引物設計原理

引物設計有3 條基本原則:
首先引物與模板的序列要緊密互補。
其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構。
再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配) 。
具體實現這3 條基本原則需要考慮到諸多因素,如引物長度(primer length) , 產物長度(productlength) ,序列Tm 值(melting temperature) ,引物與模板形成雙鏈的內部穩定性(internal stability ,用ΔG值反映) ,形成引物二聚體(primer dimer) 及髮夾結構(du2plex formation and hairpin) 的能值,在錯配位點(falsepriming site) 的引發效率, 引物及產物的GC 含量(composition) ,等等。必要時還需對引物進行修飾,如增加限制性內切酶位點,引進突變等。