綏署設主任一員，副主任若干員，參謀長一員，高級參謀及參議若干員，下設辦公廳第一、二、三、四及總務、外事等處，還有特務團各單位。辦公廳任務，為收發擬撰，監印譯電機要等事項。第一處任務，為作戰教育調遣等事項，第二處任務，為擔任情報與國防部第二廳密切聯繫，下設數個諜報組，分設於市內外，為搜尋情報之用。第三處任務為人事編制懲獎徵募等事項。第四處任務為交通通訊運輸及後勤業務等事項。總務處任務，為經理衛生軍糧什務，及交際等事項。外事處任務，為對外交涉及接待外賓等事項，特務團任務，（下設三個營）為鞏衛署之內外，及應付臨時發生事項，此綏署設立的大概情形也。
至宋子文以行政院長，且身為國舅，出任該職，權力尤為龐大，因他兼任省長，競把各區專員公署之區保全司令部，改為清剿司令部，並由六個專署，六個司令部，改為十二個，為實行剿共的新部署，結果亦只有失敗而已。
