劇情簡介
數碼寶貝02 海報在《數碼寶貝》冒險的3年後，數碼世界又隨即開始出現新的危機，一位自稱暴龍改造者的少年利用黑暗螺鏇環和黑暗塔企圖控制數碼寶貝，占領數碼寶貝世界。
新一代被選中的孩子本宮大輔、井上京和火田伊織，一乘寺賢。與新出現的敵人亞基利獸和她的夥伴木乃伊獸戰鬥。當戰鬥被帶入現實世界，真正的策劃者——及川悠紀夫出現。
故事的最後，全世界的被選中的孩子全部幫忙，打敗了最後的敵人貝利亞吸血魔獸。和平恢復後，數碼世界和現實世界被聯繫起來，每個人都擁有了自己的數碼寶貝。
角色介紹
 本宮大輔 | 名字： 本宮大輔 英文名：Motomiya Daisuke 配音演員：木內玲子（日本）、盧素娟（香港）、曾佩儀（香港VCD）、王瑞芹（台灣） 擅長：英語、足球 學校：御台場國小 年級：五年級（TV版） 、六年級（劇場版4） 暴龍機顏色：藍 裝甲：勇氣、友情 簡介：太一在足球部的後輩，從太一那裡得到了護目鏡，十分崇拜太一，喜歡小光。拍檔是V仔獸。25年後成為一位商人。 |
 井上京 | 名字：井上京 英文名：Inoue Miyako 配音演員：夏樹里歐（日本）、詹雅菁（台灣）陳凱婷（香港）、吳小藝（香港VCD） 擅長：電腦、數碼音律 學校：御台場國小（TV版）、御台場中學（劇場版4） 年級：六年級（TV版）、初一（劇場版4） 暴龍機顏色：紅 裝甲：愛心、純真 簡介：在隊里年齡最大，光子郎在電腦部的後輩，電腦高手，十分崇拜光子郎和美美。拍檔是麻鷹獸。 |
 火田伊織 | 名字：火田伊織 英文名：Hida Iori 配音演員：浦和惠（日本）、曾秀清（香港）、王瑞芹（台灣） 擅長：劍道 學校：御台場國小 年級：三年級（TV版） 、四年級（劇場版4） 暴龍機顏色：黃 裝甲：知識、誠實 簡介：隊伍中年紀最小的一位，和阿京及阿岳住在同一公寓。拍檔是穿山獸。25年後成為一名專門為罪犯辯護的律師。 |
 一乘寺賢 | 名字：一乘寺賢 英文名：Ichijouji Ken 配音演員：朴璐美（日本）、林丹鳳（香港）、于正昇（台灣） 年級：五年級（TV版） 、六年級（劇場版4） 學校：田町國小 擅長：電腦、足球 暴龍機顏色：黑 徽章：溫柔 簡介：曾經是暴龍改造者，後大輔被打敗，變回原來溫柔的一面。拍檔是蟲蟲獸。 |
 高石武 | 名字： 高石岳 英文名：Takaishi Takeru 配音演員：山本泰輔（日本）、袁淑珍（香港）、魏晶琦（台灣） 擅長：籃球、寫作 學校：御台場國小 年級：五年級（TV版） 、六年級（劇場版4） 暴龍機顏色：綠 裝甲/徽章：希望 簡介：石田大和的弟弟，與小光同為3年前數碼世界冒險的經驗者。五年級從河田國小轉校到御台場。拍檔是巴達獸。 |
 八神嘉兒 | 名字： 八神光 英文名：Yagami Hikari 配音演員：荒木香惠（日本）、林元春（香港）、楊凱凱（台灣） 擅長：攝影、舞蹈 學校：御台場國小 年級：五年級（TV版） 、六年級（劇場版4） 暴龍機顏色：粉紅 裝甲/徽章：光明 簡介：八神太一的妹妹，與阿岳同為3年前數碼世界冒險的經驗者。拍檔是迪路獸。 |
參考資料
參考資料
主創人員
角色配音
| 數碼寶貝 | 日本 | 台灣 | 香港 | 其他 |
| V仔獸 | 野田順子 | 詹雅菁 | 沈小蘭 | |
| 麻鷹獸 | 遠近孝一 | 魏伯勤 | 雷霆 | |
| 穿山獸 | 浦和惠 | 於正昇 | 黃鳳英 | |
| 巴達獸 | 松本美和 | 楊凱凱 | 雷碧娜 | |
| 迪路獸 | 德光由香 | 魏晶琦 | 梁少霞 | |
| 蟲蟲獸 | 高橋直純 | 魏晶琦 魏伯勤（飛蟲獸以後） | 黃麗芳 | 劉昭文(VCD) |
註：參考資料
職員表
| 出品人 | 川上大輔、木村京太郎、關弘美 |
| 製作人 | 富士電視台、讀賣廣告社、東映動畫 |
| 原著 | 本鄉昭由 |
| 導演 | 角銅博之 |
| 編劇 | 前川淳、吉村元希 |
| 配樂 | 有澤孝紀 |
| 藝術指導 | 信実節子 |
| 美術設計 | 飯島由樹子 |
| 造型設計 | 中鶴勝祥 |
參考資料
各話製作
| 話數 | 日文標題 | 中文翻譯 | 腳本 | 演出 | 作畫監督 | 美術 | 日本放送日（） | 美國放送日 | 收錄DVD&VHS |
| 1 | 勇気を受け継ぐ者 | 勇氣的繼承者 | 前川淳 | 角銅博之 | 八島善孝 | 飯島由樹子 | 2000年4月2日 | 2000年8月19日 | VOL.1 |
| 2 | デジタルゲートオープン | 開啟數碼世界的大門！ | 梅澤淳稔 | 清山滋崇 | 清水哲弘 | 4月9日 | |||
| 3 | デジメンタルアップ | 數碼裝甲 進化 | 吉村元希 | 吉沢孝男 | 信実節子 | 飯島由樹子 | 4月16日 | 8月26日 | |
| 4 | 闇の王デジモンカイザー | 黑暗之王，暴龍統治者 | まさきひろ | 川田武范 | 出口としお | 清水哲弘 | 4月23日 | ||
| 5 | ダークタワーを倒せ | 摧毀黑暗之塔 | 吉田玲子 | 芝田浩樹 | 伊藤智子 | 飯島由樹子 | 4月30日 | 9月2日 | VOL.2 |
| 6 | 危険なピクニック | 危險的野餐 | 浦沢義雄 | 今村隆寛 | 海老沢幸男 | 5月7日 | |||
| 7 | ヒカリノキオク | 小光的記憶 | 前川淳 | 角銅博之 | 竹田欣弘 | 清水哲弘 | 5月14日 | 9月9日 | |
| 8 | デジモンカイザーの孤獨 | 暴龍統治者的孤獨 | 西園悟 | 梅澤淳稔 | 八島善孝 | 飯島由樹子 | 5月21日 | 9月16日 | |
| 9 | イービルリング魔力の暴走 | 邪惡環魔力狂飆 | 吉村元希 | 吉沢孝男 | 信実節子 | 清水哲弘 | 5月28日 | 9月23日 | VOL.3 |
| 10 | 敵はメタルグレイモン! | 敵人是機械暴龍獸！ | まさきひろ | 川田武范 | 清山滋崇 | 飯島由樹子 | 6月4日 | 9月30日 | |
| 11 | 青い稲妻ライドラモン | 藍色閃電，雷龍獸 | 吉村元希 | 芝田浩樹 | 出口としお | 清水哲弘 | 6月11日 | 10月7日 | |
| 12 | デジモン牧場の決闘 | 數碼寶貝牧場的決鬥 | 浦沢義雄 | 今村隆寛 | 伊藤智子 | 飯島由樹子 | 6月18日 | 10月14日 | |
| 13 | ダゴモンの呼び聲 | 達高獸的呼喚 | 小中千昭 | 角銅博之 | 海老沢幸男 | 清水哲弘 | 6月25日 | 10月21日 | VOL.4 |
| 14 | 疾風（かぜ）のシュリモン | 疾風忍者獸 | 吉村元希 | 梅澤淳稔 | 竹田欣弘 | 飯島由樹子 | 7月2日 | 10月28日 | |
| 15 | シュリモン武芸帳 | 忍者獸的武功秘籍 | 前川淳 | 吉沢孝男 | 八島善孝 | 清水哲弘 | 7月16日 | 11月4日 | |
| 16 | サブマリモン海底からの脫出 | 潛鯊獸逃出海底 | まさきひろ | 川田武范 | 信実節子 | 飯島由樹子 | 7月23日 | ||
| 17 | お台場メモリアル | 御台場紀念日 | 吉村元希 | 芝田浩樹 | 出口としお | 清水哲弘 | 7月30日 | 11月11日 | VOL.5 |
| 18 | カイザーの基地を追え! | 追擊暴龍統治者的基地！ | 前川淳 | 今村隆寛 | 清山滋崇 | 飯島由樹子 | 8月6日 | ||
| 19 | 合成魔獣キメラモン | 合成魔獸，基米拉獸 | まさきひろ | 角銅博之 | 伊藤智子 | 清水哲弘 | 8月13日 | 11月18日 | |
| 20 | 超絕進化! 黃金のマグナモン | 超絕進化，金甲龍獸！ | 吉田玲子 | 梅澤淳稔 | 海老沢幸男 | 飯島由樹子 | 8月20日 | ||
| 21 | サヨナラ、賢ちゃん… | 再見，小賢… | 前川淳 | 吉沢孝男 | 竹田欣弘 | 8月27日 | VOL.6 | ||
| 22 | 豪勇進化! エクスブイモン | 豪勇進化，V仔獸EX！ | 浦沢義雄 | 川田武范 | 八島善孝 | 清水哲弘 | 9月3日 | 12月2日 | |
| 23 | デジヴァイスが闇に染まる時 | 數碼機被黑暗污染之時 | 吉村元希 | 芝田浩樹 | 信実節子 | 飯島由樹子 | 9月10日 | ||
| 24 | 大地の裝甲アンキロモン | 大地裝甲，戰甲獸 | 吉田玲子 | 今村隆寛 | 出口としお | 9月17日 | 12月9日 | ||
| 25 | 大空の騎士アクィラモン | 天空騎士，亞古拉獸 | まさきひろ | 梅澤淳稔 | 清山滋崇 | 清水哲弘 | 9月24日 | VOL.7 | |
| 26 | ジョグレス進化今、心をひとつに | 合體進化，化敵為友 | 吉村元希 | 角銅博之 | 伊藤智子 | 飯島由樹子 | 10月1日 | 2001年2月3日 | |
| 27 | 無敵合體! パイルドラモン | 無敵合體，機甲龍獸 | 前川淳 | 吉沢孝男 | 海老沢幸男 | 清水哲弘 | 10月8日 | ||
| 28 | 昆蟲（バグ）使いの罠!! | 昆蟲使者的陷阱 | まさきひろ | 川田武范 | 竹田欣弘 | 飯島由樹子 | 10月15日 | ||
| 29 | アルケニモン蜘蛛女のミス | 亞基利獸，蜘蛛女王的失誤 | 芝田浩樹 | 八島善孝 | 清水哲弘 | 10月22日 | 2月10日 | VOL.8 | |
| 30 | 暗黒究極體ブラックウォーグレイモン | 黑暗究極體，黑暗戰鬥暴龍獸 | 浦沢義雄 | 今村隆寛 | 直井正博 | 飯島由樹子 | 10月29日 | ||
| 31 | 愛の嵐シルフィーモン | 愛的風暴，人面戰鷹獸 | 吉田玲子 | 梅澤淳稔 | 伊藤智子 | 11月5日 | 2月17日 | ||
| 32 | 謎の遺蹟ホーリーストーン | 神秘遺蹟，聖石傳說 | まさきひろ | 佐々木憲世 | 信実節子 | 清水哲弘 | 11月12日 | ||
| 33 | 今日のミヤコは京の都 | 小京的京都之旅 | 吉村元希 | 角銅博之 | 出口としお | 飯島由樹子 | 11月19日 | 2月24日 | VOL.9 |
| 34 | ホーリーポイントを守れ | 聖石保衛戰 | 吉田玲子 | 川田武范 | 清山滋崇 | 清水哲弘 | 11月26日 | ||
| 35 | 爆進! ブラックウォーグレイモン | 乘勝追擊，黑暗戰鬥暴龍獸！ | 前川淳 | 吉沢孝男 | 海老沢幸男 | 飯島由樹子 | 12月3日 | 3月3日 | |
| 36 | 鋼の天使シャッコウモン | 鋼鐵天使，古神獸 | 浦沢義雄 | 芝田浩樹 | 竹田欣弘 | 12月10日 | 3月10日 | ||
| 37 | 巨大究極體チンロンモン | 巨大究極體，青龍獸 | 吉村元希 | 梅澤淳稔 | 八島善孝 | 清水哲弘 | 12月17日 | 3月17日 | VOL.10 |
| 38 | ホーリーナイトデジモン大集合! | 平安夜，數碼寶貝大集合！ | 佐々木憲世 | 直井正博 | 飯島由樹子 | 12月24日 | 3月24日 | ||
| 39 | 全員出動! インペリアルドラモン | 全體出動，帝皇龍甲獸！ | 前川淳 | 角銅博之 | 出口としお | 3月31日 | |||
| 40 | ニューヨーク香港大混戦! | 紐約、香港大混戰！ | まさきひろ | 吉沢孝男 | 伊藤智子 | 清水哲弘 | 2001年1月14日 | 4月7日 | |
| 41 | サンゴとベルサイユ大亂戦! | 大堡礁與凡爾賽大亂戰！ | 浦沢義雄 | 川田武范 | 信実節子 | 飯島由樹子 | 1月21日 | 4月14日 | VOL.11 |
| 42 | 戀とボルシチ大激戦! | 戀愛與羅宋湯大激戰！ | 吉田玲子 | 芝田浩樹 | 清山滋崇 | 清水哲弘 | 1月28日 | 4月21日 | |
| 43 | デーモン軍団の襲來 | 究極魔獸軍團襲來 | 吉村元希 | 梅澤淳稔 | 竹田欣弘 | 飯島由樹子 | 2月4日 | 4月28日 | |
| 44 | 暗黒デジモンとの死闘 | 與黑暗數碼寶貝的決戰 | まさきひろ | 佐々木憲世 | 海老沢幸男 | 清水哲弘 | 2月11日 | ||
| 45 | 暗黒のゲート | 黑暗之門 | 前川淳 | 角銅博之 | 八島善孝 | 飯島由樹子 | 2月18日 | 5月5日 | |
| 46 | ブラックウォーグレイモンVSウォーグレイモン | 黑暗戰鬥暴龍獸對戰鬥暴龍獸 | まさきひろ | 吉沢孝男 | 直井正博 | 清水哲弘 | 2月25日 | VOL.12 | |
| 47 | ブラックウォーグレイモンの封印 | 黑暗戰鬥暴龍獸的封印 | 吉村元希 | 川田武范 | 伊藤智子 | 飯島由樹子 | 3月4日 | 5月12日 | |
| 48 | 恐怖! ベリアルヴァンデモン | 恐怖，邪惡吸血魔獸！ | まさきひろ | 芝田浩樹 | 出口としお | 清水哲弘 | 3月11日 | ||
| 49 | 最後のアーマー進化 | 最後一次裝甲進化 | 前川淳 | 梅澤淳稔 | 竹田欣弘 | 飯島由樹子 | 3月18日 | 5月19日 | |
| 50 | ぼくらのデジタルワールド | 我們的數碼世界 | 吉村元希 | 角銅博之 | 信実節子 | 3月25日 |
註：參考資料
分集劇情
第1集 勇氣繼承人太一等人的冒險已經過去三年了——高石武搬到了御台場，在他上國小五年級的第一天的途中分別遇到井上京、火田伊織、本宮大輔，還有昔日並肩戰鬥的同伴——八神光。太一突然收到亞古獸發來的緊急信號，然後他進入了數碼世界，但卻無法使亞古獸進化，眾人被迫躲到山洞裡，在那裡他們發現了一個有勇氣徽章圖樣的東西。太一觸碰它之後，三道光射出，原來分別是大輔、小京和伊織的新型暴龍機。大輔於是進入數碼世界，並輕易舉起太一用盡力氣也拔不出的“數碼裝甲”，大輔的搭檔V仔獸也同時誕生了。V仔獸讓大輔叫“裝甲計畫！”使自己裝甲進化成烈焰獸，打碎了角龍獸身上的黑色魔輪，使其恢複本性。戰鬥結束後，太一將自己的風鏡送給了大輔。
第2集 開啟數碼世界大門小京和伊織決定第二天去數碼世界。當天晚上，太一等人商量和大家去數碼世界，但美美去了美國，阿和與阿丈都沒空。第二天，大家一起進入了數碼世界，不久就遭到操縱著邪惡環的暴龍改造者的襲擊。大輔與V仔獸均被捉去。大家來到一座山上的建築物里，發現了愛心和知識裝甲。素娜和光子郎拔不起來，便引導小京和伊織去拔。裝甲成功被拿起，小京的搭檔麻鷹獸以及伊織的拍檔穿山獸誕生，分別用愛心和知識裝甲進化成鐵鷹獸和鋼鑽獸，救出了大輔並成功將被操縱的數碼暴龍們的邪惡環打碎。
第3集 裝甲進化小京帶來零食，除迪路獸外的四隻數碼寶貝都對其反應強烈。大家在等伊織的時候看電視，看到無論智力和體能都非常優秀的天才少年一乘寺賢。伊織來到後，大家準備進入數碼世界。在數碼世界裡，暴龍改造者又用邪惡環控制同種數碼暴龍，讓它們打鬥以此來取樂。突然，他的黑暗暴龍機有了反應，便騎著巨龍獸去攻擊大輔他們。在戰鬥中，暴龍改造者以多打少，集中進攻不能進化的巴達獸和迪路獸的戰術占上風。於是伊織和阿武、嘉兒去找數碼裝甲。他們找到以後，阿武和嘉兒的暴龍機自動升級成為新型暴龍機，並拿起希望和光明的裝甲。巴達獸和迪路獸分別裝甲進化成天馬獸和尼菲迪獸，合力將所有巨龍獸的邪惡環打碎。
第4集 黑暗之王，暴龍改造者加布獸所在的區域也受到了邪惡環的影響，結果它被抓住關了起來。正打算逃跑，卻被發現而被紅鼻屎獸痛打，跌下山後加布獸發出求救信號。阿和等人接到信號後立即去數碼世界，打算救回被捉的其它數碼暴龍。途中大輔多次想戰鬥都被大家阻止，後來因為說自己姐姐討厭而被大家批評，搞得大輔很沒有信心。V仔獸為了使大輔重新振作精神，決定於紅鼻屎獸戰鬥，因為不敵而被它痛打。戰鬥中暴龍改造者建造的黑暗塔被紅鼻屎獸不小心打裂，加布獸立即進化成加魯魯獸。大家於是打倒黑暗塔，控制紅鼻屎獸的邪惡環就失效了。大家明確了目的——打倒黑暗塔，解放被封印的區域。
第5集 打倒黑暗之塔暴龍改造者用暴利逼迫哥瑪獸所在區域的基剎獸為它建造黑暗之塔，哥瑪獸阻止卻被圍攻。於是它發出求救信號。因為伊織要練習劍道不能去數碼世界，阿丈和其他人準備去數碼世界營救哥瑪獸。伊織由於練習時不專心被爺爺發現，並最終得到請假。當他趕到時，穿山獸非常不高興。大家造了雪橇準備去破壞黑暗塔，卻被雪人獸攔截，伊織掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顧他，其他人去破壞黑暗之塔。暴龍改造者派貝殼獸和龍蝦獸攻擊伊織和阿丈，就在危機關頭，大輔等人破壞了黑暗之塔，哥瑪獸進化成海獅獸終於打敗了敵人。
第6集 危險的野餐今天是黃金假期，大家決定去數碼世界遠足。正要出發時剛從美國回來的美美進來了。於是大家約美美一起去。野餐時麻鷹獸因為追被穿山獸丟得很遠的壽司而和小京與大家失散了。美美去找小京，卻掉進了暴龍改造者的領地，被小京和麻鷹獸叫醒。突然，她們被邪惡環控制的怪蛙獸和蝌蚪獸追趕，幸虧被巴魯獸出現及時救了她們。正當好朋友相聚的感人時刻，美美說出來數碼暴龍世界的目的是為了遠足而不是來看巴魯獸時，巴魯獸很不高興。此時暴龍改造者派出蟑螂獸兄弟攻擊她們，美美利用蟑螂獸的攻擊打裂了黑暗塔，巴魯獸進化成仙人掌獸，與鐵鷹獸一起打倒了黑暗塔。
第7集 嘉兒的記憶大家破壞了一座座黑暗塔。這天，大家來到守衛獸的地域，開始由於體力不足被迫撤退。但是一隻守衛獸在嘉兒進入之前打爛了電視，嘉兒被迫留在數碼世界。大輔與阿武決定返回數碼世界救小光。巴達獸在結界外進化成天使獸，但進去後又退化了。大輔很嫉妒，硬要V仔獸進化成什麼“超級天使獸”。當他們發現小光時，被邪惡環控制的安杜路獸出現。即使鐵鷹獸和鋼鑽獸增援都不敵它。後來，安杜路獸先後認出大輔帶著的風鏡、太一以及嘉兒，以前的記憶使邪惡環的力量消失。大家回去後，見到光子郎，得知新型暴龍機名叫D-3裝甲暴龍機。
第8集 暴龍改造者的孤獨大輔的足球隊要與天才少年一乘寺賢的足球隊比賽。上半場一乘寺賢沒有來，大輔攻進一球，以1：0領先。下半場一乘寺賢出場，以超乎尋常的能力攻進9球，但最後一球被大輔奮力鏟下，但鏟傷了一乘寺賢的右腳。大家到了數碼世界後，除大輔外所有人突然神秘消失，暴龍改造者用大輔的同伴威脅大輔，讓他下跪並讓V仔獸踩他的頭。後來阿武他們趕到，原來那些人質是假冒的。大輔非常氣憤，便單獨衝上去將暴龍改造者打了下來。突然大輔注意到暴龍改造者的右腳有傷，暴龍改造者終於亮出底牌——他就是一乘寺賢。
第9集 邪惡環魔力狂飆一乘寺賢看到自己接受採訪的錄象，覺得很討厭。於是他決定一直留在數碼世界研究。大輔他們找到一乘寺賢家的地址，卻發現他已失蹤，於是立即去數碼世界。他們遇到火焰獸，很辛苦終於打敗了它們。但是暴龍改造者將邪惡環帶在太一的暴龍獸上，並使它進行了黑暗進化！可怕的喪屍暴龍獸出現，它以壓倒性力量打倒所有數碼寶貝。最後喪屍暴龍獸因能量殆盡而退化成亞古獸，又被暴龍改造者帶走了，太一此時心急如焚。
第10集 敵人是機械暴龍獸大家來到電腦教室，小京因為恐懼被大家勸留在電腦室。同時，暴龍改造者不斷讓暴龍獸黑暗進化成喪屍暴龍獸，來檢測邪惡環的缺點。大家打敗朽木獸後得知暴龍改造者的位置。同時，暴龍改造者終於發現邪惡環的缺點，進而研製出邪惡螺鏇環，此時卻發現亞古獸已被他的搭檔蟲蟲獸放走。太一等人遇到亞古獸，但在即將離開時又被暴龍改造者攻擊。暴龍改造者又將邪惡螺鏇環套在亞古獸身上，將其進化成全身充滿病毒的藍色的機械暴龍獸。太一由於不願亞古獸受傷而阻止大家攻擊錯失良機，機械暴龍獸以其強大的攻擊力打倒了數碼暴龍們，此後被暴龍改造者帶走。
第11集 藍色閃電，雷龍獸大家繼續前進追趕暴龍改造者，太一讓大家要盡全力攻擊機械暴龍獸。大輔不解，太一告訴他打架可以增進友情，他就更不解了。他們發現友情的裝甲，於是嘗試拔起來，沒有人成功。突然黃蜂獸攻擊他們，而且捉走巴達獸。暴龍改造者出現並想將邪惡螺鏇環套在巴達獸身上，幸好加魯魯獸出現，救下巴達獸。眾人便向機械暴龍獸展開攻擊，只有大輔始終不敢攻擊，烈焰獸被迫退化。最後，大輔覺醒，使友情裝甲自動飛到大輔手裡。V仔獸裝甲進化成雷龍獸，與大輔並肩作戰，終於將機械暴龍獸的邪惡螺鏇環打碎，亞古獸又回到了太一身邊。
第12集 數碼寶貝牧場的決鬥巴多拉獸被飛龍獸追擊，發出求救信號，小空收到求救信號後立即用電子郵件通知其他人。但阿武和巴達獸在睡覺，而小光和迪路獸去海邊散步，兩個人都沒有收到。於是素娜與其他人一起去數碼世界。他們在西部鎮遇到自稱正義守護者的五角星獸，後來卻發現它其實戴了邪惡環。所有人都被它捉住，他們發現比丘獸也被捉住了。趁五角星獸出去時，也自稱正義使者的左輪獸出現，但被大家懷疑也戴了邪惡環。證實了它沒被戴邪惡環後，大家向它求救，素娜和小京被救出後被迫和左輪獸玩牌，五角星獸回來後決定與左輪獸決鬥。穿山獸吃了它的便當回復體力裝甲進化後衝出了牢房。最後烈焰獸打敗了五角星獸，發現並打倒了黑暗塔。正當眾人即將離去時，五角星獸和左輪獸卻強迫大家留下來一起打撲克牌。
第13集 達高獸的呼喚嘉兒在上課時突然感到置身於大海。阿武發現嘉兒正在消失，大喊她，老師讓嘉兒去保健室。細心的阿武下課後發現嘉兒不在保健室，就去找她，找到後因為她太依賴哥哥很生氣而斥責。迪路獸發現嘉兒在過馬路時突然消失，大輔以為她在數碼世界，不停嘗試打開大門，阿武則根據嘉兒之前說的話去海邊找她。與此同時，嘉兒在一個奇怪世界的山洞裡發現了被邪惡螺鏇環控制的奇蛙獸，突然飛龍獸襲擊……運用希望的力量，阿武終於來到那個世界，打倒了隱藏在燈塔中的黑暗之塔，發出的光使迪路獸超進化成天女獸，打敗飛龍獸並解放了奇蛙獸，然而它們不是真的奇蛙獸，它們想讓嘉兒幫它們生養後代。天女獸出手攻擊，使它們知難而退。
第14集 疾風，忍者獸光子郎正在電腦室思索嘉兒的事，突然發現美國的數碼大門打開了，於是立即通知美美。大輔他們來到蛋蛋獸餐廳吃飯，卻沒有美金支付。老闆蛋蛋獸要他們用勞力代替。阿武想起它就是三年前逼哥哥與阿丈工作的蛋蛋獸。這時美美和一個叫麥克的美國被選中的孩子來到付帳。蛋蛋獸說自己已經改邪歸正，除小京外所有人都相信它。突然金剛獸來攻擊他們，蛋蛋獸奮力擋住攻擊，彈出很遠。麥克的搭檔比特獸進化成海龍獸和仙人掌獸弄掉金剛獸身上的邪惡螺鏇環。突然蛋蛋獸掉下來，並攻擊大家。美美堅信它是被控制的，使小京終於忍不住說出自己原來就懷疑蛋蛋獸。此時純真裝甲突然出現，麻鷹獸裝甲進化成忍者獸，終於發現並打碎了蛋蛋獸身上的邪惡螺鏇環。
第15集 忍者獸的武功秘籍大家從電腦上發現暴龍改造者的地域越來越大，於是立即進入數碼世界。在怪蛙皇的城堡區域，大家被受到控制的花拉獸和蘑菇獸攻擊，忍者獸更是遇到強敵伊賀獸。後來伊賀獸往怪蛙皇身上套邪惡螺鏇環，並向忍者獸下挑戰書。大家利用怪蛙皇的攻擊打碎黑暗之塔，然後將其打睡過去。忍者獸戰勝清醒了的忍者豆豆獸，回來商量對策。大輔提議將套有邪惡螺鏇環的鞭子砍掉，遭到譴責。最後大家一起攻擊，終於將邪惡環打碎。但是，暴龍改造者卻毫不關心。
第16集 潛鯊獸，逃出海底大家由於發現裝甲而進入海底卻被受到控制的超海龍獸而被困在海底。由於空氣有限，大家讓伊織坐緊急脫出小艇去叫阿丈來救他們。伊織碰到爺爺，因為不想說出出去的原因，爺爺就教育他不要說謊。阿丈在考試，伊織被迫說謊讓阿丈出來，自己的良心受到譴責。到了數碼世界，大家讓伊織拿起剛找到的裝甲，伊織不肯。在阿丈的鼓勵下，伊織最終拿起裝甲，讓穿山獸裝甲進化成潛鯊獸，與海獅獸一起打碎了超海龍獸的邪惡螺鏇環。伊織終於懂得了善意的謊言是對的這個道理。事情結束後，潛鯊獸帶伊織參觀了海底。
第17集 御台場紀念日今天是八月一日，是阿武等人第一次去數碼世界的日子，新舊被選中的孩子們聚在一起紀念這個難忘的日子。在電視台，在剪輯錄象帶時經常發現黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃飯，聽到他爸爸說起這件事。第二天，電視台工作人員依然發現同樣的情況，並且不斷有人叫迪路獸的名字，同時光子郎發現只要有D3暴龍機，任何一台上網的電腦都可以打開數碼世界大門。八月三日，大家來到電視台前，迪路獸突然感覺到一些東西，於是大家進入電視台。黑影終於現身，他就是三年前的今天為保護迪路獸和小光而犧牲的巫師獸的靈魂。他留下了“發出善良的黃金光輝”的信息以後，就離開了。
第18集 追擊暴龍改造者的基地光子郎和伊織發現暴龍改造者的基地，大家決定讓太一等人幫助，並利用一起去郊遊的假象掩護下一舉打倒暴龍改造者。小京因為非常緊張，到了數碼世界以後神經非常興奮，暴龍改造者的基地從原來的位置消失了。小京下去偵察時不小心被蜘蛛獸襲擊，麻鷹獸為救她而受傷。小京非常後悔，於是嘉兒留下來陪她照顧麻鷹獸，其他人去找暴龍改造者基地。晚上，當麻鷹獸的傷好了以後，嘉兒和小京發現了正在天上的暴龍改造者的移動基地。
第19集 合成魔獸，基米拉獸阿武和伊織一大早去偵察暴龍改造者的基地。暴龍改造者親自到黑暗漩渦里取出黑暗係數碼暴龍的數據。阿武和伊織在基地里看到漩渦里的惡魔獸，使阿武想到三年前天使獸用生命封印惡魔獸的事，決定與暴龍改造者決戰。暴龍改造者在取數據時，惡魔獸對他說他不能控制強大的黑暗力量。他取完數據後完成他的原創數碼暴龍——合成型的基米拉獸。基米拉獸可以說是全能的數碼暴龍，嘉兒她們不是對手。阿武恥笑了暴龍改造者後與他爭執起來，在發現基米拉獸後乘天馬獸與大家一起撤退。
第20集 超絕進化，黃金的金甲龍獸基米拉獸到處破壞，暴龍改造者的基地就跟在後面。大輔他們利用火焰的掩護進入基地，準備破壞動力室。暴龍改造者叫基米拉獸回來攻擊大輔他們。它強大的攻擊力即使避過攻擊仍然會被氣浪彈開。很快，數碼暴龍們都退化了，而且大輔、小京、伊織的數碼暴龍都退化成了幼年期。暴龍改造者十分驚奇，命令基米拉獸停止攻擊。大家趁機去了動力室，暴龍改造者又叫基米拉獸攻擊，它卻沒有聽從而離開了。蟲蟲獸為了使一乘寺賢恢復善良，帶大輔進入了動力室。原來動力室是由奇蹟裝甲提供動力的。它的光輝不但使豆丁獸立即進化成V仔獸，而且自動落到大輔手裡，此時V仔獸裝甲進化成金甲龍獸，放出奇蹟的光輝。
第21集 再見，小賢聖騎士型的金甲龍獸出現，使基米拉獸察覺並返回。兩獸展開激烈的對決，蟲蟲獸則不停地勸暴龍改造者變回善良的小賢。後來，金甲龍獸由於能量消耗過多，全身無力。蟲蟲獸在盡最後一次努力勸暴龍改造者後，用自己的生命力注入金甲龍獸，終於消滅了基米拉獸。當暴龍改造者明白數碼暴龍都是有生命的時候，才知道自己是錯誤的，變回了一乘寺賢。此時，蟲蟲獸已經死去，這使一乘寺賢非常傷心。大家回來時，他的姐姐來到營地，於是便一起回家了。
第22集 豪勇進化，V仔獸EX大輔與阿武打籃球，小光為阿武加油，而大輔卻頻頻出洋相，巴達獸則與迪路獸一起跳舞。大家來到數碼世界開始重建數碼寶貝世界，大輔希望和嘉兒感情更好些，而V仔獸則希望和迪路獸感情更好些，於是大輔要求V仔獸進化成成熟期。他讓鼻涕獸與紅鼻屎獸們扮成敵人，希望V仔獸能為了救他而進化，但是弄巧成拙。後來他們遇到多達獸，被它追擊。就在千鈞一髮之際，V仔獸終於進化成V仔獸EX，打敗了多達獸。
第23集 D-3被黑暗污染之時一乘寺賢躺在床上想以前的事，原來他以前有個哥哥叫一乘寺智，他非常聰明。有一次，神聖計畫突然來到他家，哥哥就把它放在一邊。小賢因為好奇而拿出來，進入了數碼世界。回來後，哥哥很生氣，勒令他以後不準拿。哥哥死後，小賢收到電子郵件，叫他不要為哥哥而自責，還叫他再次拿那個神聖計畫。他來到了黑暗海邊，黑暗的海水使神聖計畫變成黑暗D-3暴龍機。想到這裡，小賢醒來，併到了數碼世界的初始城市，被幼年數碼寶貝責罵，觸動了自己善良的心。善良徽章發光，一個數碼蛋也有回響。小賢走過去抱住那個蛋，蟲蟲獸的幼年期——綠葉獸誕生了。
第24集 大地裝甲，戰甲獸伊織一直無法原諒一乘寺賢以前的所作所為，此時的小賢因為父母非常高興而硬吃了很多飯。晚上，一個神秘的女子突然出現在小賢的房間裡……第二天，在數碼世界當V仔獸和巴達獸試圖進化時都失敗了，阿武懷疑是黑暗之塔的功能再次啟動。突然伊織被身上無邪惡環和邪惡螺鏇環的閃電球獸襲擊，穿山獸適時進化成了戰甲獸，大家覺得非常奇怪。後來，一隻神秘的數碼暴龍出現救下伊織並幹掉了閃電球獸，原來他是由蟲蟲獸進化而來的。伊織通過這件事發現了一些東西。
第25集 天空騎士，亞古拉獸在伊織危險時拯救他的謎之數碼暴龍就是蟲蟲獸進化而成的飛蟲獸。大輔相信小賢已經改過自身，努力地要令小賢成為同伴，但是小京等同伴的反應則很冷淡。大家內心的某處都仍然不太相信小賢。就在那時，在數碼世界的美美傳來了求救信號。突然出現的高力獸正開始要破壞水壩。為了阻止高力獸，小京他們立即出動前往數碼世界。但是高力獸對小京他們零星的攻擊無所畏懼。為了守護下游的鎮一定要認真地攻擊……就像小賢要消滅閃電球獸那樣！不能打倒高力獸，也就不能守護水霸，小京為此十分苦惱。小賢的到來使她終於領悟，麻鷹獸也進化成亞古拉獸，在大家合力下，終於打倒了高力獸。
第26集 合體進化，現在、兩心合一被小賢消滅的數碼寶貝原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望一力承擔自己的罪孽……孩子們繼續重建數碼世界的工作，但對於逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。但是那些追擊他們的數碼暴龍……新的危機正向數碼世界迫近。原來暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發生大爆炸！為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發E-Mail叫小賢來，但是卻沒有回音。雖然伊織他們仍不能信任小賢，但大輔仍然繼續等待小賢。最後他終於趕到，然後兩個人的心互相重疊，奇蹟的進化就發生了，V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成了完全體的機甲龍獸。
第27集 無敵合體，機甲龍獸V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成機甲龍獸，力量比大古加獸還強，令大家覺得不可思議。大家進入暴龍改造者的基地，將善良徽章插進動力室。動力室雖然停止運作，但是爆炸卻仍未停止。小賢發現管道，於是順著管道找。他們發現了動力室能量的來源，阿武和嘉兒感到有黑暗力量。原來那裡是黑暗世界的入口，而且那裡馬上就要爆炸了。就在最危急的時刻，機甲龍獸打敗了大古加獸，並擊毀了來源。回去以後的第二天，光子郎與他們討論了合體進化的事，並確立了敵人——神秘女子。
第28集 昆蟲使者的陷阱神秘女子看了被一部電視機錄下的大輔他們的對話片段，非常生氣。決定認真對待被選中的孩子。她發電子郵件給他們，叫他們到一間巨大的房子去。那一間大房子裡所有的東西都是正常的30倍大。大輔、伊織和小賢作為先頭部隊被蟑螂獸與古尼獸襲擊，而阿武、嘉兒和小京也被黃蜂獸和螳螂獸襲擊，被迫躲進大屋。而且那些數碼暴龍身上都沒有邪惡環和邪惡螺鏇環，也沒有證據證明它們是由黑暗塔變成的。當大輔等三人找到神秘女子時，飛蟲獸和鋼鑽獸居然被控制。伊織終於明白，神秘女子吹的笛子能夠控制昆蟲型數碼暴龍。突然他們掉了下去，粘在蜘蛛網上，蜘蛛獸正朝他們走去。
第29集 亞基利獸，蜘蛛女王的失誤伊織向小京和阿武他們求救，但他們都脫不了身。最後他們利用空調將蜘蛛網弄破。但是飛蟲獸和鋼鑽獸依然受到控制，他們被困在抽屜里。伊織想到用聲音來干擾笛聲，由小京來擔當重任。善於玩弄電腦的小京在嘉兒的幫助下，終於成功干擾了笛聲，所有被控制的數碼寶貝恢復正常。但沒想到神秘女子居然露出了原型，它就是亞基利獸！大家設了個陷阱，用胡椒粉、殺蟲水和電線削弱亞基利獸的力量，機甲龍獸終於打敗了她。但是亞基利獸的同黨木乃伊獸突然出現，並救走了它。
第30集 黑暗究極體，黑暗戰鬥暴龍獸亞基利獸越想越生氣，於是想出了一個可怕的計畫：用100座黑暗塔製造出一隻強大的數碼寶貝！大輔與小京想讓伊織和一乘寺賢減少矛盾，於是叫穿山獸和蟲蟲獸一起去破壞黑暗塔。雖然穿山獸和蟲蟲獸的感情好了，但是伊織和小賢識穿了他們的意圖，他們的感情不但沒好，小賢更是離開了。這時，亞基利獸實施了她那可怕的計畫，究極體的黑暗戰鬥暴龍獸誕生了！小京將小賢找回來，但是機甲龍獸的實力也在它之下。最後，它使出很恐怖的絕招，令所有人都暈厥。意外的是，黑暗戰鬥暴龍獸居然不聽亞基利獸的指揮，獨自離開了。
第31集 愛的風暴，人面戰鷹獸黑暗戰鬥暴龍獸在尋找對手戰鬥，亞基利獸則追蹤它。大輔他們來到數碼寶貝世界，迪路獸發現那裡是她丟失神聖環的地方，於是大家便去尋找。小賢突然看到黑暗之海，於是大叫。小光和小京發現了他，三人突然進入奇怪的地方。大輔與V仔獸居然能穿過他們的身體，原來他們所處世界的次元不同。小京他們來到山崖，發現類似神聖環的東西發光，小京與小光為了撿它掉了下去。麻鷹獸不能進化，使小京以為再也上不去而發脾氣。小光打了她一耳光，使她冷靜了下來。上去後，小光和小賢又看見了黑暗海，而且亞基利獸用黑暗之塔造出暴羅剎獸,它十分厲害。小光十分絕望，無法冷靜下來，小京也打了她一耳光，並鼓勵她。兩人心意合一，使亞古拉獸與迪路獸合體進化成希爾芙獸，打敗了暴羅剎獸並回到了原來的世界。
第32集 神秘遺蹟，聖石傳說亞基利獸用200座黑暗塔造了20隻長毛象獸攻擊黑戰鬥暴龍獸，卻不堪一擊，反而使黑暗戰鬥暴龍獸感到非常空虛。在戰鬥中，黑暗戰鬥暴龍獸突然發現一朵花，並奮力保護它。後來卻因為自己有“心”而非常煩惱，於是踩死了那朵花。亞基利獸計畫破壞神聖石，便造出騎士獸去粉碎神聖石。這時，亞古獸和黑戰鬥暴龍獸進行長談，經過一段對話，亞古獸希望成為黑暗戰鬥暴龍獸的朋友，黑暗戰鬥暴龍獸似乎不反對。大輔他們正在保護神聖石，卻不小心被騎士獸砍裂了神聖石。黑戰鬥暴龍獸突然發狂，衝過去打敗騎士獸及大輔他們的數碼暴龍，並粉碎了神聖石。隨著神聖石的破碎，空間發生了嚴重的扭曲。
第33集 小京的京都之旅小京去京都進行畢業旅行。光子郎則和小賢一起討論數碼世界的事，其他人去阻止黑暗戰鬥暴龍獸繼續破壞神聖石。大輔他們到達時，神聖石已經被黑暗戰鬥暴龍獸破壞，空間扭曲使黑暗戰鬥暴龍獸來到京都。小賢收到小京的通知，帶鈍鈍獸去京都，將孫·悟空獸帶回數碼世界，並與大輔他們匯合對抗木乃伊獸。小京遇到小空的父親和阿丈的哥哥阿休，得知了一些關於數碼寶貝世界與京都的聯繫。後來，忍者獸將武士獸送進數碼世界，而黑暗戰鬥暴龍獸和其他數碼寶貝又回到了數碼世界。
第34集 聖石保衛戰黑暗戰鬥暴龍獸又破壞了一塊神聖石，突然出現了一個痛苦掙扎的身影，黑暗戰鬥暴龍獸覺得那隻數碼寶貝就是它要尋找的目標。阿武非常憤怒，使伊織覺得很困惑。第二天，大輔他們先於黑暗戰鬥暴龍獸找到神聖石，但是亞基利獸和木乃伊獸卻來攻擊。天使獸被黑暗戰鬥暴龍獸打敗，突然聖石發光，使天使獸超進化成神聖天使獸，打算用天國之門將黑戰鬥暴龍獸吸走。黑暗戰鬥暴龍獸用蓋亞能量炮一擊打碎神聖石，使神聖天使獸退化，天國之門消失。那個身影又再次出現。
第35集 乘勝追擊，黑暗戰鬥暴龍獸黑暗戰鬥暴龍獸又破壞了一塊神聖石，而且那個身影又出現了。小賢要與大輔他們商量對策，於是打電話和媽媽說去朋友家吃飯，他媽媽非常高興。伊織去向阿和詢問阿武的事，得知了天使獸用生命封印惡魔獸的事。第二天是星期天，甲蟲獸發現第六塊神聖石在海底，就讓嘉兒通知大家。海獅獸找來許多水系的數碼寶貝幫忙，集所有數碼暴龍的攻擊，終於打倒了黑暗戰鬥暴龍獸。但是它又站起來了，並用蓋亞能量炮分開海，露出聖石，這時，伊織擋在神聖石前面求黑暗戰鬥暴龍獸，這使它想起那朵花而不忍心傷害伊織。但最後黑暗戰鬥暴龍獸還是下定決心破壞了聖石。
第36集 鋼鐵天使，古神獸黑戰鬥暴龍獸仍在尋找最後一塊聖石，而亞基利獸和大輔他們先後來到中華街的美食店。由於飛蟲獸還沒到，而亞古拉獸和迪路獸體力又不足，所以不能進行合體進化。幸好老闆蛋蛋獸逃走，亞基利獸它們想知道湯料是什麼而離開了。伊織下定決心改變自己而叫大家吃拉麵補充體力。木乃伊獸發現了湯料所在的池子，在喝了以後突然聖石從池子裡出來了。黑暗戰鬥暴龍獸和大輔他們也同時發現。在前兩對組合合體進化以後，天使獸和戰甲獸也成功合體進化成古神獸，三隻完全體數碼暴龍一起對抗黑暗戰鬥暴龍獸。
第37集 巨大究極體，青龍獸古神獸擁有可以克制黑戰鬥暴龍獸的能力，集三獸之力終於打倒黑暗戰鬥暴龍獸。但是，黑暗戰鬥暴龍獸依靠頑強的意志又站起來了，並且將三獸打倒，準備破壞最後一塊聖石。大輔他們下定決心保護聖石，便用D-3暴龍機對準神聖石，原來被破壞了的神聖石的位置發出光芒集中於此，召喚出青龍獸！黑暗戰鬥暴龍獸已經沒有足夠力量與青龍獸戰鬥，失去生存目標的它悲哀地離開了。青龍獸則向大輔他們講述裝甲進化以及各個徽章的含義等信息。
第38集 平安夜，數碼寶貝大集合大輔他們終於將數碼世界裡所有的黑暗塔破壞了，此時聖誕節快到了，小賢邀請大家到他家玩。伊織也終於原諒了小賢，大家接受了邀請。回到現實世界後，大輔眼前突然閃過黑暗之塔的形狀。第二天，大家將太一等人的數碼暴龍接到現實世界來與太一他們團聚。晚上，大輔等人去小賢家玩，太一等人則去聽阿和唱歌。突然，數碼寶貝出現破壞了現場，而且太一發現了黑暗之塔！大輔他們趕到後，破壞了黑暗之塔並在暴龍獸等的幫助下將所有數碼寶貝送回數碼世界，但是，危機似乎又在逼近。
第39集 全體出動，帝皇龍甲獸數碼寶貝再次出現在現實世界，而且在日本各地都有！大輔聽到小賢住的地方有數碼寶貝出現，便決定單獨去接小賢。三角龍獸出現在那裡，大輔趕到後破壞黑暗之塔並讓機甲龍獸去與三角龍獸戰鬥。然而三角龍獸非常強大，機甲龍獸被打得毫無還手之力。 這時，年輕的玄內出現在眾孩子面前，並拿出青龍獸身上的一顆數碼珠，放出神聖力量，大家都可以進化成完全體，並且機甲龍獸還進化成帝皇龍甲獸，終於將三角龍獸打敗送回數碼世界。接著，帝皇龍甲獸又到了日本各地，在半小時內將日本的所有數碼寶貝都送回數碼世界。全世界的數碼大門都打開了，玄內告訴大家只有D-3暴龍機才能將大門打開，於是11個孩子將分別到6個地方，與全世界被選中的孩子一起將數碼寶貝送回去。
第40集 美國紐約&中國香港大混戰帝皇龍甲獸將大家送到該去的地方後，到指定的地點退化。大輔來到紐約見到玄內的複製人，其他被選中的孩子則將數碼暴龍帶到指定的地方。祖利獸突然發狂，花仙獸、V仔獸EX以及其他被選中孩子的數碼寶貝一起攻擊，終於制服了祖利獸。大輔打開數碼大門，將數碼寶貝送回了數碼世界。在香港，光子郎和小光見到擁有八爪魚獸的三兄弟，準備在九龍公園將由亞洲被選中的孩子送過來的數碼寶貝送回數碼世界。但是在穿越中國國境時受到阻攔，大家想出辦法證明數碼寶貝們是有智慧的，終於安全通過。嘉兒他們的任務也完成了。
第41集 大堡礁和凡爾賽大亂戰阿丈和伊織來到悉尼破壞黑暗塔。突然見到被選中的孩子以及貝殼獸、龍蝦獸和墨魚獸，於是大家用“數碼寶貝什錦海鮮攻擊”嚇跑它們，並追上去。突然，亞路加獸出現，為了防止它破壞珊瑚礁，海獅獸超進化成祖頓獸，與潛鯊獸一起打敗了亞路加獸。巨蟹獸進化成的古尼獸破壞了黑暗塔，然後伊織打開大門將數碼暴龍放回數碼世界。巴黎那邊，阿武、太一和阿武的爺爺發現凡爾賽宮有數碼寶貝，原來是豆豆獸三兄弟。後來，還出現了炸彈獸。在打敗它們後，機械暴龍獸和神聖天使獸破壞了黑暗塔，並將這四隻調皮的傢伙送回了數碼世界。
第42集 戀愛和羅宋湯大激戰小賢與阿和來到墨西哥的瑪雅遺蹟，偷偷走了進去。途中遇到擁有礦石獸的女孩，蟲蟲獸感到小賢對它的感情會發生動搖。在遺蹟深處發現了牛人獸和蜘蛛獸，它們逃了出來。出來後，獸人加魯魯獸、飛蟲獸和礦石獸進化成的角龍獸將它們擊倒，送回了數碼世界。莫斯科那邊，小京和素娜由於不會講俄語，便用食物作為號令來與俄羅斯的孩子一起作戰，戰鬥完後覺得非常飢餓與疲勞。本來俄羅斯的孩子要請她們吃東西，卻因為還有一些長毛象獸沒收拾。此時帝皇龍甲獸帶著孩子們及時趕到並打倒了它們。大家要立即回日本，因此小京和素娜因為沒有吃到東西而非常失望。
第43集 究極魔獸軍團襲來小賢睡覺時夢見自己被植入黑暗種子的情景，醒來後就埋怨自己為什麼記不起以前的事。後來，女惡魔獸、海魔獸、喪屍撒旦獸出現在現實世界，孩子們的數碼暴龍與它們苦戰。最後，所有完全體數碼寶貝被喪屍撒旦獸打倒，而帝皇龍甲獸也被封印住不能動彈。光子郎明白到亞古獸他們不適應現實世界的生活，於是它們將力量給帝皇龍甲獸後，回到了數碼世界。帝皇龍甲獸變身成為戰士形態，一擊打倒喪屍撒旦獸。這時，究極魔獸出現，但亞基利獸卻在所有人的眼皮底下以許多被綁架的孩子作威脅，帶走了小賢。
第44集 和黑暗數碼寶貝的決戰大家乘阿丈哥哥的車追亞基利獸的車。小賢在被綁架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠紀夫。原來他是亞基利獸和木乃伊獸的創造者，他想將小賢身上的黑暗種子移植到被綁架的孩子們身上。並且他就是小賢的哥哥死後發郵件給他的人。希爾芙獸與女惡魔獸戰鬥，被打成重傷。小京為救被女惡魔獸捉住的人而被女惡魔獸攻擊，希爾芙獸為保護小京而打倒女惡魔獸。另一邊，古神獸與海魔獸戰鬥，伊織和阿武到醫院救人。經過苦戰，古神獸打倒了海魔獸。小京和伊織都很矛盾，因為他們必須面對有思想和生命的數碼寶貝。雷龍獸很快要追上綁架小賢的那輛車了，而究極魔獸也出現在那輛車面前。
第45集 黑暗之門戰士形態的帝皇龍甲獸、希爾芙獸與古神獸與究極魔獸對決，但是根本傷不了它，而且它的殺傷力巨大。大輔他們商量將究極魔獸送回數碼世界，但是究極魔獸居然自己能打開數碼世界大門。正當大家絕望時，小賢告訴大家他的暴龍機可以打開黑暗海世界的大門。打開大門的時候，小賢被黑暗力量攻擊，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三隻數碼寶貝的合力攻擊，終於將究極魔獸送到黑暗海世界裡，危機又一次過去了。可是黑暗種子已經移植到孩子身體裡了。
第46集 黑暗戰鬥暴龍獸VS戰鬥暴龍獸被移植了黑暗種子的孩子智力和體力都有飛躍的提高，但性格卻越來越差。青龍獸將能量傳給了亞古獸，並告知黑暗戰鬥暴龍獸去了現實世界。黑暗戰鬥暴龍獸找到及川，用言語激他，使他非常痛苦。正當黑暗戰鬥暴龍獸想殺他時，亞古獸究極進化成戰鬥暴龍獸阻止他，兩獸打了起來。戰鬥暴龍獸不斷要求黑暗戰鬥暴龍獸停止攻擊，但黑暗戰鬥暴龍獸不聽。最後，帝皇龍甲獸戰士形態與戰鬥暴龍獸一起攻擊黑暗戰鬥暴龍獸，光子鐳射、蓋亞能量炮和黑暗蓋亞能量炮碰撞。黑暗戰鬥暴龍獸終於被打敗，並且通過與亞古獸、V仔獸和蟲蟲獸的談話明白了一些東西。
第47集 黑暗戰鬥暴龍獸的封印在數碼世界裡，加布獸他們正努力封印光丘的大門。及川見到伊織，發現他的身份，想起以前的事。原來他和伊織的爸爸是好朋友，他們都相信數碼寶貝的存在，並做過研究。但是伊織的爸爸英年早逝，令他非常悲哀。一位孩子的黑暗種子發芽開花，及川採集了那朵花，黑暗力量籠罩他的身體。黑戰鬥暴龍獸再次用言語激他，伊織的爺爺明白了事情的經過，希望成為及川的朋友。及川正想答應，卻被黑暗力量所控制，攻擊伊織的爺爺，黑暗戰鬥暴龍獸奮力擋住，受了重傷。知道自己快死了的黑暗戰鬥暴龍獸用自己的身體封印了光丘的大門，犧牲了。
第48集 恐怖，貝利亞吸血魔獸大家暗中監視被植入黑暗種子的孩子，將他們集中在一個地方。及川出現，他用好像3年前太一他們回到現實世界前用來開門的鑰匙卡，打算進入數碼世界。大輔他們因為黑戰鬥暴龍獸已經封印了數碼世界大門而並不驚慌。但是及川居然成功打開了大門，並和孩子們一起進去了。大輔等人非常吃驚，跟了上去。原來他們進的不是數碼世界，而是另一個世界。貝利亞吸血魔獸從及川身子裡破出，它告訴及川其實自己之前做的事都是受到貝利亞吸血魔獸的利用。最後，貝利亞吸血魔獸吸取所有的黑暗之花，顯現真身，並殘忍地殺死了亞基利獸和木乃伊獸。除大輔外，所有被選中的孩子都被它的殘忍所震懾。只有大輔勇敢地站出來，與V仔獸EX一起面對貝利亞吸血魔獸。
第49集 最後一次裝甲進化由於大輔的勇氣，使V仔獸EX的攻擊居然對貝利亞吸血魔獸很有效。但它立即使用幻影攻擊。所有人都看到令自己很高興的假象，那些假象都是自己平時所苦惱的東西的反照。但他們後來都明白過來，只有打敗貝利亞吸血魔獸，這些一切才能實現。奇蹟發生，所有數碼寶貝都可以同時使用進化、超進化、裝甲進化以及合體進化。一連串的攻擊將貝利亞吸血魔獸打得奄奄一息。但它卻因此進入了數碼世界，吸取了數碼世界的黑暗力量，強大起來，並且打算一統數碼世界和現實世界。
第50集 我們的數碼世界地球正逐漸被黑暗力量侵蝕。大輔他們仍不斷地嘗試阻止貝利亞吸血魔獸，但每次都被打倒。後來，所有被選中的孩子的神聖計畫的光的力量驅散黑暗，並使他們的數碼暴龍進入數碼世界。貝利亞吸血魔獸的力量被削弱，但是被植入黑暗種子的孩子泄氣的話卻又讓黑暗力量有機可乘。大輔他們用真心的話讓他們明白只要相信有實現夢想的力量，夢想一定會實現。最後，他們也有了數碼寶貝搭檔了。最後，帝皇龍甲獸戰士形態用超級死亡徹底打敗貝利亞吸血魔獸。及川就要死了，他卻遇上自己的數碼寶貝，使他非常感動。他用信念犧牲自己，修複數碼世界。二十五年過去了，數碼世界已經與現實世界密不可分了。每個孩子都有自己的數碼寶貝，能與他們一起去冒險了。
音樂原聲
動畫音樂
動畫·角色| 類別 | 歌曲名稱 | 演唱者 |
| 片頭曲 | ターゲット～赤い沖撃～ | 和田光司 |
| 中文片頭曲 | 地球戰士 | 劉德華 |
| 片尾曲1 | アシタハアタシノカゼガフク | AiM |
| 片尾曲2 | いつもいつでも | AiM |
| 進化插曲 | Brave heart | 宮崎步 |
| 裝甲進化插曲 | Break up! | 宮崎步 |
| 合體進化插曲 | Beat Hit! | 宮崎步 |
| 第8集插曲 | 仆は仆だって | 和田光司 |
| 第4集插曲 | 天使の祈り | AiM |
| 第4集插曲 | Nowisthetime!! | AiM |
| 第38話插曲 | みんなのクリスマス | 和田光司 |
| 大結局插曲 | 仆らのデジタルワ-ルド | 和田光司、iM等 |
角色主題曲
奔向前方| 角色 | 歌曲名稱 |
| 八神太一 | 新しい太陽 |
| 石田大和 | 願いかなえるかぎ |
| 武之內素娜 | Shiny Days |
| 泉光子郎 | OPEN MIND |
| 太刀川美美 | スーパー☆ガール |
| 城戶丈 | 風に向かって |
| 高石武 | Focus |
| 八神嘉兒 | やさしい雨 |
| 本宮大輔 | ゴーグル·ボーイ |
| 一乘寺賢 | ONLY ONE |
| 井上京 | クラッシュでビンゴ! |
| 火田伊織 | 仆の結論 |
| 亞古獸 | アグモン |
| 加布獸 | Daijob |
| 比丘獸 | 私の五線譜 |
| 甲蟲獸 | 電撃ラブソンティー |
| 巴魯獸 | 小指のファンタジー～植物はあきらめない～ |
| 哥瑪獸 | 無敵のぱた足 |
| 巴達獸 | Don't stopパタパタ |
| 迪路獸 | Getting up |
| V仔獸 | Ggo ahead! |
| 蟲蟲獸 | 君が夢見た未來仆が夢見た未來 |
| 麻鷹獸 | 愛の騎士 |
| 穿山獸 | おみゃーとLet’s! |
| 八神太一&亞古獸 | Tem |
| 石田大和&加布獸 | 俺たちのメロディー |
| 武之內素娜&比丘獸 | ふたりで翔けば |
| 泉光子郎&甲蟲獸 | 世界中の景色を! |
| 太刀川美美&巴魯獸 | Happy Smile |
| 城戶丈&哥瑪獸 | 空をクロール |
| 高石武&巴達獸 | Steppin’out |
| 八神嘉兒&迪路獸 | Shining Star |
| 本宮大輔&V仔獸 | 2-TOP |
| 一乘寺賢&蟲蟲獸 | 本當の強さ |
| 井上京&麻鷹獸 | Fly High |
| 火田伊織&穿山獸 | 未來へのメッセージ |
| 眾數碼寶貝 | 絕対オーライ～デジメンタルアップ!～ |
聖誕特輯
| 演唱者 | 歌曲名稱 |
| 本宮大輔&一乘寺賢 | 大輔と賢の買い物キャロル |
| 高石武&火田伊織 | ジングル·ベル |
| 八神嘉兒&井上京 | きよしこの夜 |
| 眾數碼寶貝 | ママがサンタにキッスした |
| 和田光司 | みんなのクリスマス |
| 前田愛 | 天使の祈り |
女兒節特輯
| 演唱者 | 歌曲名稱 |
| 武之內素娜 | 空色の風 |
| 太刀川美美 | とまどい |
| 八神嘉兒 | リフレクション |
| 井上京 | ヤマトナデシコ·パニック |
參考資料
用語解說
裝甲進化
進化·譜系普通 進化被黑暗之塔封鎖，所以只能利用數碼裝甲蛋進化成裝甲體，可以在黑暗之塔的影響範圍下進化，而數碼蛋上刻有和前作一樣的徽章，只有被選中的孩子才能拿起。
合體進化
數碼寶貝從成熟期進化的方式也有所不同，少了徽章的輔助，改由兩個成熟期數碼寶貝合體進化成為一個完全體數碼寶貝；完全體數碼寶貝可以究極進化成究極體數碼寶貝。其中以本宮大輔與一乘寺賢的數碼寶貝帝皇龍甲獸最具代表性。
平行世界
本作並不只有現實和數碼世界，儘管第一季和第三季中都有“其他世界”這個字眼，但充其量地從人物的對話中提及，然而，本季卻能真正地列出其他的世界，有列舉了兩個，一個是“黑暗之海”，另一個是思維與現實一致的世界，劇場版中也出現了網路世界。其實除了這五個世界外，還有很多個世界尚未發掘。第二部影片的視野也變得更大，數碼世界可及的範圍可延伸至美國，雙方可以在特定情況下進行來往。在現實世界數碼寶貝的移動範圍也從日本延伸至世界各地，可達中國的香港九龍，法國的巴黎，俄羅斯的莫斯科、美國的紐約、墨西哥的古瑪雅遺蹟、以及澳大利亞的悉尼黃金海岸等地。
D-3裝甲暴龍機
新的“神聖計畫”，可以將儲存在D-T暴龍機中的數碼裝甲數據調出併疊加在相應數碼寶貝上。也可以完成初代神聖計畫的普通進化功能，另外在適當時機，可以通過兩台D-3將兩隻數碼寶貝合體進化為單一隻數碼寶貝。
徽章
徽章由於主角們的搭檔被限制進化，所以藉助此物的力量。是一種古代被封印的力量，通過這種力量進化而得的數碼寶貝為裝甲體。數碼裝主要分為與進化相關的，與技能相關的，與抗體等特殊能力相關的等。
本片中登場的徽章有勇氣、友情、愛心、純真、知識、誠實、光明、希望、奇蹟、溫柔10種，劇場版附加命運。
裝甲數碼蛋
用來盛載數碼元素的蛋型容器，表面上刻有徽章，共有勇氣、友誼、愛心、純真、誠實、知識、希望、光明、奇蹟、溫柔十種及電影版主角華力士所使用的"命運"。
D-Terminal
數碼終端機，簡稱D-T暴龍機，可以傳遞E－mail、儲存數碼裝甲蛋的機器，因為有這個機器的存在，一隻獸才有可能進化成兩種不同的數碼寶貝。
參考資料
製作發行
大陸播放
| 動畫播放平台 | |
| 愛奇藝 | PPTV |
動畫首播
| 話數 | 日文標題 | 中文譯名 | 播出日期 |
| 1 | 勇気を受け継ぐ者 | 勇氣繼承人 | 2000年4月2日 |
| 2 | デジタルゲートオープン | 開啟數碼世界大門 | 2000年4月9日 |
| 3 | デジメンタルアップ | 裝甲進化 | 2000年4月16日 |
| 4 | 闇の王デジモンカイザー | 黑暗之王，暴龍統治者 | 2000年4月23日 |
| 5 | ダークタワーを倒せ | 摧毀黑暗之塔 | 2000年4月30日 |
| 6 | 危険なピクニック | 危險的野餐 | 2000年5月7日 |
| 7 | ヒカリノキオク | 小光的記憶 | 2000年5月14日 |
| 8 | デジモンカイザーの孤獨 | 暴龍統治者的孤獨 | 2000年5月21日 |
| 9 | イービルリング魔力の暴走 | 邪惡環魔力狂飆 | 2000年5月28日 |
| 10 | 敵はメタルグレイモン！ | 敵人是機械暴龍獸！ | 2000年6月4日 |
| 11 | 青い稲妻ライドラモン | 藍色閃電，雷龍獸 | 2000年6月11日 |
| 12 | デジモン牧場の決闘 | 數碼寶貝牧場的決鬥 | 2000年6月18日 |
| 13 | ダゴモンの呼び聲 | 達高獸的呼喚 | 2000年6月25日 |
| 14 | 疾風のシュリモン | 疾風忍者獸 | 2000年7月2日 |
| 15 | シュリモン武芸帳 | 忍者獸的武功秘籍 | 2000年7月16日 |
| 16 | サブマリモン海底からの脫出 | 潛鯊獸逃出海底 | 2000年7月23日 |
| 17 | お台場メモリアル | 御台場紀念日 | 2000年7月30日 |
| 18 | カイザーの基地を追え！ | 追擊暴龍統治者的基地！ | 2000年8月6日 |
| 19 | 合成魔獣キメラモン | 合成魔獸，基米拉獸 | 2000年8月13日 |
| 20 | 超絕進化！黃金のマグナモン | 超絕進化，金甲龍獸！ | 2000年8月20日 |
| 21 | サヨナラ、賢ちゃん… | 再見，小賢… | 2000年8月27日 |
| 22 | 豪勇進化！エクスブイモン | 豪勇進化，V仔獸EX！ | 2000年9月3日 |
| 23 | デジヴァイスが闇に染まる時 | 數碼機被黑暗污染之時 | 2000年9月10日 |
| 24 | 大地の裝甲アンキロモン | 大地裝甲，戰甲獸 | 2000年9月17日 |
| 25 | 大空の騎士アクィラモン | 天空騎士，亞古拉獸 | 2000年9月24日 |
| 26 | ジョグレス進化 今、心をひとつに | 合體進化，化敵為友 | 2000年10月1日 |
| 27 | 無敵合體！パイルドラモン | 無敵合體，機甲龍獸 | 2000年10月8日 |
| 28 | 昆蟲使いの罠!! | 昆蟲使者的陷阱 | 2000年10月15日 |
| 29 | アルケニモン蜘蛛女のミス | 亞基利獸，蜘蛛女王的失誤 | 2000年10月22日 |
| 30 | 暗黒究極體 ブラックウォーグレイモン | 黑暗究極體，黑暗戰鬥暴龍獸 | 2000年10月29日 |
| 31 | 愛の嵐 シルフィーモン | 愛的風暴，人面戰鷹獸 | 2000年11月5日 |
| 32 | 謎の遺蹟ホーリーストーン | 神秘遺蹟，聖石傳說 | 2000年11月12日 |
| 33 | 今日のミヤコは京の都 | 小京的京都之旅 | 2000年11月19日 |
| 34 | ホーリーポイントを守れ | 聖石保衛戰 | 2000年11月26日 |
| 35 | 爆進！ブラックウォーグレイモン | 乘勝追擊，黑暗戰鬥暴龍獸！ | 2000年12月3日 |
| 36 | 鋼の天使シャッコウモン | 鋼鐵天使，古神獸 | 2000年12月10日 |
| 37 | 巨大究極體チンロンモン | 巨大究極體，青龍獸 | 2000年12月17日 |
| 38 | ホーリーナイト・デジモン大集合！ | 平安夜，數碼寶貝大集合！ | 2000年12月24日 |
| 39 | 全員出動！インペリアルドラモン | 全體出動，帝皇龍甲獸！ | 2001年1月7日 |
| 40 | ニューヨーク香港大混戦！ | 紐約、香港大混戰！ | 2001年1月14日 |
| 41 | サンゴとベルサイユ大亂戦！ | 大堡礁與凡爾賽大亂戰！ | 2001年1月21日 |
| 42 | 戀とボルシチ大激戦！ | 戀愛與羅宋湯大激戰！ | 2001年1月28日 |
| 43 | デーモン軍団の襲擊 | 究極魔獸軍團襲來 | 2001年2月4日 |
| 44 | 暗黒デジモンとの死闘 | 與黑暗數碼寶貝的決戰 | 2001年2月11日 |
| 45 | 暗黒のゲート | 黑暗之門 | 2001年2月18日 |
| 46 | ブラックウォーグレイモンVSウォーグレイモン | 黑暗戰鬥暴龍獸對戰鬥暴龍獸 | 2001年2月25日 |
| 47 | ブラックウォーグレイモンの封印 | 黑暗戰鬥暴龍獸的封印 | 2001年3月4日 |
| 48 | 恐怖！ベリアルヴァンデモン | 恐怖，邪惡吸血魔獸！ | 2001年3月11日 |
| 49 | 最後のアーマー進化 | 最後一次裝甲進化 | 2001年3月18日 |
| 50 | ぼくらのデジタルワールド | 我們的數碼世界 | 2001年3月25 |
參考資料
關聯作品
動畫
| 名稱 | 數碼獸大冒險2 前篇 數碼獸颶風登入！/後篇 超絕進化！黃金的數碼裝甲 | 數碼獸大冒險2 超惡魔獸的逆襲 |
| 信息 | 首映時間：2000年7月8日 DVD發售時間：2001年2月16日 BD發售時間：2015年1月9日 時間：64分 票房：12億日圓 監督：山內重保 腳本：吉田玲子 音樂：有澤孝紀 | 首映時間：2001年3月3日 DVD發售時間：2001年11月21日 BD發售時間：2015年1月9日 時間：30分鐘 票房：30億日圓 監督：今村隆寬 腳本：吉田玲子 音樂：有澤孝紀 |
| 介紹 | 美國少年華力斯擁有了雙胞胎數碼獸，朱古力獸和軟糖獸，但是其中一隻卻莫名其妙地消失了。若干年之後華力斯長大了，此時，小光和阿武來到美國旅行，碰上了那隻失蹤的數碼寶貝。他們聯繫了大輔，大輔趕來的時候，碰上了華勒斯，6人決定一起面對那隻數碼獸，卻不敵其究極體的實力。最終小光和阿武的數碼獸進化為究極天使獸和聖龍獸，為大輔和華勒斯的數碼寶貝製作了奇蹟的數碼裝甲，使V仔獸和軟糖獸進化，打倒了朱古力獸。其配樂風格更接近於數碼獸馴獸師，同時有美國西部的感覺。 | 在網路世界被奧米加獸打敗的迪亞波羅獸（《我們的戰爭遊戲》）重生，太一、大和、岳、光再次前往網路世界，亞古獸、加布獸再次進化為奧米加獸，天使獸和天女獸也助陣，但是當奧米加獸打敗迪亞波羅獸時，卻是一個巨大的陷阱，迪亞波羅獸分解為無數個幼年期數碼獸水母獸，並通過手機、電腦等電子產品進入現實世界，無數的水母獸最後在現實世界形成一個巨大的數碼蛋，最後巨大數碼蛋中誕生了滅世魔獸，追隨迪亞波羅獸的奧米加獸也來到現實世界，但是卻沒能戰勝已經進化成超究極體的滅世魔獸，雖然之後帝皇龍獸出現了，但依然沒能挽回敗局。最後，奧米加獸把自己的殘餘力量傳給帝皇龍獸，帝皇龍獸成為聖騎士狀態，終於打敗了滅世魔獸。 |
廣播劇
| 作品名 | 發售時間 | 主演聲優 | 演出 | 腳本 | |
| 1 | 數碼獸大冒險2 廣播劇CD 未知的裝甲進化 | 2001年2月7日 | 木內玲子/藤田淑子 | 角銅博之 | まさきひろ |
| 2 | 數碼獸大冒險2 廣播劇CD 未知的裝甲進化 發售紀念 動畫組特製特別CD | 2001年2月7日 | 木內玲子/野田順子 | N/A | 木內玲子 等 |
| 3 | 數碼獸大冒險2 廣播劇CD 石田大和 書信-Letter- | 2001年3月7日 | 風間勇刀/山口真弓 | 細田守 | 大和屋曉 |
| 4 | 數碼獸大冒險2 廣播劇CD 夏日之扉 | 2001年10月3日 | 木內玲子/宮原永海 | 山內重保 | 吉田玲子 |
| 5 | 數碼獸大冒險2 原創故事 2003年-春- | 2003年4月23日 | 木內玲子/朴璐美 | 角銅博之 | 角銅博之 等 |
| 6 | 數碼獸 原創故事特別篇 ～with～ | 2003年12月26日 | 藤田淑子/木內玲子 | 角銅博之 等 | 角銅博之 等 |
遊戲
WS遊戲 《數碼獸大冒險2：雙人馴獸師》
宣傳圖在《我們的戰爭遊戲》的事件後不久，有遺漏的ディアボロモン（超惡魔獸）逃到數碼世界中，因此玄內與妖精獸請求八神太一與秋山遼的救援。
在小賢家觀戰的秋山遼，與一乘寺賢ㄧ同被V仔獸帶到數碼世界，而秋山遼與V仔獸做為暫時搭檔率先前往打倒超惡魔獸，沒想到，這隻超惡魔獸其實是復活的
千年獸所設下的陷阱。緊接而來引發的大爆炸，讓數碼世界被分成兩個ミラーサイト（鏡面世界），秋山遼與一乘寺賢被分開在兩個不同的世界，而才剛來的八神太一代替一乘寺賢被卡在狹縫間無法動彈，對外（現實）的連繫全都斷線。
為了恢複數碼世界，秋山遼與V仔獸、以及對太一代替自己而愧疚的一乘寺賢與蟲蟲獸，分別在兩個世界中開始冒險。打倒黑暗勢力讓分散的大陸連線起來，並再度擊破千年獸，以及其內心世界的精神體ムーン=ミレニアモン（月=千年獸）。
最後，小賢為了保護秋山遼與太一，替他們擋下了千年獸最後朝他們攻擊的黑色之種。從這之後，雖然傷好了，但小賢的內心也開始有些改變。
WSC遊戲 《數碼獸大冒險2：D-1馴獸師》
數碼獸·02於《雙人訓練師》過後幾周，療傷中的小賢在網路上找到一個奇怪的網頁，前來探病的秋山遼將網頁上有關千年獸的問卷做完後，又被召換到了數碼世界。
這次，是四聖獸所舉辦的D-1大賽，四聖獸（問卷選擇而改變）認為其它三體已經黑化，打醒他們，便舉辦了這場大賽來選出自己的搭檔“四聖獸的戰士”為此，召喚了世界各地的“被選召的孩子”與新首訓練師們互相對戰。
大賽進行到後半，開始出現許多異樣的情況，秋山遼打倒八神太一乘唯D-1大賽冠軍之時，四聖獸才向他吐明真相，聖獸黑化只是個幌子，整場D-1大賽都是為了遼而準備的修練。目的就是要讓他去打倒這個世界上除了遼以外無人能打倒的復活的千年獸。
最後，遼打倒了千年獸或得了勝利，但卻因為千年獸最後所引發的時空大爆炸捲入，秋山遼和千年獸從現實與數碼兩個世界中消失。
作品評價
《數碼寶貝2》為第一季的續篇，時間設定為上次大冒險結束的三年後，儘管播放效果較好，但製作原因明顯是因為第一步受到的歡迎程度，由此引發出了一系列爭議，特別是有關結局的爭議較大。在本季的最後一話中，描述25年後的孩子們的生活與他們的小孩，並以此作為完結，但是其在深度上沒有達到一個升華 。（ 動漫星空）
