公元前3000年，崇拜太陽神的迦南人在這裡修建了一座祭祀太陽神“巴爾”的廟宇，稱為“巴爾貝克”（“貝克”意為城，“巴爾貝克”意為“太陽城”）。後腓尼基人取代迦南人在此定居。古希臘亞歷山大大帝占領黎後，在黎沿海建立了貿易中心，同時也同化了由腓尼基人居住的巴爾貝克城，巴爾貝克遂易名為“希利奧波利（太陽之城）”。公元前47年，凱撒大帝認為希利奧波利戰略地位重要，加快了希利奧波利和神廟的建設，並派軍隊駐防。其後奧古斯都皇帝驅遣兩萬名奴隸，歷時數十年，在腓尼基神廟原址上大規模擴建。公元60年，巴爾貝克神廟基本竣工。以後經過300多年的繼續修建，最後成為規模宏偉的神廟群，用以祭祀羅馬主神朱庇特、酒神巴卡斯和美神維納斯。公元312年，君士坦丁大帝皈依基督教，希利奧波利神廟改建成教堂，其中的阿夫卡神殿完全拆毀。君士坦丁大帝的繼承人朱理安不信仰基督教，阿夫卡神殿得以重建。公元375—395年間，在提奧多亞的統治下，阿夫卡神殿又被廢棄。該地區現存的許多基督教建築物都是在提奧多亞時代建立的。
從二世紀中葉起，羅馬幾位皇帝由安托尼烏斯帶頭，從事於這座神廟的擴建裝飾工作，使之成為一座衛城。公元211—217年卡刺卡拉最終完成這座建築物，使之成為一座要塞。七世紀時，阿拉伯人統治黎，巴爾貝克又恢復原名。
奧斯曼帝國時期（1516—1918），巴爾貝克隸屬大馬士革省。該城曾先後毀於發生在1158、1203、1659和1664年的地震，神廟大部分倒塌，居民多半遷徙。
法國委任統治時期，巴爾貝克是大黎巴嫩的一部分。
今天的巴爾貝克神廟雖稱作羅馬神廟遺址，但它實際上是腓尼基文明與羅馬文明相融合的產物。它歷經近2000年的刀兵水火而殘敗不堪，但殘存的宏偉規模仍使人驚嘆不已。據稱它是世界上規模最宏偉的古羅馬建築群，全世界包括羅馬，迄今已找不到比它更完整的神廟遺址。從1956年開始至內戰前，每年夏季都在這裡舉行巴爾貝克國際舞蹈和音樂節，酒神巴卡斯廟通常作為音樂節的會場。內戰後巴爾貝克藝術節逐步得以恢復。
神廟由祭禮大廳、朱庇特廟、酒神巴卡斯廟、美神維納斯廟組成，全部用巨石壘成，氣勢極其巍峨。廟外有巨石築的高牆環繞，廟內的庭院和大殿座落在巨石砌成的高達數十米的台基上，巨石長19—20米，寬4.5米，厚3.6米，其中有的重達2000噸。
祭禮大廳 穿過入口，迎面有幾塊富有腓尼基特色的巨石浮雕，經過一個六邊形的前院，來到祭禮大廳。廳長104.5米，寬103米。廳內有兩個祭壇，古代曾用美貌少女活祭。由於大廳開闊，公元四世紀羅馬皇帝狄奧多西曾在此建一座長方形基督教教堂，但後牆已毀。廳中原有128根大花崗石石柱組成的石廊已梁摧柱折，散亂遍地。
主神朱庇特廟 大廳西端，有石階通向朱庇特廟。此廟約建於公元一世紀羅馬尼祿皇帝時代，是一座科林斯式建築物，四面以高大的石柱組成氣勢雄偉的柱廊，大殿正面各有巨柱10根，側面各19根，總計54根。巨柱高達20米，直徑2.3米，均由3節圓柱鑲接而成。石縫之間毫無粘合劑，而刀刃不能入。朱庇特神廟已瀕全毀，巨柱只剩下六根，排成一行。它們以其雄偉高峻被視為黎的驕傲，人們常把這六根大石柱和雪松並稱為黎的象徵。
酒神巴卡斯廟 朱庇特神廟之左是酒神巴卡斯廟。這也是一座科林斯式建築物，約建於公元100年。正面聳立8根石柱，側翼各15根，石柱高15米，直徑2米，柱上刻滿包括各種蔬菜水果的精緻圖案。石柱鑲接成長廊，拱頂有巨石浮雕，刻有28個神像。神廟中有巴卡斯像，旁有大酒窖，四周牆上刻有葡萄和酒壺組成的圖案。現在廟頂雖已坍壞，但四壁及石柱尚存。
美神維納斯廟 巴卡斯神廟前為美神維納斯廟，建於公元245年。此廟是一座圓形建築，高68米，寬36米，四周環繞50根石柱，內供奉維納斯神像。相傳古代青年男女在酒神廟暢飲後，就來到這裡歡聚。
