孫元意便裝照1962年開始做著名導演鄭亦秋先生的助手，1972年進入“樣板戲”創作組擔任導演工作。1986年開始在著名導演阿甲、鄭亦秋先生的指導下，擔任舞台導演，並在阿甲先生的指導下進一步學習表演、導演理論，漸入劇院專職導演行列。並有部分作品獲得文化部獎項。1994年評定職稱為國家一級戲曲導演。先後任中國京劇院黨委委員，青年劇團團長，藝術創作研究室主任，藝術指導委員會委員，中國戲曲導演學會理事及全國青年京劇電視大賽評審，曾代表中國劇協出席全國第五屆“文代會”。獲政府特殊津貼證書。
所導演的戲曲劇目約有二十餘部：
《香港行》
中國京劇院演出，1988年入選全國新劇目匯演，獲得“優秀劇目獎”。
《承天太后》
中國京劇院演出，1992年入選全國青年劇團新劇目匯演，獲得“優秀導演獎”及多項獎。
《寶馬圓情》
中國京劇院演出，1997年入選第五屆中國戲劇節，獲得“優秀劇目獎”。
《彈劍記》
中國京劇院演出，1999年入選國慶獻禮劇目，獲得“優秀新劇目獎”
《孫尚香》
北京市河北梆子劇團演出，1990年入選北京市新劇目匯演，獲得“導演獎”及多項獎。
《梁山恨》
大連京劇團演出，1992年入選全國青年劇團新劇目匯演，獲得“優秀導演獎”。
《包公賣鍘》
河北邢台梆子劇團演出，1999年入選河北省新劇目匯演，獲得“五個一工程獎”、“導演特別獎”。
《水西遺恨》
貴州省京劇團演出，1995年入選首屆中國京劇節，獲得“程長庚獎”，及貴州省“五個一工程獎”。
《吏治驚天》
貴州省京劇團演出，2000年入選第六屆中國藝術節，獲得“新劇目演出獎”。
《漢陽堂》
長治市上黨梆子劇團演出，2004年入選山西省新劇目匯演，獲得一等獎。
曾為青年演員執導新劇目，角逐“梅花獎”獲得成功。
在中國京劇院導演的《全部寶蓮燈》（李維康、耿其昌主演）、《彈劍記》（于魁智、李勝素主演）、《白蛇傳》（張火丁、宋小川主演）。先後赴香港、澳門、台灣等地公演，或參加國際藝術節。
1993年中國京劇院首次赴台灣公演，在由袁世海、杜近芳、楊秋玲、孫岳、劉長瑜、于魁智等諸多藝術家領銜，規模近百人的演出團中，擔任總排練組組長。
1998年應著名表演藝術家袁世海推薦，為袁先生音配像《曹操專輯》擔任舞台導演。
紀念程硯秋先生誕辰百年，為中國京劇院復排、導演了程派名劇《春閨夢》（張火丁主演）。此後，又整理、導演了程派名劇《鴛鴦冢》。此二劇的再創作，為傳統精粹劇目以嶄新的樣式呈現於當代舞台作了有益的嘗試。
為諸多戲曲團體導演、編排各類劇目：
為貴州省京劇院導演《水西遺恨》、《吏治驚天》兩劇。
在上海藝術學院大專班，為99，07兩屆畢業生導演《楊門女將》及《二堂舍子》。
在北京京劇院導演《鎖麟囊》，為赴美演出，重排《楊門女將》。
為河北梆子、山西北路梆子、上黨梆子等兄弟劇種導演《孫尚香》、《文姬歸漢》、《漢陽堂》、《包公賣鍘》等。
對經典劇目如河北梆子《王寶釧》（劉玉玲主演），及上黨梆子《闖幽州》，從整體上做了保護性的調整提高與出新，此二劇成為劇團保留劇目，久演不衰。《王寶釧》2003年應邀到香港演出，《闖幽州》2006年晉京展演，為戲曲團體完成國內、國際演出任務及戲曲藝術的傳播教育作出了努力。
京劇現代戲中的創作活動：
1972年參加了《紅色娘子軍》導演工作，1973年曾擔任《紅燈記》B組執排，曾導演《草原兄妹》、《專列》、《香港行》、《風雪雲山路》等劇。多年來，在與中國京劇院諸多京劇大家的接觸、交流中獲益頗深。近年來為劇院復排《紅燈記》、《智取威虎山》，使青年一代在排演實踐中認識體會如何在戲曲程式規範中，調動豐富的技術手段去塑造現代人物，表現現代生活，將排戲與教學，傳承與創造融為一體，收到了良好的效果。

