考古發現
將軍崖岩畫山周圍分布著二澗村等11處新石器時代遺址和桃花澗舊石器時代晚期遺址。將軍崖岩畫發現於1979年冬。
岩畫分布在長22米、寬15米、面積約330平方米的黑色岩石上，內容反映了原始先民對土地、造物神以及天體的崇拜意識，是中國發現的最早反映農業部落社會生活的石刻畫面。
1980年，連雲港市人民政府指示停止對岩畫下地層中礦藏的開採。
1981年6月，中華人民共和國國務院辦公廳組織文物、地質、採礦等方面的專家到現場討論保護問題。
1983年，岩畫周圍裝置了保護柵欄，並成立了文物保管所。岩畫表面的裂縫已趨穩定。
1988年中華人民共和國國務院公布為全國重點文物保護單位。
2003年，考古人員在將軍崖又新發現了一組“魚形岩畫”，使將軍崖岩畫的內容更加豐厚。
岩畫內容
將軍崖岩畫其他人面的眼睛皆是在同心圓中加一圓點表示。人面大都有一條貫通的直線向下與禾苗圖案相連。這一組還有兩個不加臉框的人面圖案,與龍山文化玉器、良渚文化玉器上的獸面紋極相似。禾苗圖案分為2種:一種由下向上刻4～8根呈輻射狀的線條；另一種是在第一種圖案的下部加一個三角形，中刻幾條橫線或圓點。
將軍崖岩畫第3組位於東部，刻4個與古代傳說中天神有關的人面，用短線和圓點表示五官，其中兩個人面的頭上刻羽毛狀飾物，人面之間也間雜以圓點和符號。
3組岩畫的中心相互倚迭著3塊從別處搬來的石頭，每塊大小為長2米、寬1.5米左右，石表面分布著對稱的圓圈圖案，直徑3～7厘米不等。東側有一未脫離基岩的大石，長3.7米，高2.5米，上述遺蹟似與東夷先民奉大石為社神“下有三小石為足”的祭祀風俗有關。
名稱由來
將軍崖岩畫位於將軍崖下的一個隆起的山包上。山包上有一塊巨大的原生石以及在原生石下排放著的三塊不規則的自然石，長約兩米，其中一塊身上布滿大小不等而又規則的鑿刻圓窩史學家考定其為“石祖”和“石足”，為東夷部落主要的“以石為祭”的祭祀主體。三組岩畫就圍繞著這四塊大石，排列在長22、寬15米的北、南、東三面。在岩畫北側的山岩上原有一個石棚，據原市政協副主席方進介紹，他曾見過在石棚里的崖壁上有一組“將軍牽馬”的岩刻，這就是“將軍崖”得名的由來。
研究考證
將軍崖岩畫學界一般認為的至少有4000－6000年歷史的將軍崖岩畫，始作於春秋時期，是東夷族的附庸國——少吳氏郯國的巫師為死亡的王族招魂引魂留下的印記，而當時這裡很可能是郯國故都。他認為：圖案中“大”字的圓形紋符號是指日中之大人，即東夷人，圓形紋、中間有一點的圓形紋均似鳥頭，象徵鳥人靈魂，一排人在跳巫舞，這是引魂升天的儀式。
初步考證之後，專家認為：將軍崖岩畫是中國發現的惟一反映原始農業部落社會生活的石刻畫面；也是中國漢族地區首次發現的岩畫和年代最早的岩畫。
2014年7月11日，國際岩畫聯合會專家對將軍崖岩畫的顯微研究開始，從6處圖案裡面產生出了7個可以進行分析的微衰變數據，其中既包括凹穴，也包括其他岩畫。此次斷代選取了兩處參照石刻，分別為將軍崖岩畫西北方向山澗里一處碓臼庵宋代摩崖題刻，以及北固山南麓燈盞石下方石壁上的一處金代石刻。
經微腐蝕斷代顯示，將軍崖基岩凹穴岩畫時代在距今11000年前左右。這些研究結果，以及湯惠生此前從將軍崖獲得的結果都表明，將軍崖岩畫是亞洲岩畫中斷代最確切的遺址，這一研究成果已經以英文刊發在印度岩畫學會會刊2014年第24期。
