根據《自治區黨委、自治區人民政府關於自治區黨委和自治區人民政府機構設定的通知》(新黨委字[2000]20號)，設定新疆維吾爾自治區審計廳(以下簡稱自治區審計廳)。自治區審計廳為自治區人民政府組成部門，是自治區人民政府的審計機關。自治區審計廳職能配置、內設機構和人員編制確定如下：
職能調整
(一)劃出的職能將指導和管理社會審計的職能劃歸自治區財政廳。
(二)新增的職能
1．依據《中華人民共和國審計法》、《中華人民共和國預算法》的規定，審計監督自治區區級預算執行情況和其他財政收支。
2．向自治區有關部門、直屬事業單位派出審計機構。
3．按規定組織對黨政領導幹部和國有企業法定代表人進行任期經濟責任審計。
4．審計監督社會保障資金和環境保護資金。
主要職責
根據以上職能調整，自治區審計廳的主要職責是：(一)貫徹執行國家有關審計工作的方針政策，參與草擬地方性審計法規；制定審計規章制度並監督執行情況；組織領導、協調監督各級審計機關的業務。
(二)向自治區人民政府報告和向自治區有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策法規、區域經濟調控措施的建議。
(三)依據《中華人民共和國審計法》的規定，直接進行下列審計：
1．自治區財政預算執行情況和其他財政收支。
2．自治區人民政府各部門、直屬事業單位及所屬單位的財務收支。
3．地州市政府(行署)預算執行情況和決算。
4．地方金融機構的資產、負債和損益狀況。
5．自治區人民政府有關部門管理的和受自治區人民政府委託由社會團體管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
6．負責對國有企業的資產、負債、損益進行審計監督。 7．負責對國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支進行審計監督。
8．其他法律法規規定應由自治區審計廳進行的審計。
(四)向自治區主席提交自治區預算執行情況的審計結果報告；受自治區人民政府委託向自治區人大常委會提出自治區預算執行情況和其他財政收支審計工作報告。
(五)組織實施對貫徹執行國家財經方針政策和區域經濟調控措施情況的行業審計、專項審計和審計調查；按規定組織對黨政領導幹部和國有企業法定代表人進行任期經濟責任審計；指導各級審計機關對黨政領導幹部進行任期經濟責任審計；依法受理被審計單位對審計機關審計決定的複議申請。
(六)與地州市人民政府(行署)共同領導地州市審計機關，協同辦理地州市審計機關負責人的任免事項。
(七)根據有關法律法規和自治區人民政府規定，配合稽察特派員對自治區國有重點大中型企業和國家重點建設項目進行審計監督；組織對其他國有企業和國家建設項目的審計監督。
(八)承擔審計署授權的審計事項；組織實施對內部審計工作的指導與監督；監督社會審計組織的審計業務質量；組織審計專業培訓。
(九)管理向自治區有關部門、直屬事業單位派出的審計機構。
(十)承辦自治區人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治區審計廳設12個職能處(室)：(一)辦公室
處理廳機關日常政務，負責有關重要會議的組織和有關報告、檔案以及審計機關管理制度的起草；編制審計工作規劃，安排年度審計項目；劃分廳機關、派出審計機構的審計範圍；管理宣傳、信息、新聞發布和機關文電處理、保密、信訪、檔案管理、保衛等項事務；管理審計事業經費，對廳所屬單位的財務收支進行審計監督；承擔審計廳舉報中心的工作。
(二)法制處
負責審計法規、規章的草擬及修改和報批，辦理有關協調工作；組織對各級審計機關和社會審計組織審計業務質量的監督檢查；受理審計行政複議和應訴；審核與覆核廳機關和派出審計機構的審計報告、審計意見書和審計決定；組織實施審計普法教育；指導地州市審計機關的法制工作。
(三)財政審計處
擬定區級預算執行情況的審計總體方案，匯總審計結果；負責審計區本級預算執行情況、自治區地方稅務局系統稅收征管情況、自治區級國庫辦理區級預算資金的收納 撥付情況；負責對地州市政府(行署)預算執行情況和決算進行審計監督；負責對自治區財政廳、地方稅務局及其下屬單位的財務收支狀況進行審計監督；開展專項審計調查；指導地州市財政審計業務。
(四)金融審計處
負責審計自治區金融機構的財務收支、信貸計畫的執行和財務收支；開展專項審計和審計調查。
(五)行政事業審計處
負責審計與自治區財政有撥繳款關係的自治區人大機關、自治區政協機關、自治區高級人民法院機關、自治區人民檢察院機關和政黨組織、社會團體的財政財務收支；負責審計政府有關部門和直屬事業單位的財務收支；開展專項審計和審計調查；指導地州市行政事業審計業務。
(六)經貿審計處
根據有關法律法規和國務院、自治區人民政府規定，配合稽察特派員對自治區國有重點大中型企業進行審計監督，組織對自治區其他國有企業的審計監督；組織對內部審計的指導和監督；開展專項審計和審計調查；指導地州市經貿審計業務。
(七)農業與資源環保審計處
負責審計自治區有關部門管理和受自治區人民政府委託由社會團體管理的農林水利、資源環保、扶貧開發等專項資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查；指導各地州市農業與資源環保審計業務。
(八)社會保障審計處
負責審計自治區有關部門管理和受自治區人民政府委託由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支，以及各項社會福利、救災救濟、優撫安置和社會捐贈資金的管理使用情況；開展專項審計和審計調查；指導地州市社會保障審計業務。
(九)固定資產投資審計處
根據有關法律法規和國務院、自治區人民政府規定，對自治區重點建設項目的概預算執行和決算進行審計監督，組織對其他建設項目的審計監督；組織對自治區國有施工企業的審計監督；開展專項審計和審計調查；指導地州市固定資產投資審計業務。
(十)外資運用審計處
審計自治區運用國際組織和外國政府貸款、援助和捐贈項目的財務收支；提供世界銀行和亞洲開發銀行援助、貸款項目的審計公證報告；開展專項審計和審計調查；指導地州市外資運用審計業務。
(十一)經濟責任審計處
按規定組織對自治區有關部門黨政領導幹部和自治區國有企業法定代表人進行任期經濟責任審計；開展專項審計和審計調查；組織協調
地州市審計機關對黨政領導幹部和企業法定代表人進行任期經濟責任審計。
(十二)人事教育處
負責辦理廳機關、直屬事業單位、派出審計機構的機構編制及其人員管理、工資福利、專業技術職稱考評；協助管理地州市審計機關負責人；組織和指導審計系統教育培訓和精神文明建設。
機關黨委。負責機關和所屬事業單位的黨群工作。
紀檢組、監察室：是自治區紀委、監察廳的派駐機構，負責或指導機關、直屬單位及本系統的紀律檢查和行政監察工作。紀檢組與監察室合署辦公，一個機構兩塊牌子，履行黨的紀律檢查和政府行政監察職能。行政編制3名，處級領導職數1名。
人員編制和領導職教
自治區審計廳機關行政編制為92名。其中：廳級領導職數5名(含紀檢組長)，處級領導職數32名(含機關黨委專職副書記)。按規定設立老幹部工作處，單列編制5名，領導職數2名。
自治區審計廳機關服務中心，相當正縣級，事業編制20名，領導職數3名，全額撥款。
派出機構
【派出審計一處職責】 根據自治區審計工作會議確定的計畫，負責審計自治區教育廳及區屬大專院校、自治區科技廳、人民團體及所屬單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其他工作。【派出審計二處職責】
根據自治區審計工作會議確定的計畫，負責審計自治區農業廳、自治區水利廳、自治區畜牧廳、自治區國土資源廳、自治區林業局、自治區環保局及所屬事業單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其他工作。
【派出審計三處職責】
根據自治區審計工作會議確定的計畫、負責審計自治區文化廳、自治區廣電局、自治區新聞出版局、自治區體育局、自治區地方志及其所屬單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其它工作。
【派出審計四處職責】
根據自治區審計工作會議確定的計畫，負責審計自治區機關事務管理局、自治區政府駐外省區辦事處、自治區民政廳、自治區衛生廳、自治區計生委、自治區藥品監督管理局、自治區紅十字會、自治區殘聯及所屬單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其它工作。
【派出審計五處職責】
根據自治區審計廳工作會議確定的計畫，負責審計自治區經貿委、自治區交通廳、自治區建設廳、自治區外經貿廳、自治區邊境貿易管理局、人防辦、旅遊局、糧食局、貿易行業辦、石油化工行業辦、紡織行業辦、輕工行業辦、機械行業辦、建材行業辦、自豪字區機電設備招標公司、煤炭工業管理局、鹽務局和上述廳局垂直管理的地縣機關、直屬事業單位及所屬單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其它工作。
【派出審計六處職責】
根據自治區審計工作會議確定的計畫，負責審計自治區公安廳、自治區司法廳、自治區工商局、自治區質量技術監督局和上述廳局垂直管理的地縣機關、直屬事業單位及所屬單位的財政財務收支情況；完成審計廳統一組織的專項審計和審計調查以及交辦的其它工作。
直屬單位
【審計廳計算機技術中心】 負責組織協調、管理審計廳及直屬單位信息化建設工作，指導地縣審計機關信息化建設；履行“新疆金審工程”的立項和開工建設程式，並具體組織和協調項目實施工作；研究制定審計信息化建設長遠規劃、年度計畫，並負責組織實施；組織開發和推廣套用審計軟體和管理軟體；為廳機關提供計算機技術服務，配合業務處開展計算機審計和輔助審計業務，管理、維護廳組織的網路系統、網站和計算機設備；配合有關部門組織開展計算機知識、技能培訓和考試。【新疆審計科研所】負責審計科研理論和審計學會學術交流的套用研究，承擔國家審計署及自治區審計廳下達的審計科研和學術研究任務；編輯出版《新疆審計刊物》；組織開展審計專業理論學術交流活動。
【審計廳機關服務中心】
負責廳機關的後勤服務、接待工作；負責辦公樓及住宅樓內消防、水、電、暖、維修、安全、保衛、衛生管理等工作；承擔廳機關綜合治理；負責新審大廈的管理工作。
【新疆審計幹部培訓中心】
根據審計署和審計幹部教育培訓發展規劃和年度幹部培訓計畫，負責組織實施全區審計幹部教育培訓工作。
