華佗國藥廠最早是一家酵母廠，地址在里仁街。上世紀七十年代中期，由酵母廠的原班人馬，組成了亳縣阿膠廠，性質是集體企業。以生產阿膠膏為主，附帶生產雪梨膏、益母草膏等。
1980年，亳縣阿膠廠更名為亳縣華佗國藥廠，也迎來了改制前最輝煌的時候。82年到85年，是效益最好的時候。很快，便開始走下坡路。1997年，工廠就徹底維持不下去了，全面停產。1998年，華佗國藥廠被安徽省井中集團收購，並更名為安徽省華佗國藥廠，性質也從一家國有企業變成了民營企業。
1998年安徽井中集團一次性斥資718萬元，競拍成功，全資收購國有企業亳州市華佗國藥廠，陸續投資8500餘萬元，進行了GMP改造，於 2001年12月28日一次性通過國家 GMP認證。
2006年10月28日順利通過二次認證，企業生產設備和檢驗設備配套先進、合理，產品有片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、單味藥顆粒、中藥飲片6大劑型，現有國藥準字號品種78多個，現有職工785人，資產總額1.25億元。廠內建有“安徽華佗現代中藥研發中心”“安徽省技術中心”“安徽省中藥材檢測中心”其註冊商標“華佗”2005年被評為“安徽省著名商標”，2006年被認定為“中國馳名商標”，緊緊依靠亳州藥都中藥材集散地的優勢，抓質量，重療效，樹品牌，以“ 用良心制好藥”為企業經營理念，以藥品質量和優質服務贏得市場，企業發展勢頭良好。
