1979年以來,日本研究所共出版論著數十部,承擔國家課題2項,省部級課題12項,院級課題20餘項。發表科研論文近800篇。其中獲省部級獎項15項,院級獎項20項。主要代表性論著有《簡明日本古代史》、《簡明日本近代史》、《當代日本》、《日本天皇制及其精神結構》、《日本人的原始信仰》、《漢唐文化與古代日本文化》、《日本兩次跨世紀的變革》、《鑒真》、《戰後日本國民經濟基礎結構》、《日本近現代經濟簡史》、《日俄關係簡史:1697~1917》、《當代日本與中日關係》、《戰後日本的經濟外交(1952-1972)》、《戰後日本經濟的恢復、調整與起飛》、《裕仁天皇傳》、《中日經貿關係六十年(1945-2005)》、《當代日本企業經營理念研究》、《日本的聯合國外交研究》、《日本人善學性格分析》、《日本的終身學習》等。譯著有《菊與刀:日本文化諸模式》、《日本行政改革的理論與實踐》、《日本政治史》、《戰後日本經濟:高速增長及其評介》、《第一勸銀財團概貌》、《無缺點計畫》、《戰後日本鋼鐵工業》、《日本軍國主義》、《大江東流》等。
在長期的學術研究中,日本研究所積累了大量的學術資料,院圖書館館藏日文書籍近5萬冊,許多雜誌自60年代一直延續至今。日本研究所與東京大學、東京工業大學、日本環日本海經濟研究所、日本國際交流基金會、韓國高麗大學日本研究所、俄羅斯國家科學院遠東研究所等國外學術機構及知名學者建立了比較密切的學術交流與合作關係,與南開大學日本研究院、中國社會科學院日本研究所、復旦大學日本研究中心、黑龍江社會科學院東北亞研究所、遼寧大學日本研究所、吉林大學東北亞研究院等保持了良好的協作關係,同時日本研究所是中國日本史學會秘書處所在地,並與中華日本學會、全國日本經濟學會、中日關係史學會等保持著學術聯繫。
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