明代的崇善寺是完全按照標準的宮殿式建築的格式修建的。中軸線上的金剛殿、天王殿、大雄殿、毗盧殿、大悲殿、金靈殿，由南往北一字排開。在各大殿的左、右，又整齊的排列著一系列的小院落。它們不僅對稱，而且整齊劃一。這種格局，與北京故宮中軸線上的主殿和東西六宮的布局極為相似。從這幅圖，我們可以想像得到當年占地二百四十五畝的崇善寺，是多么的富麗堂皇，宏偉壯觀。當年的崇善寺不僅外表引人注目，更重要的是擁有其他寺廟不具備的條件，那就是它不僅是一座寺院，而且是朱家王朝的一座祖廟。中軸線上的最後一座大殿——金靈殿，就是一座沒有帝座的祖廟。這在中國佛教寺院的修建中是罕見的。崇善寺既是佛教寺廟，又是皇家祖廟，因此，它享受著比一般寺廟更多的香火。在這種背景下，它渡過了自己旺盛、興隆的時期。
我們現在看到的崇善寺，只是原來寺廟的幾十分之一，僅是六大主殿中的一座——大悲殿。崇善寺的其他宏偉建築，於清代同治三年（公元1864年）的大火中全都化為了灰燼。
倖免一毀的大悲殿，雖然在明成化和清嘉慶年間進行過修葺，但都是小修，大至梁架，小至門窗都未更換，基本上還是明代初修時的原物。因此具有更高的歷史價值。
占地僅為九百平方米的大悲殿，雖然僅是原崇善寺的幾十分之一，但它卻保存著崇善寺的精華，保存著價值連城的寶物。
藏經是它的第一寶。這裡保存的佛教藏經，數量之多，版本之名貴，在全國是少有的。寺內保存著我國木刻印刷史上的早期珍貴版本——北宋《崇寧萬壽藏》和南宋《磧砂藏》。《崇寧萬壽藏》又稱《鼓山大藏》，前後用了三十三年時間刻成。原刻本共五百六十四函，五千八百餘卷。現僅存十七卷零十八頁。《磧砂藏》是南宋紹定四年（公元1231年）開刻，到元英宗至治二年（公元1323年）完工。歷經百年刻成的《磧砂藏》，共五百九十一函，六千三百六十二卷。現存五百六十二函，四千八百四十六卷。除此之外，這裡還一直保存著元版藏經，即元皇慶元年（公元1312年），由民間募資刻印的《普寧藏》，現存五百零五函，四千二百五十七卷，比原版少八十一函，二千零六十八卷。
除上述版本外，這裡還有以後從其他寺院或地方移來的藏經多種，如從太原中十萬院移來的明版藏經《南藏》和從大同移來的《北藏》，二十世紀七十年代從日本清置的影印藏文《大藏經》，又名《甘珠爾》等。此外還有另具特色的石刻《金剛經》拓本、金字《華嚴經》、《法華經》及刺血《華嚴經》等。正是這一些不同時期、不同版本、不同特色的藏經，使崇善寺在佛教寺院中占據著重要的席位。
崇善寺的第二寶，就是那兩套壁畫臨摹本。在還沒有照相和製版技術的古代，臨摹複製是使歷史上的名畫流傳後世的唯一手段。我們今天能夠一睹大雄寶殿當年兩掖長廊上的繪畫風采，應感謝為我們留下如此珍貴摹本的先人。這兩套繪畫，一套是《釋迦世尊應化示跡圖》，描繪了釋迦牟尼成佛的故事；另一套是《善財童子五十三參圖》，描繪了善財童子參拜諸佛學法的故事。這兩套摹本，雖經五百餘年，但仍鮮艷如初，被人們稱為“寶石畫”。這些畫不僅可使我們得到美的享受，同時也為我們研究我國的繪畫史等等，提供了寶貴的資料。
崇善寺的第三寶，就要數那位於大悲殿正面須彌座上的三尊泥塑貼金菩薩立像了。這三尊佛像是明洪武年間塑制的，距今已有五百餘年的歷史。正中是千手千眼觀音菩薩像；其左為普賢菩薩像；其右為千手千缽千釋迦文殊菩薩像。三尊立像均高八米左右，身姿秀美，面慈目善，雍容華貴，給人可親可敬的感覺。這三尊佛像造型奇特，雕工細膩，實為我國雕塑藝術的珍品。
崇善寺的文物寶藏很有特色，也很珍貴。這是中華民族的驕傲。今天，崇善寺正以它自己獨特的魅力，迎接著日益增多的四方客人。
