內設機構
人秘科
協助局領導組織綜合性政策調研，擬定衛生工作重大政策，負責綜合協調機關政務工作，制訂局機關各項工作制度；負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、行政事務、新聞和宣傳、信息、網站建設和維護、檔案管理、信訪、市直衛生系統社會治安綜合治理及老幹部工作。研究提出全市衛生人力資源開發和衛生人才發展規劃，負責機關及下屬單位編制、人事、勞動、工資管理及幹部任免事項；指導全市衛生事業單位人事制度改革。負責市直衛生系統民兵教育訓練、預備登記和戰時動員。
計畫財務科
研究提出衛生事業發展規劃，指導區域衛生規劃工作，統籌規劃與協調全市衛生資源配置；負責全市專項經費（含省下撥專項）、市級衛生經費的管理和衛生統計工作，擬定衛生財務管理規章並監督實施；研究提出衛生服務價格標準建議，組織擬定全市衛生裝備標準，制訂全市大型醫療設備、市直醫療衛生單位醫用設備配置及管理制度並監督實施，負責政府衛生採購計畫的編制與論證；負責市直醫療衛生單位基本建設管理和內部審計工作，協調監督世行衛生貸款的利用工作。
醫政科
負責全市醫政管理工作；負責醫療機構執業許可審批、註冊登記、醫療服務質量和醫療安全的監督管理；擬定醫療機構的發展規劃和管理辦法，依法監督實施醫療機構和醫務人員的國家技術標準、職業道德和服務規範；研究指導醫療機構改革；協調、監督、指導和管理社會力量辦醫；依法監督全市輸血工作，負責血站、單採血漿站的設定初審和采供血及臨床用血質量的管理；負責全市臨床檢驗管理工作；負責醫療機構藥事管理和醫療事故爭議的調查處理及全市醫療廣告的核准；負責市直機關、事業單位公費醫療管理、監督、指導和列入保健範圍的對象的醫療保健工作；負責組織全市重大活動的醫療保健工作；協助縣（區）鄉（鎮）人民政府和有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。
醫教科技科
研究擬定全市醫學科技發展規劃，確定衛生科技優先發展領域；制定重大疾病研究、套用研究的計畫、政策和措施；組織協調全市醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及和推廣套用工作；負責擬定並實施醫療技術套用、新藥和新醫療器械等醫療服務要素在市內的準入制度，承擔有關科技成果管理的具體工作；研究制定醫學教育發展規劃和衛生技術人員培訓計畫，並組織實施；負責臨床實習教學管理工作。
中醫科
貫徹執行國家中醫工作方針、政策和法規、條例，負責全市中醫醫政工作，制定實施全市中醫、中西醫結合工作的發展規劃、管理辦法、規章，研究指導中醫機構改革；負責中醫、中西醫結合醫療機構的設定審批、執業登記及監督管理，制定全市中醫、中西醫結合科研規劃，承擔中醫、中西醫結合科技成果管理的具體工作；負責實施祖國醫學的繼承、發掘、整理和提高，管理、指導中醫師承工作。
疾病控制與衛生監督科
貫徹執行《中華人民共和國傳染病防治法》，擬定全市傳染病、地方病防治規劃；組織疫情監測，管理疫情公布，實施疫情控制措施；調度全市衛生技術力量對重大疫情、嚴重中毒等突發公共衛生事件緊急處理；組織管理兒童計畫免疫和重點對象的預防接種；組織開展非傳染性慢性病的預防和控制；指導防疫、防病機構的建設和管理，協調醫療預防和社會預防工作。
負責實施國家衛生法律、法規、規章的組織協調工作；組織管理衛生法制宣傳和執法人員培訓與監察工作，對食品衛生、職業衛生、環境衛生、放射衛生、學校衛生、生活飲用水衛生等實施衛生監督，依法對食品、化妝品、保健用品、涉及生活飲用水衛生安全產品、消毒藥械、含放射性物質消費品等健康相關產品實施衛生許可證制度；負責學生常見病的預防與體檢；對大型工程項目進行預防性衛生監督；對有關職業從業人員實施健康許可證制度；組織開展職業病危害監測、評價，綜合管理職業病統計報告工作，提出預防、控制、消除職業危害的對策，組織對職業病診斷爭議進行鑑定；依法查處各類衛生違法案件。
農村衛生科（新型農村合作醫療管理辦公室)
研究擬定農村衛生事業改革與發展規劃的相關政策；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作，研究制定新型農村合作醫療政策，並協調、組織、指導實施；研究、規劃並指導農村衛生服務體系建設；收集、分析農村衛生相關信息，協調指導縣（區）落實國家、省有關農村衛生工作的相關政策；依法指導地方開展鄉村醫生執業註冊與相關管理工作；配合有關科室制訂涉及農村公共衛生、基本醫療和人才培養工作的有關規劃，並協助實施。
婦幼保健與社區衛生科
研究制定全市初級衛生保健發展規劃並組織實施；擬定社區衛生服務的發展規劃和服務標準，並組織實施；制訂全市婦幼衛生、提高出生人口素質工作發展規劃、政策措施和技術標準並組織實施；負責母嬰保健專項技術服務的機構和人員準入，依法監督母嬰保健專項技術服務的實施；組織制定、實施《新余市婦女、兒童發展綱要》中婦幼衛生有關目標，並指導開展保健業務工作；負責全市醫療保健機構計畫生育技術服務管理、審批發證及質量監督；協調有關部門做好優生優育工作，協同做好計畫生育技術服務機構的業務指導和人員的業務培訓工作。
衛生應急辦公室
依法組織協調有關突發公共衛生事件應急處理工作；組織擬訂有關突發公共衛生事件應急處理的政策和措施；組建與完善公共衛生事件監測和預警系統；制定突發公共衛生事件應急預案，組織預案演練；組織對公共衛生和醫療救助專業人員進行有關突發公共衛生事件應急知識和處理技術的培訓；指導縣（區）實施突發公共衛生事件應急預案，幫助和指導傷病救治工作；承辦救災、反恐、中毒、放射事故等重大安全事件中涉及公共衛生問題的組織協調工作；對突發重大人員傷亡事件組織緊急醫療救護工作。
愛國衛生運動委員會辦公室
貫徹實施市委、市政府及上級有關部門關於愛國衛生工作的各項方針、政策，負責對全市愛國衛生工作的規劃協調、督促指導和檢查考核；制訂全市愛國衛生工作中長期規劃、年度工作計畫和日常管理制度，並組織實施；制訂或參與制訂愛國衛生、城市管理規範性檔案，並組織實施或配合有關部門實施；負責涉及愛國衛生工作相關的行政管理工作；協調和督促有關行政執法部門開展對愛國衛生工作的監督執法。統籌協調開展全民健康教育和愛國衛生的宣傳輿論工作；組織開展對城鄉環境綜合整治和民眾性“愛衛”工作、衛生監督、衛生效果的評價工作。組織開展與愛國衛生工作相關的業務知識培訓、調查研究、信息收集、專業指導和有關的科研及對外交流活動。負責農村“改廁”的規劃、指導、檢查和考核，配合做好農村改水工作。負責全市除“四害”工作，組織開展民眾性除“四害”活動並做好執法、檢查、考核、命名工作。負責對創建“衛生城市，鎮、村”成果的鞏固發展工作。
機關黨委
負責局機關和下屬單位的黨群工作。
紀檢組（監察室）
為市紀委（市監察局）的派駐機構。
主要職責
（一）貫徹執行黨和國家衛生工作的方針政策、法律、法規和技術標準，擬定全市衛生事業發展規劃和工作計畫，擬訂全市衛生改革和發展的戰略目標，制訂全市衛生工作的具體政策，並組織實施和監督檢查。
（二）研究提出區域衛生規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，制訂社區衛生服務發展規劃和服務標準，指導衛生規劃的實施。
（三）研究制訂農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）負責婦女、兒童衛生保健和提高出生人口素質工作，防治嚴重危害婦女、兒童健康的疾病。協同計畫生育部門做好計畫生育技術指導、質量監督及技術人員的培訓工作。
（五）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治；制定全市計畫免疫工作規劃。
（六）研究指導醫療機構改革，擬訂醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範並監督實施；負責醫療機構藥事管理及醫療事故爭議協調處理工作。
（七）負責對社會力量辦醫的機構設定、醫療質量和服務行為進行監督管理和業務指導。
（八）依法監督管理血站、單採血漿站的采供血及臨床用血質量。
（九）研究擬定全市重點醫學科技發展規劃，組織全市重點醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作；負責醫學繼續教育的管理工作；負責社會力量辦醫學的督導。
（十）監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生；組織制訂食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作；組織實施衛生監督和職業衛生監察。
（十一）組織調度全市的衛生技術力量，協助政府和有關部門，對重大突發疫情、病情實施緊急處理，防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
（十二）貫徹中西醫並重的方針，積極發展中醫藥事業，開展中西醫結合工作，負責指導全市中醫醫療、科研工作。
（十三）制訂全市衛生人才發展規劃和衛生人員職業道德規範；組織實施衛生醫療機構編制標準。
（十四）負責衛生外事和涉外活動，組織派遣和管理援外醫療隊工作。
（十五）承擔市地方病防治領導小組的日常工作，組織協調各有關部門開展地方病的綜合防治和科研工作。
（十六）承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
（十七）承辦市政府交辦的其他事項。
人員編制
市衛生局機關行政編制25名；按有關規定，核定機關後勤服務人員事業編制3名。
領導職數：局長1名，副局長4名，紀委書記1名，內設機構正科級職數12名(含監察室主任、市愛國衛生運動委員會辦公室副主任各1名)，副科級職數2名。
機關黨委專職副書記正科級職數1名(已配機關黨委專職書記的，不設專職副書記)。
按有關章程和規定設立的黨的基層組織和工、青、婦等組織負責人實行兼職，不單獨核定領導職數。
其他事項
（一）食品安全監管的職責分工。市衛生局牽頭建立食品安全綜合協調機制，負責食品安全綜合監督。市農業局負責農產品生產環節的監管。市質量技術監督局負責食品生產加工環節的監管。市工商行政管理局負責食品流通環節的監管。市食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管。市衛生局承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任。各部門要密切協同，形成合力，共同做好食品安全監管工作。
（二）食品生產、流通、消費環節許可工作監督管理的職責分工。市衛生局負責提出食品生產、流通環節的衛生規範和條件，納入食品生產、流通許可的條件。市食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節食品衛生許可的監督管理。市質量技術監督局負責食品生產環節許可的監督管理。市工商行政管理局負責食品流通環節許可的監督管理。不再發放食品生產、流通環節的衛生許可證。
（三）職業衛生監管的職責分工。市衛生局負責起草職業衛生地方規範性檔案，規範職業病的預防、保健、檢查和救治，負責職業衛生技術服務機構資質認定和職業衛生評價及化學品毒性鑑定工作。市安全生產監督管理局負責作業場所職業衛生的監督檢查工作，負責職業衛生安全許可證的頒發管理，組織查處職業危害事故和有關違法違規行為。市衛生局、市安全生產監督管理局按照職責分工，建立完善協調機制，加強配合，共同做好相關工作。
(四)市愛國衛生運動委員會辦公室、市地方病防治領導小組、市突發公共衛生事件應急指揮中心等非常設機構的辦事機構設在市衛生局。
