第一次征伐長州
以禁門之變時長州軍向皇宮開炮為藉口，1864年（元治元年）7月天皇下令幕府追討長州藩。幕府企圖在征長總督前尾張藩主德川慶勝指揮下出動各藩的軍隊，但薩摩藩的西鄉隆盛避免置長州一藩於死地，主張用離間長州本藩與支藩、分裂其內部的辦法壓制長州藩。長州藩在四國艦隊炮擊下關事件後藩內保守派得勢，採納支族吉川經乾的意見，斬福原越後、益田右衛門介、國司信濃等三名家老和四個參謀，向幕府表示順從。幕府軍不戰而於12月下令撤兵。
第二次征伐長州
高杉晉作等為了從保守派手中奪取長州藩的主導權。1864年（元治元年）12月至1865年（慶應元年）初在馬關（下關）舉兵，成功地奪取了藩政權。江戶幕府認為長州企圖作亂和私自與外國交易，上奏朝廷再次征伐長州，1865年9月獲天皇批准。但朝廷及各藩反對再次征伐的氣氛強烈，特別是薩摩藩拒絕出兵。1866年6月，幕府軍開始同長州軍交戰。但幕府軍的後方受到大坂、江戶的搗毀運動和農民起義的威脅，戰況也不利。長州方面則加強全藩軍事體制，諸隊和農兵隊士氣旺盛。因此幕府在十四代將軍德川家茂病死在大坂城以後，8月接到朝廷關於停戰的命令，年底以孝明天皇死的機會，向全國宣布撤兵令。由於第二次征伐長州的失敗，幕府威信喪失殆盡，自此以後，幕府為中心的統治體制迅速崩潰。
