一所謂事件的製造者。
為了鼓舞士氣，山地特意要借題發揮，宣傳為一次“凌辱屍體”的事件。其手段可謂卑劣。但山地卻以此為得意之筆，藉機鼓動道:“面對如鼠賊般的敵兵，尚遭今日之戰，遺憾也。明日之戰我必親自指揮！”
19日，即土城子之戰的第二天，山地在雙台溝附近見到衛生兵抬著在土城子陣亡的士兵屍體時，大聲叫道:“噫！清兵慘烈何以至此？自今而後，再遇清兵，一人勿許生還！”
他的這種情緒不僅直接感染了聯隊長以下的所有軍官，而且對全體士兵都是極大的煽動。
屠殺發生後，日本官方變成“旅順清兵脫掉制服，換成居民便衣，藏於居宅空屋中進行抵抗。部分居民也奉命以武力抵抗。”意思是說，日軍所屠殺的不是繼續抵抗的便裝清兵，就是奉命作戰的居民。
有日本學者也聲稱“（旅順敗兵）脫下軍裝，換上便衣，潛伏於居民家中。日本軍隊於掃蕩中難以區分敗兵與居民。於是，凡是壯丁，估計可能是士兵者，都毫不留情地殺了。……大量屠殺俘虜是違反國際法的，但（中國）正規兵的便衣化也是違反國際法的”。
辯解者一方面承認日軍“大量屠殺俘虜違反國際法”，一方面又歸咎於清軍“正規兵的便衣化”，這更是沒有什麼道理的。即使有少數清兵未來得及隨隊伍北撤，無奈便裝分散隱蔽，既談不上違反國際法，也不能成為日軍“大量屠殺俘虜”和大量屠殺平民的理由。
事實上，日軍在進攻旅順之前已確定了不保留俘虜的方針。
隨山地元治進入旅順的日諜向野堅一即坦言：山地下達了“除婦女老幼全部消滅掉的命令，因此旅順實在是慘而又慘，造成了旅順港內恰似血流成河之感”。
日本第二軍司令長官大山岩陸軍大將的國際法顧問有賀長雄，也在旅順當著西方記者的面承認：“我們在平壤抓了幾百名俘虜，可是我們發現要養活和看護他們，既費錢又麻煩。實際上，我們在這裡一個俘虜也不抓。”
日本官方也是清楚知道日軍在旅順屠殺平民的。
外交大臣陸奧宗光私下裡並不諱言日軍在旅順屠殺平民的事。他在旅順大屠殺發生的一周后致電外務次官林董電稱：
今天，會見了從旅順歸來的一《泰晤士報》記者。據他陳述，日本軍戰勝後有過相當粗暴的舉動，將俘虜捆綁後活活殺死，連平民，甚至是婦女也殺害，似乎這是事實。這些事實不僅歐美記者親眼所見，還有各國艦隊的士官、特別是英國海軍中將也在現場目睹。……《泰晤士報》記者多次詢問日本政府將採取何種善後政策……請閣下理解本大臣的意見，即使是上述事實被公開，也不能有任何表態，就是現在日本政府發表如何處分之後，如果沒處分的話，甚是被動。
陸奧明知旅順屠殺平民是事實，但又不能做任何公開表態，尤其是處分有關責任者等於承認了事實，不處分有關責任者又在國際輿論面前非常被動。
而在參與作戰的日本士兵的日記中，旅順大屠殺的血腥和殘忍格外清晰。
日軍第二聯隊步兵窪田忠藏記述：
看見中國兵就殺，看到旅順市內的人一個不留，所以街道上堆滿了死屍，行走極不方便。住在家裡的人也不能免，一般人家都有三個到五六個人被殺，流出的血令人作嘔。
日軍野戰炮兵第一聯隊輜重兵小野六藏記述：
我們第一分隊得到允許外出，便到旅順市街散步，看到每家多則十多名少則二三名“敵屍”，有白髮老頭兒和嬰兒同被打死，還有白髮老婆兒和媳婦手牽手陳屍在地，其慘相不可名狀。
與此相印證，當年參與抬屍的中國人鮑紹武說：
我們在收屍時，親眼看到了同胞們被害的慘狀。在上溝一家店鋪里，被鬼子刺死的房先生還伏在賬桌上。更慘的是有一家炕上躺著一位母親和四五個孩子的屍體，大的八九歲，小的才幾個月，還在母親懷裡吃奶就被鬼子捅死了。許多人都死在自己家門口，他們都是在開門時被鬼子殺死的。死者大多數是老年人和婦女兒童。
王宏照說：
日本兵用刺刀逼著我們抬著四具死屍往旅順送。我到旅順一看，家家戶戶都敞著門，裡面橫七豎八的人，有的被砍了頭，有的橫在櫃檯上，有的被大開膛，腸子在外面一大堆，鮮血噴得滿牆都是，屍體把街道都鋪滿了。當時旅順的老百姓，沒有逃走的，都死在鬼子屠刀下。
將當年抬屍者的口述與日軍士兵的日記相印證，可以充分地說明，日軍進入旅順市內是見人就殺，遇害者的絕大多數還是包括大量毫無抵抗能力的老幼婦孺、手無寸鐵的和平居民。而非日本方面辯稱的是“便裝清兵”與“武裝抵抗的居民”。
旅順大屠殺是日軍高層有組織策劃的一起戰爭罪行。
旅順大屠殺不是一起一般日本軍人違反國際公法戰爭法規的犯罪，而是日本第二軍自上而下有組織地進行的大規模屠殺暴行，其性質更加嚴重。
日方的一些記載也並不諱言是日本第一師團長山地元治中將下達的屠殺令，這是真實可信的。
日本間諜向野堅一隨日本第二軍第一師團進攻旅順，目睹了一切，便在回憶錄里承認，山地元治下達了“除婦女老幼外全部消滅掉的命令，因此旅順實在是慘而又慘，造成了旅順港內恰似血流成河之感”。
正由於此，師團所屬軍官皆命令士兵：“見到敵兵，一個不留！”向野堅一還在日記里記述，山地元治看見第三聯隊的士兵闖入民家，殺害兩個平民，“鮮血四濺，溢於庭院”，他不但不加以制止，反倒囑咐殺害平民的日兵“不要對外講”。
日方的記載還證明，第一旅團長乃木希典少將和第二旅團長西寬二郎少將都是屠殺令的積極執行者。
那么，作為日本第二軍司令官的大山岩大將，對於所屬第二師團所犯下的如此嚴重的戰爭罪行，是否毫不知情而可以置身事外呢？回答是否定的。因為說大山岩對屠殺並不知情，無論從軍事作戰紀律還是從情理來說，都是絕對不可能的。
當時，倫敦《泰晤士報》指出：“日本攻取旅順時，戕戮百姓四日，非理殺伐，督兵之員不能臨時禁止，恐為終身之玷。”連原先傾向日本的英國牛津大學教授胡蘭德也認為：“當時日本官員的行動，確已越出常軌。”都強調了旅順屠殺的責任主要在統兵官員。
因為當時在旅順的西方人士都非常清楚:“日軍司令官和他的所有將軍們都知道，大屠殺正在一天接一天地進行。”大山岩是旅順日軍的最高指揮官，對於接連4天的大屠殺當然不會不清楚。此其一。
1894年11月21日午後，日軍在旅順的屠殺已經開始了，大山岩在閱兵場主持祝捷會，一面命軍樂隊奏“君之代”，一面聽外面殺戮平民的槍聲。克里爾曼看見他此時正與諸將校“在奏樂聲與槍彈聲的錯雜中頻頻碰杯，並微笑地蹬著方步”。可見，他不但完全清楚日軍的屠殺，而且還為此而感到滿足。此其二。
最能夠說明問題的是，在旅順屠殺期間，他專門派他的法律顧問有賀長雄去做西方新聞記者的工作，說服他們不要將日軍的屠殺報導出來。若不是他心中有鬼，何必多此一舉？此其三。
如此等等，足以說明大山岩是旅順大屠殺的元兇和最高責任者。
日軍在旅順的屠殺既非因清軍“辱屍”激起的“復仇情緒”導致的“自發”報復行為。更不是日軍辯稱的只是消滅“便裝清軍”與“武裝抵抗居民”的戰鬥行為。它是在日軍高層將領的直接命令和間接煽動下對無辜的普通中國民眾的野蠻屠殺。也許正如美國報紙所說，這一刻他們“脫文明之假面露野蠻之本體矣”。
紀念活動
1896年清朝官員顧元勛刊石立“萬忠墓”碑為遮掩和毀滅屠殺罪證，從1894年11月下旬到翌年的1月中旬，日軍先是對旅順市街的被害者屍體進行了清理和草草掩埋，繼而焚屍滅證。日軍及其殖民機構將從市街里和水師營等處抓來的中國人編成三組抬屍隊，分別把屍體抬到三個地方焚燒。第一處為萬忠墓的溝下；第二處為修建船塢時的舊窯處；第三處是黃金山東麓。據《旅大史話》記載：（兩萬具）屍體抬了一個月才抬完。
焚屍的材料用的是煤炭和木船的船板與木塊，並配有煤油。焚燒過程中，日軍用鐵條、鐵管做成支架，將死者屍體支起來，以使其充分燃燒。骨灰集中在四口大棺材內，叢葬於白玉山東麓的安葬崗。墳前立一木樁，寫有“清軍將士戰亡之所”的字樣，藉以欺騙世人，掩飾屠殺焚燒包括婦女兒童在內的平民和俘虜的罪行。
1896年11月，日軍撤出旅順後，清朝官員顧元勛樹立了萬忠墓的第一塊碑石，親書“萬忠墓”三個大字並修建享殿，以示祭奠。後又分別在1922年、1948年經過維修並樹碑。碑陰銘文記述了日軍暴行和重修萬忠墓的經過。
1963年，萬忠墓被列為省級文物保護單位。
1994年是旅順大屠殺百年，旅順口各界人士重新安葬甲午戰爭殉難同胞。並於11月21日旅順各界隆重舉行“甲午旅順殉難同胞百年祭”活動，並樹立了萬忠墓第四塊碑。重修後的萬忠墓陵園占地9300平方米，紀念館建築面積1100平方米。
1997年，萬忠墓被中宣部命名為全國百家愛國主義教育示範基地之一。
Bruce A. Elleman的著作《Modern Chinese Warfare: 1795 - 1989》表示“這種屠殺報導，儘管含有很大的聳人聽聞成分，仍然在各國引起了很大反響，也使得日本放棄了很多苦戰得來的東西”，同著作所記的被害者為2000－3000人之間。
