職責調整
（一）取消已由自治區人民政府公布取消的行政審批事項。
（二）將許可權內臨時占用草原的審批許可下放給縣市畜牧行政部門。
（三）將許可權核心發獸藥經營（不含生物製品）許可下放縣市獸醫行政部門。
（四）強化畜產品和畜牧業生產資料的質量安全監管職責，提升畜產品質量安全水平。
主要職責
（二）承擔提升自治區畜產品質量安全水平的責任。指導畜產品質量安全監測和畜產品檢驗檢測體系建設工作。
（三）組織實施全區畜禽遺傳資源、飼料資源和草原資源的普查、保護和開發利用工作。依法開展種畜禽遺傳資源、牧草種子、獸藥、飼料和飼料添加劑的許可及監督管理工作。
（四）指導全區畜牧業生產、抗災保畜、防災基地建設和對口扶貧開發工作。承擔對自治區國有牧場及廳屬各類企業的業務指導、服務及協調工作。
（五）指導自治區畜牧業結構和布局調整，組織標準化生產和規模飼養。指導自治區畜牧業社會化服務體系規劃和建設。
（六）承擔自治區草原監督管理工作。組織草原資源保護、合理開發利用和生態建設工作。指導草原鼠蟲害防治和防火工作。推進牧民定居建設。
（七）指導全區畜牧業科學研究和新技術推廣，組織協調畜牧業重大科技項目的聯合攻關。組織協調自治區畜牧業對外經濟技術合作項目、科技交流及技術引進等涉外工作。擬訂畜牧業地方標準並組織監督實施。
（八）會同有關部門擬訂自治區畜牧業農村人才隊伍建設規劃並組織實施。指導畜牧業職業技能開發工作。參與實施農村實用人才培訓工程和農村勞動力轉移就業培訓工作。會同有關主管部門依法實施畜牧業農村人才專業技術資格和從業資格管理。
（九）負責自治區畜牧業各類資金的財務管理，並對資金使用情況及經濟效益進行檢查監督和績效評價。負責全區畜牧業信息與市場調查工作。
（十）承辦自治區人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治區畜牧廳設7個內設機構：
（一）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔修志、信息、保密、信訪、計畫生育、安全保衛、社會治安綜合治理和外事接待等工作；承擔重大突發事件應急綜合管理和行政審批綜合辦公有關工作；負責廳規定事項的督促檢查。
（二）畜牧處
擬訂自治區畜牧業年度生產計畫及扶持畜牧業發展的政策並組織實施，監督減輕牧民負擔工作；承擔畜牧業重大建設項目的協調管理相關工作；組織畜禽遺傳資源的保護及合理開發利用工作；協調畜牧業生產、經營和市場等方面工作；指導畜牧業抗災保畜、牧區防災基礎設施建設和對口扶貧工作；承擔畜禽品種改良及良種繁育體系的規劃和建設。
（三）草原處
擬訂自治區發展草業的方針政策、草原保護建設的整體規劃及年度計畫並組織實施；承擔牧民定居建設的相關工作；指導飼草料生產體系和牧草種子繁育體系建設；依法辦理許可權內草原行政許可事項；依法落實草原有償承包責任制；依據《草原法》的有關規定，承擔自治區級草地類自然保護區建立的相關工作；組織協調、指導監督草原監理、防火、技術推廣和鼠蟲害防治工作。
（四）科教處
制定自治區科技興牧計畫並組織實施；承擔重大畜牧科研課題和科技推廣項目的管理工作；組織重大科研和技術推廣項目的遴選、實施驗收、鑑定成果申報和獎勵；組織引進國外畜牧業先進技術；指導畜牧系統科技綜合示範點的科技推廣、技術市場及科技博覽工作；擬訂畜牧行業地方標準並監督執行；指導畜產品質量監督管理體系的建設；參與農村實用人才培訓工程和農村勞動力轉移就業培訓工作。
（五）計畫財務處
擬訂自治區畜牧業中長期發展規劃，編制年度計畫；協調實施畜牧業生產、開發、建設計畫；負責畜牧業各類資金的管理，並對資金使用情況及經濟效益進行監督檢查和績效評價；指導畜牧業結構和布局調整；綜合、提出畜牧行業基本建設項目；承擔畜牧業統計工作；負責廳機關財務工作，指導監督廳屬單位財務、國有資產、政府採購管理工作；組織開展內部審計。
（六）政策法規處
組織宣傳貫徹實施國家及自治區關於畜牧業方面的方針政策和法律、法規；擬訂自治區畜牧業發展的政策、法規；負責畜牧業行業執法監督檢查,查處糾正違法行政行為;承擔全區畜牧執法人員培訓及執法資格審定的相關工作;承擔畜牧業行政複議。
(七)組織人事處
負責廳機關及直屬單位人事管理和機構編制工作；指導畜牧業職業技能開發工作；會同有關部門依法實施畜牧業農村人才專業技術資格和從業資格審核管理工作。
機關黨委負責機關黨群工作，指導廳屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）派駐機構，負責機關和直屬單位的紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責機關離退休幹部工作，指導廳屬單位離退休幹部工作。
人員編制
自治區畜牧廳機關行政編制為76名。其中：廳級領導職數5名（含紀檢組長），總畜牧師1名，首席獸醫官1名。處級領導職數23名（含機關黨委專職副書記1名、離退休幹部工作處領導職數2名）。
自治區紀委（監察廳）雙派駐紀檢監察機構行政編制另文下達。
現任領導
廳長：哈爾肯·哈布德克里木
