人物生平
早年仕途
乾隆三十三年（1768年），孫永清中舉人，被授為內閣中書。之前孫永清從未到過皇宮，曾經輔佐廣東布政使胡文伯。當地的土司因為爭奪世襲的封地而相互攻訐，孫永清給他們的文牒都加上大印，封疆大吏想以私造符信之罪彈劾他。孫永清寫了奏摺請胡文伯上陳皇帝，得免者二百餘人。很快被任命為軍機章京，撰寫旨意非常精確得當，事至輒倚以辦。很快被升任為侍讀。
乾隆四十二年（1777年），雲南總督圖思德上奏朝廷，緬甸將派遣使節入貢，乾隆帝派遣大學士阿桂前去迎接，讓孫永清跟從他。結果緬甸的使節沒有來，阿桂令孫永清撰檄諭之，送所留守備蘇爾相還。乾隆四十四年（1779年），被授為刑部郎中。考選江西道監察御史。
乾隆四十五年（1780年），超授左副都御史。授貴州布政使。上奏說柞子廠生產黑鉛，課餘三十餘萬斤，請以十萬斤運廣。
乾隆四十九年（1784年），孫永清署理貴州巡撫的職務。又上奏朝廷說：“柞子廠黑鉛，例於四川永寧設局收發，課餘三百萬斤，請歲以五十萬運存永寧。”
廣西巡撫
乾隆五十年（1785年），孫永清被提拔為廣西巡撫。他彈劾新寧知州金垍等人逃脫稅賦，按察使杜琮、鹽道周延俊等全部受到此事牽連被奪官。
乾隆五十二年（1787年），台灣的林爽文造反，朝廷徵發廣西的兵馬，孫永清上奏說：“兵出征，在例馬兵賞、借銀各十兩，步兵賞、借銀各六兩，請於借銀留三兩為製衣。”朝廷命各部商議這件事。
乾隆五十三年（1788年），藤縣大獄的大盜梁美煥在牆上挖掘空穴逃走了，捕得，孫永清令立誅之，奏聞，上諭曰：“獄囚反獄劫獄當立誅，若鑽穴越牆，祗求苟免，不得與此同科。今之督撫皆好殺弄權，孫永清失之太過。”
安南之役
安南的阮惠為亂，安南國王黎維祁出亡，他的大臣阮輝宿護維祁母、妻、宗族至龍州，孫永清及總督孫士毅疏聞。孫士毅很快發兵討伐阮惠，孫永清出駐南寧，奏太平設軍需局，以福建延建邵道陸有仁、桂林知府查淳董其事。
乾隆五十四年（1789年），越南的黎維祁復國，使迎其母、妻、宗族，孫永清為具行李，並傳乾隆帝的旨意賜給他錦緞、綢、布及白金四百。上諭褒獎孫永清自駐南寧，彈壓邊關，籌辦餉糈，措置得宜，賜孔雀翎。孫士毅兵敗歸來，福康安代替他為總督。孫永清與福康安上奏朝廷：“安南用兵，關內外支放銀百萬、米八萬餘，逐款詳覈，例可用而未用，或用不及數者，以實用之數具報。如有軍行緊急，略有變通。與例不符者，仍如例覈減。”乾隆帝諭令以實為之。秋，以廣西秋審冊自緩決改情實凡三案，諭責孫永清寬縱。東蘭州安置台灣降人鄭管、陳廷乘舟走，追捕，以溺水報。乾隆帝命奪知州黃圖等官逮訊，孫永清坐降調，命留任。是時阮惠更名光平，乾隆帝封他為安南國王，他請求下一年到京師祝乾隆帝萬壽，使阮宏匡等叩關入貢。
孫永清令在太平候旨，疏聞。乾隆帝令光平使臣於來年燈節前至京師，與外藩蒙古等一體入宴，責孫永清拘泥。孫永清旋奏光平使臣自桂林北行。乾隆帝察廣西學政潘曾起不稱職，以諮孫永清，孫永清言曾起性情褊急，未愜士心。乾隆帝責孫永清不先奏劾，以方料理安南內附，光平將入覲，不遽易人，罰養廉二年。
晚年逝世
乾隆五十五年（1790年）春，光平又以新賜印並御製詩使叩關入貢，孫永清疏以應否令光平使詣京師請旨。上諭曰：“光平遣使上貢，自應令詣京師，何必奏請？”孫永清又奏太平、南寧、鎮安三府與安南接壤，請屯兵防隘，立柵開壕，分隸龍憑、馗纛二營管轄，報聞。
同年四月，光平入關，以其子光垂、大臣吳文楚跟從他，孫永清上奏說明情況，乾隆帝嘉獎了他，很快他就去世了。弟藩，監生。以四庫館議敘，授中書科中書。官至安徽布政使。子爾準。
人物評價
《清史稿》：富勒渾、秉恬、鄂寶餫金川之軍，績當臨清之亂，圖思德招緬甸之使，步瀛御石峰堡之變，嗣曾肅台灣之政，永清受安南之降，世勛屢卻暹羅、安南乾請。
史籍記載
《清史稿·卷三百三十二·列傳一百十九》
