國民政府國防部日本投降後，國民政府從重慶撤回南京。蔣介石於1946年6月選定南京黃埔路原中央陸軍軍官學校舊址成立了國防部。
1、鄭介民親抓籌組工作
鄭介民2、成立初期的組織和業務概況
(1)組織系統1946年6月，按照美版國防部第二廳體制，國民黨國防部第二廳成立時，採用兩司制，其組織系統，概況如下表：
(2)業務分工廳長鄭介民在國防部第二廳的籌組工作基本完成後，即返回北平軍事調處執行部，第二廳工作由副廳長龔愚以代廳長名義主持。
龔愚又名龔樂愚，貴州人。1929年5月畢業於黃埔軍校第六期交通兵科。他不但是何應欽的小同鄉，而且是何的近親。龔愚是經何應欽的保薦到軍令部第二廳出任副廳長兼代廳長並全權主持廳務的。像他這樣一個既非軍統系，又非武官系的廳外人士，如果不是有何應欽這樣的背景，是不可能這么快走上指揮整個情報廳工作的代廳長崗位的。由於他在第二廳內沒有可靠的班底和處理情報的基礎，僅三個月之後，就被剛從美國回來的武官系首領侯騰輕易擠下台去。
廳長，副廳長之下設廳長辦公室，政策計畫處和第一、第二兩個司，其工作執掌分別敘述如下：
廳長辦公室：設辦公室主任一人，專員若干人，辦公室下設四個組，分掌廳本部人事、財務、總務和文書等事宜。
廳長辦公室主任是李崇詩，黃埔軍校六期畢業，軍統系人員，曾任廣東省財政廳廳長，軍統局駐香港華南辦事處處長，西南運輸處組長，軍統局東南辦事處處長，中美合作所參謀長。
政策計畫處：處長曹士瀲，日本士官學校畢業，是曾任蔣介石侍從室主任的賀耀組的女婿。日本投降後曾任南京陸軍總司令部參謀處副處長。
政策計畫處是國防部第二廳內唯一的廳直屬處，它是在廳長的指揮下，擬定全廳的工作計畫和協調兩司各處之間的工作關係。按照美國顧問的說法，這是一個搞全廳平衡工作的優先處。
因為全廳有十幾個處和很多附屬機構，在工作上難免有互相矛盾和不協調，須由政策計畫處進行協調以提高工作效率。
國防部成立後，主要任務是打共產黨，因此擔任反共情報的第二廳第三處的重要性顯然比抗戰時期的軍令部第三處大大增加，鄭介民認定杜逵不能勝任這個重要職務，所以另外找來非軍統系的鈕先民膺此重任。鄭介民提升杜逵擔任二司副局長，絕非出於對杜的信任，恰是對他另有看法。
第二廳成立後，很長時間拿不出中共方面的軍事、政治情報。這一點，蔣介石無法理解。因為在北伐和抗戰中容易得到的東西現在得到卻如此困難，其根本原因就在於第二廳本身所存在的問題。這是亟需加以整頓的，由此加快了第二廳的改組。
1946年9月，成立已4個月的國防部第二廳工作仍處於雜亂無章狀態。廳長鄭介民正駐在北平，一時難以回南京親自主持工作。而坐鎮南京的代理廳長龔愚早已焦頭爛額束手無策。第二廳的整頓已勢在必行。正在這時，原軍令部第二廳剮廳長兼代廳長，後出任駐美大使館武官的侯騰率其他幾名武官從美國返南京述職。在第二廳內，除鄭介民之外，侯騰是資歷最深、對廳務最熟悉的一個人。因此，整頓第二廳的任務自然落在他身上。侯騰此番受命來第二廳整頓，還帶有更大的個人企圖，即準備在適當時機取代鄭介民，把第二廳完全控制在自己手裡。
此次整頓第二廳，身為廳長的鄭介民始終沒有從北平返回南京，並非他不能回來，而是他不願回來參加整頓。第二廳的第一次整頓在人事安排方面，第一步是趕走了原代理廳長龔愚，侯騰取而代之；第二步是將一向對侯不滿的軍統分子如杜逵、魏大銘等排擠出廳。
