斯特凡十二世·巴托里（也稱新巴托里）生於1555年，卒於1605年。他的父親是喬治六世·巴托里，他的母親是爵格非家的遺孀安娜·巴托里。他的大伯父名叫安德烈·巴托里，擔任大法官、財富總管、特蘭西瓦尼亞總督。他的二伯父名叫米克洛斯，擔任大法官，1574年因馬車傾覆而摔斷雙腿。斯特凡十二世有三個妹妹，分別為伊莉莎白、克羅拉、索菲亞。新巴托里家祖先在艾切德修築了海爾賽堡，世代定居於此。
斯特凡十二世年輕時到處求學，成年後娶了杜蓋特家的芙里琪娜。斯特凡十二世以學識聞名於世，在此人治下，艾切德儼然成了當時的文化之都，人文主義學者和傳教士絡繹不絕。1585年，身為大法官的二伯父去世，斯特凡十二世接替了他，成為了下一任大法官。當時的神羅皇帝兼匈牙利國王魯道夫二世懶政，這導致斯特凡十二世任期長達二十年之久，算上之前他的大伯父、二伯父也是大法官，新巴托里家獨占這一職位長達半個世紀，這是極其罕見的。
1601年，一位同名的親戚斯特凡·巴托里死後，斯特凡十二世收養了他的一雙兒女：加布雷爾·巴托里和安娜·巴托里，還讓他們放棄天主教，皈依加爾文宗。
在1604年年底，斯特凡十二世支持斯特凡·博奇考伊發起叛亂，意圖趁亂大撈一筆。然而他在1605年7月25日就去世了，來不及看到博奇考伊戰勝哈布斯堡家。因為沒有兒子，養子加布雷爾·巴托里繼承了他的家產，他也因此成了博奇考伊麾下最有影響力的領主之一。
