機構設立
根據《中共廣東省委、廣東省人民政府關於印發〈廣東省人民政府機構改革方案〉的通知》（粵發〔2009〕8號），設立廣東省中醫藥局，副廳級，為省衛生廳管理的行政機構。
職責調整
（一）取消和調整已由省人民政府公布取消和調整的行政審批事項。
（二）加強促進中醫藥和民族醫藥事業發展、繼承和發展中醫藥文化的職責。
（三）加強中醫藥人才培養、中醫藥師承教育的職責，提高農村和城市社區中醫藥人員的職業素質和技術水平。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關中醫藥工作的方針政策和法律法規，擬訂中醫藥和民族醫藥事業發展的規劃、政策及相關管理規範和技術標準，起草有關地方性法規、規章草案，參與制定中藥產業發展規劃、產業政策和中醫藥扶持政策，參與重大中醫藥項目的規劃和組織實施。
（二）承擔中醫醫療、預防、保健、康復等監督管理責任。加強合理用藥的管理，規劃、指導和協調中醫醫療、科研機構的結構布局及其運行機制的改革，監督中醫醫療、民族醫療、保健等機構管理規範和技術標準的執行。
（三）負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作，指導民族醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高工作，組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用。
（四）組織擬訂中醫藥人才發展規劃，會同有關部門擬訂並組織實施中醫藥專業技術人員資格標準，組織開展中醫藥師承教育、畢業後教育、繼續教育和相關人才培養工作，參與擬訂各類中醫藥教育發展規劃和參與指導中醫藥教育教學改革。
（五）擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和能力建設，管理重點中醫藥科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、套用和推廣。
（六）承擔保護瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術的責任。組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
（七）開展與港澳台地區及其他國家（地區）中醫藥方面的交流與合作。
（八）承辦省人民政府、國家中醫藥管理局和省衛生廳交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，省中醫藥局設4個內設機構：
（一）辦公室（與直屬機關黨委辦公室合署）。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；起草有關地方性法規、規章草案，承擔有關行政複議和行政應訴工作；承擔繼承和發展中醫藥文化的有關工作；負責機關和指導直屬單位的黨群、紀檢和監察工作。
（二）規劃財務處（人事處）。
擬訂中醫藥事業中長期發展規劃；參與制定中藥產業發展規劃和產業政策；組織開展中藥資源的普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用；承擔重點項目、部門預決算和財務、資產的有關管理工作；組織擬訂並實施中醫藥人才發展規劃；會同有關部門擬訂中醫藥專業技術人員資格標準並組織實施；負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資和離退休人員服務工作。
（三）醫政處。
擬訂並組織實施中醫藥防治重大疾病規劃，中醫、中西醫結合、民族醫醫療和保健機構及其技術套用的管理規範、標準，中醫醫療、保健等人員的執業資格標準、服務規範；參與擬訂地方基本藥物目錄的有關工作；指導和組織實施農村衛生、社區衛生服務中的中醫藥工作；指導其他醫療機構的中醫業務。
（四）科技教育處。
擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和科技能力建設，組織實施中醫藥重點科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、套用和推廣；承辦中醫藥師承教育、畢業後教育、繼續教育和相關人才培訓的組織和指導工作；參與擬訂各類中醫藥教育發展規劃的有關工作，參與指導中醫藥教育教學改革；開展與港澳台地區及其他國家和地區中醫藥方面的交流與合作。
人員編制
省中醫藥局機關行政編制25名。其中：局長1名、副局長2名，正處級領導職數5名（含直屬機關黨委專職副書記1名）、副處級領導職數4名。
後勤服務人員數4名。
其他事項
省中醫藥局與省衛生廳的職責關係。
（一）省中醫藥局相對獨立運作，可直接向上級領導機關請示、報告工作，但須同時報告省衛生廳，重大事項要事先報告。
（二）省中醫藥局正、副局長的任免，按幹部管理許可權有關規定辦理。局機關正副處長及直屬單位領導班子成員的任免由省中醫藥局提出建議和方案，報省衛生廳按幹部管理許可權和選拔任用程式辦理。局機關和直屬單位的其他人事工作由省中醫藥局管理。
（三）省中醫藥局檔案單列戶頭，獨立行文或與有關部門聯合發文；省衛生廳收到涉及省中醫藥局的文電，應當及時送省中醫藥局辦理。
（四）省中醫藥局的財務、基建和國有資產管理等相對獨立，重大事項及時請示、報告省衛生廳。
