斯特凡·巴托里是喬治·巴托里和安娜·巴托里的兒子,伊莉莎白·巴托里的哥哥。舅舅也叫斯特凡·巴托里,是波蘭國王。妻子是杜蓋特家的芙里琪娜。
1585年被魯道夫二世任命為大法官。在很長的一段時間,尼爾巴托爾都是當時國家最重要的知識中心,人文主義學者和傳教士絡繹不絕。1593年-1596年參與了對土耳其的戰役。在另一位同名的親戚斯特凡·巴托里死後,收養了他的一雙兒女:加布雷爾·巴托里和安娜·巴托里,還讓他們放棄天主教,皈依加爾文宗。
在生命的最後一刻,斯特凡支持博奇考伊發起叛亂。斯特凡最終於1605年7月25日去世。因為沒有兒子,養子加布雷爾·巴托里繼承了他的家產。