歷史沿革
1955年10月，在塗治教授的倡導和策劃下，自治區農林牧科學研究所成立，研究所是新疆第一個正規科學研究機構。
1959年2月，自治區人民委員會決定農林牧科研所一分為四，成立農業、林業、畜牧獸醫、農業機械化4個獨立研究所，分別隸屬自治區農業廳、林業廳、畜牧廳、農業機械工業管理局領導。
1962年9月，上述農林牧機四所重新合併，恢復新疆維吾爾自治區農林牧科學研究所名稱，歸中國科學院新疆分院代管，同時接受自治區農業廳、林業廳、畜牧廳的指導。
1964年5月18日，自治區人民委員會決定在農林牧科研所基礎上成立新疆維吾爾自治區農業科學院。1965年2月8日召開慶祝大會，自治區黨委第一書記王恩茂出席並宣布新疆農科院正式成立。
1981年2月，林業、造林治沙兩個研究所分出，成立新疆林業科學院，歸屬自治區林業廳直接領導。1982年6月，畜牧、獸醫兩個研究所連同種雞試驗場分出，成立新疆畜牧科學院，歸屬自治區畜牧廳直接領導 。
科研條件
人員編制
據2018年4月官網資料顯示，農科院共有在職職工996人，其中，專業技術人員798人，正高級職稱93人、副高級職稱207人，碩士及以上學位的人員280人；有中國工程院院士1名，國家級有突出貢獻專家7名，享受政府特殊津貼專家50名，國家級“百千萬人才”4名，自治區優秀專家51人次，自治區優秀專業技術工作者44人次 。
中國工程院院士：吳明珠 。
國務院特殊津貼專家：伊鴻平、陳躍華、盧春生、孔慶平、吳新元、戴健、馬祁、杜偉、陳彤 。
科研平台
據2018年4月官網資料顯示，農科院設有19個科研機構，有10個試驗場站；建有國家、部委、自治區各類科技平台55個。其中：建有國家現代農業科技示範區，國家棉花工程技術研究中心，科技部國際科技合作基地，農業部棉花、甜菜、大麥改良分中心，農業部部級檢驗測試監測中心4個，國家野外觀測站2個，農業部產業技術體系試驗站16個，農業部原原種基地5個，國家農作物品種資源中期保持庫，國家灰漠土肥力與肥料效益重點野外監測站，國家微生物菌種保存分中心，國家果樹種質資源圃，國際玉米小麥改良中心（CIMMYT）新疆小麥試驗站；建有自治區重點實驗室2個，育種家基地6個，西甜瓜育種研發基地2個，科技成果轉化中心，引智示範基地4個；建有海南三亞農業科技示範園，發酵中試車間 。
科研機構：新疆農業科學院糧食作物研究所、新疆農業科學院經濟作物研究所、新疆農業科學院園藝作物研究所、新疆農業科學院植物保護研究所、新疆農業科學院土壤肥料與農業節水研究所、新疆農業科學院核技術生物技術研究所、新疆農業科學院微生物研究所、新疆農業科學院農業機械化研究所、新疆農業科學院農業質量標準與檢測技術研究所、新疆農業科學院農業經濟與科技信息研究所、新疆農業科學院農作物品種資源研究所、新疆農業科學院吐魯番農業科學研究所、科技成果轉化中心、新疆農業科學院棉花工程技術研究中心、新疆農業科學院哈密瓜研究中心、新疆農業科學院生物質能源研究所、新疆農業科學院農產品貯藏加工研究所、新疆農業科學院農藥試製中心、科技交流中心。
試驗場站：綜合實驗場、海南三亞農作物育種試驗中心、瑪納斯農業試驗站、奇台麥類試驗站、輪台果樹資源圃、拜城農業試驗站、庫車陸地棉試驗站、溫宿水稻試驗站、墨玉農業試驗站、莎車農業試驗站 。
設施設備
據2018年4月官網資料顯示，農科院共有科研儀器設備2382台（套），實驗室面積1.22萬平方米，土地面積3.34萬畝，總建築面積1.99萬平方米 。
學術資源
據2018年4月官網資料顯示，新疆農業科學院圖書館有館藏農業類圖書10萬餘冊，中外文期刊合訂本2萬餘冊，中文、外文農業期刊2千餘種，內刊、資料6萬種，22萬冊。訂購各種報刊、雜誌千餘種，各語種藏書30萬冊。此外尚有聯合國糧農組織（FAO）專藏及自建中文內刊文獻資料庫收錄資料從60年代、80年代、90年代到至今有關水稻、玉米、棉花、甜菜、油菜、紅花、蓖麻等資料3萬餘條。
圖書館有中外文信息資源25種。外文專題資源15種，其中全文文獻有8種，文摘與題錄7種；中文信息資源有11種，其中中文期刊資料庫資源3種（維普中文科技學術期刊全文資料庫、萬方數據資源系統等），特色資源資料庫6種（中亞五國專業資料庫、新疆棉花產業綜合等六種特色資源資料庫、重要報紙、博碩士論文等專業資料庫），智慧財產權信息網2種（中國智慧財產權網、揚凌農業智慧財產權信息網），聯合國糧農組織FAO專藏、電子圖書等 。
科研成就
科研成果
據2018年4月官網資料顯示，農科院共獲得省部級二等獎以上獎勵137項；審（認）定新品種293個；獲得授權專利168個；推廣自育與引進農作物新品種357個。科技成果套用率達到70%，輻射全疆各個縣（市） 。
學術刊物
•《農村科技》
農村科技《農村科技》1985年創刊，是由新疆農業科學院、新疆維吾爾自治區黨委農村工作辦公室、新疆農業大學、自治區科協聯合主辦，面向國內外公開發行的省級農業技術類科技期刊。國內統一刊號：CN65-1046/S；國際標準刊號：ISSN 1002-6193；國內郵發代號：58-94。
2007年起，《農村科技》先後與中國學術期刊CNKI資料庫、萬方資料庫、中文科技期刊資料庫簽訂全文收錄協定。2012年，《農村科技》入選“東風工程”。
《農村科技》設有農業技術、園藝特產、植物保護、土壤肥料、品種介紹、種草種樹、畜牧水產、獸醫站、貯藏與加工、農牧機械、農田水利、農業設施、農業經濟等20餘欄目 。
•《新疆農業科學》
新疆農業科學《新疆農業科學》創刊於1958年，由新疆農科院主管，新疆農科院、新疆農業大學、新疆農學會主辦的綜合性農業學術期刊，為中國科技核心期刊、中文核心期刊、中國農業核心期刊、RCCSE中國核心學術期刊。
2011年主持項目榮獲新疆科技進步獎三等獎，1991～2011年7次榮獲新疆科技期刊質量評比一等獎；第二屆全國優秀科技期刊三等獎；1999～2011年榮獲五屆新疆期刊獎；2008～2011年連續獲得新疆科協科技期刊資助項目；2003獲得首批清華大學《CAJ-CD規範》執行優秀期刊。
期刊被美國CA、俄羅斯《文摘雜誌》等、CSCD、CJCR、CAS-OAJ等國內外46家知名資料庫、中國知網優先數字出版、開放存取平台及檢索刊物收錄 。
現任領導
黨委書記、副院長：朱政
黨委副書記、院長：陳彤
黨委委員、副院長：杜偉、馬祁、戴健、木開依·加爾肯別克、貢錫鋒（援疆幹部）
黨委委員、紀委書記：叢健
